Résumé des faits:
A. Le 25 juillet 2003, Y. publia dans la Feuille officielle suisse du commerce
(FOSC) un appel d’offres dans le cadre d’une procédure ouverte concernant
des prestations de mandataire général (architecte, ingénieur civil, ingénieur)
pour la ré-affectation de la halle des wagons des T. à V. (projet R.). Dans le
délai échéant au 10 décembre 2003, suite à deux prolongations décidées par le
pouvoir adjudicateur, le Groupement X., composé des sociétés (…) déposa une
offre.