Il est aussi manifeste que le Protocole d’accord du 26 avril 2002 ne confère aux CFF qu’une compétence d’exécution, de sorte que ceux-ci ne disposaient d’aucune base légale suffisante pour y déroger. L’Avenant n° 2, conclu bilatéralement entre les CFF et le Canton de Genève, déroge au Protocole d’accord tripartite conclu antérieurement entre la Confédération, le Canton de Genève et les CFF, et viole aussi clairement l’exigence du parallélisme des formes. Enfin, les CFF et le Canton de Genève ont outrepassé le champ d’application de l’Avenant n° 2, limité à la phase d’avant-projet, en lançant un marché comportant une option relative aux phases d’étude et de réalisation du lot 3. cc.