Ils ont en outre ainsi éludé l’art. 3 du Protocole d’accord du 26 avril 2002 conclu entre la Confédération, le Canton de Genève et les CFF, qui prévoit que les CFF assument la qualité de maître d’ouvrage pendant la phase de réalisation de l’ouvrage. Enfin, le Canton de Genève a agi de manière contradictoire, contrairement à l’art. 5 al. 3 et à l’art. 9 Cst., en dépassant sciemment sa compétence alléguée au titre de l’Avenant n° 2. Durant les débats devant le Grand Conseil genevois, il a été exposé clairement à plusieurs reprises que la co-maîtrise d’ouvrage était limitée à la phase d’avant-projet, et que les