Pour assurer un respect du planning prévu, qui prévoit une mise en service dès 2008, le Canton de Genève a convenu avec les CFF d’avancer l’intégralité des frais d’études d’avant-projet. La «Convention cadre du 17 avril 2001 entre la République et Canton de Genève, le Canton de Vaud, les CFF et les Transports publics genevois (TPG) sur la planification des transports ferroviaires régionaux dans l’agglomération genevoise» prévoit que: «[…] Le Canton de Genève avancera en outre les dépenses des CFF pour l’élaboration des projets de la nouvelle liaison ferroviaire Praille-Eaux-Vives-frontière nationale près d’Annemasse, jusqu’au dossier d’approbation des plans.