3 du Protocole
d’accord du 26 avril 2002 prévoit que les CFF assument la qualité de maître
d’ouvrage pendant la phase de réalisation de l’ensemble de l’ouvrage,
c’est-à-dire des trois sections Cornavin-La Praille, La Praille-Les Eaux-Vives
et Les Eaux-Vives-frontière. En revanche, durant la phase d’avant-projet,
l’imbrication du projet ferroviaire et des aménagements urbains concomitants
nécessite une co-maîtrise d’ouvrage par les CFF et le Canton de Genève, qui
est spécialement prévue par l’art. 2 de l’Avenant n° 2 (cf. supra consid. 3a).
Le rapport présenté au Grand Conseil genevois à l’appui du projet de loi
ouvrant un crédit de 400.8 millions au titre de subvention cantonale au projet