Pour des raisons liées à la planification technique, ainsi que temporelle et financière, la phase d’avant-projet de la ligne de raccordement CEVA a nécessité certains aménagements des règles prévues par le Protocole d’accord du 26 avril 2002. S’agissant d’abord de la planification technique, l’art. 3 du Protocole d’accord du 26 avril 2002 prévoit que les CFF assument la qualité de maître d’ouvrage pendant la phase de réalisation de l’ensemble de l’ouvrage, c’est-à-dire des trois sections Cornavin-La Praille, La Praille-Les Eaux-Vives et Les Eaux-Vives-frontière.