Alla luce delle suesposte considerazioni, il ricorso merita di essere accolto e la decisione impugnata annullata. Visto l’esito della causa, non si prelevano spese processuali (art. 63 cpv. 2 PA) e al ricorrente viene restituito d’ufficio l’anticipo spese versato. Ai sensi dell’art. 64 cpv. 1 PA, dell’art. 8 cpv. 1 dell’ordinanza del 10 settembre 1969 sulle tasse e spese nella procedura amministrativa (RS 172.041.0) e degli art. 3 e 4 della tariffa delle spese ripetibili accordate alla controparte nelle cause davanti al Tribunale federale, del 9 novembre 1978 (RS 173.119.1), è riconosciuta al ricorrente un’indennità a titolo di ripetibili.