Zusammenfassung des Sachverhalts:
A. Die X. Ltd. ist eine ausländische Gesellschaft mit Sitz in B. (Ausland).
Am 1. September 2000 leitete die Zollkreisdirektion Schaffhausen bei der
Firma D. GmbH eine Untersuchung ein, wobei unter anderem 5,5 Gramm
M-Protein beschlagnahmt wurden. Die Zollkreisdirektion kam zum Schluss,
dass die X. Ltd. mit der D. einen Vertrag über die Lagerung des M-Proteins
abgeschlossen habe und stellte fest, dass für die Einfuhr dieses Produkts kein
Verzollungsnachweis erbracht werden konnte. Sie verfügte am 12. Februar
2003 der X. Ltd. gegenüber den Nachbezug der Mehrwertsteuer auf der
Einfuhr im Betrag von Fr. x.-.