Zusammenfassung des Sachverhalts:

A. Die X SA führte bis zum 26. Oktober 1995 gewerbsmässige Flüge im
Nichtlinienverkehr (Charterflüge) durch. Aufgrund dieser Tätigkeit wurde sie
durch die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) mit Wirkung ab 1. Januar
1995 in das Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen.
B. Mit Schreiben vom 23. März 1995 teilte die X SA der ESTV mit, im
Rahmen eines Briefwechsels hätten die (in der Schweiz domizilierten)
Flughafendirektionen A und B ihr gegenüber - gestützt auf eine entsprechende
Mitteilung der ESTV - die Ansicht geäussert, Charterfluggesellschaften seien
nicht gemäss Art. 15 Abs. 2 Bst.