Il est possible que le Conseil des EPF ait transmis à l’EPFL un courrier du 2 décembre 1998 dans lequel il lui demandait de bien vouloir se prononcer sur la première demande d’indemnité. L’EPFL a apparemment répondu par courrier électronique du 3 février 1999 adressé au Conseil des EPF que le versement d’une indemnité ne se justifiait pas, en se référant à sa décision du 27 mars 1995. Des discussions portant sur cette première indemnité se seraient également tenues en mars 1999 entre le chef du personnel du Conseil des EPF et son homologue de l’EPFL.