Au surplus, selon l’art. 35 de la loi sur les EPF, la comptabilité, le budget et la planification financière sont soumis aux dispositions de la loi fédérale sur les finances de la Confédération du 6 octobre 1989 (LFC, RS 611.0). Selon l’art. 1 al. 3 LFC, le Conseil fédéral peut prévoir des dérogations par voie d’ordonnance pour le domaine des EPF. Finalement, selon l’art. 39 al. 4 de la loi sur les EPF, le Conseil des EPF est l’interlocuteur direct du Conseil fédéral, lorsque celui-ci entend édicter des dispositions d’exécution ou conclure des conventions internationales.