Das ZNDG bezweckt in erster Linie, die zivilen Nachrichtendienste dem gleichen Departement zu unterstellen. Bis zum 1. Januar 2009 war der SND dem VBS, der DAP dem EJPD angegliedert. Die Tätigkeit der beiden Dienste überschneidet sich in einzelnen Bereichen sowohl der Natur der Sache nach als auch von der gesetzlichen Aufgabenumschreibung her. Eine Kooperation der beiden Dienste ist für eine effiziente Tätigkeit unabdingbar. Im Rahmen ihrer Aufsichtstätigkeit über die Nachrichtendienste und den Staatsschutz hatte die GPDel die zuständigen Departemente und den Bundesrat seit längerer Zeit auf die mangelhafte Zusammenarbeit des SND und des DAP hingewiesen.