Das Bundesstrafgericht als fachliche Aufsichtsinstanz über die Bundesanwaltschaft prüfte die Frage, weshalb die Anzahl der Anklagen bisher unter den ursprünglichen Erwartungen geblieben war, und fasste die Ergebnisse der Untersuchung in einem Aufsichtszwischenbericht vom 14. Juli 2006 zusammen. Nachdem in einem Weltwoche-Artikel schwere Vorwürfe an den Bundesanwalt im Zusammenhang mit der sog. Vertrauensperson Ramos und dem Verfahren H. erhoben worden waren, ordneten die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts und der Vorsteher EJPD ausserordentliche Untersuchungen je in ihrem Aufsichtsbereich an.