Avec la question de la responsabilité financière et organisationnelle de la Confédération se pose en même temps celle de l’autonomie de l’organisation. Le degré d’autonomie de l’organisation n’est pas seulement déterminé par le rôle joué par la Confédération (comme responsable ou comme propriétaire) sur les plans organisationnel ou financier, mais aussi par son pouvoir concret de codécision dans l’exécution des tâches - que ce soit en légiférant ou par des actes individuels (p. ex. droits d’approbation du Conseil fédéral) -, mais aussi par le degré de contrôle qu’elle exerce sur l’accomplissement des tâches.