La question de savoir si le pouvoir exécutif (le Conseil fédéral ou un département) pilote une organisation en nommant et en révoquant ses organes de direction suprêmes constitue un autre critère déterminant. Sont notamment concernés les organes de direction stratégiques (conseil d’administration ou
conseillers de l’institut) et les organes de direction opérationnels (directions et directeurs), que le pouvoir exécutif nomme en particulier, dans le cas des établissements, en vertu des actes législatifs déterminants ou de son rôle d’assemblée générale d’une société anonyme.