L’annexe de l’OLOGA a pris une grande importance dans la pratique car les actes du droit fédéral y font souvent référence. Peu de temps après l’entrée en vigueur de l’OLOGA le 1er janvier 19993, il a toutefois fallu constater que les unités de l’administration fédérale décentralisée ne figuraient pas toutes dans l’annexe. Outre les commissions à pouvoir décisionnel, la question concernait d’autres unités dont le statut (rattachement ou non à l’administration fédérale décentralisée) était peu clair, voire litigieux.