D’autre part, la loi fédérale du 21 mars 1997 instituant des mesures visant au maintien de la sûreté intérieure (LMSI, RS 120) a dû être modifiée de telle sorte que le SAP puisse effectuer les tâches de renseignement prévues par cette loi sans être partie intégrante du DFJP. Les dispositions correspondantes sont rédigées de manière à ce que le Conseil fédéral soit tenu de réunir les services concernés au sein d’un même département tout en lui laissant une compétence en matière d’organisation la plus large possible. Dans les dispositions modifiées de la LMSI il n’est donc plus question