2. In Gutheissung der Klage wird festgestellt, dass der schweizerische
Teil des Europäischen Patents EP 1 250 138 B1 nichtig ist.

3. Die Gerichtsgebühr wird festgesetzt auf CHF 30'000.–.

4. Die Kosten werden der Beklagten auferlegt und mit dem Kostenvorschuss der Klägerin verrechnet. Die Beklagte hat der Klägerin den
Betrag von CHF 30'000.– zu ersetzen.

5. Die Beklagte wird verpflichtet, der Klägerin eine Parteientschädigung
von CHF 85'000.– zu bezahlen.

6. Schriftliche Mitteilung an die Parteien sowie nach Eintritt der Rechtskraft an das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum, je gegen
Empfangsbestätigung.