1. Die Klage wird gutgeheissen und der Schweizer Teil des europäischen Patents EP 1 200 092 B1 für nichtig erklärt.

2. Die Gerichtsgebühr wird festgesetzt auf CHF 30'000.–.

3. Die Kosten werden der Beklagten auferlegt und mit dem von der Klägerin geleisteten Kostenvorschuss verrechnet. Der nicht beanspruchte Anteil des Kostenvorschusses wird der Klägerin zurückerstattet.
Die Beklagte hat der Klägerin die Kosten von CHF 30'000.– zu ersetzen.

4. Die Beklagte wird verpflichtet, der Klägerin eine Parteientschädigung
von CHF 55'574.40 zu bezahlen.