Ausgangsgemäss sind die Kosten der Beklagten aufzuerlegen und mit
dem Kostenvorschuss der Klägerin zu verrechnen (Art. 111 Abs. 1 ZPO).
Die Beklagte hat der Klägerin CHF 30'000.– zu ersetzen (Art. 111 Abs. 2
ZPO). Der nicht beanspruchte Anteil des Kostenvorschusses ist der Klägerin zurückzuerstatten.

Ferner ist die Beklagte zu verpflichten, der Klägerin eine Parteientschädigung von CHF 55'574.40 zu bezahlen (Art. 3 lit. a und b i.V.m. Art. 5 und
Art. 9 Abs. 2 KR-PatGer), wobei CHF 26'438.40 auf die rechtsanwaltliche
Vertretung und CHF 29'136.– auf die patentanwaltliche Beratung entfallen.

Das Bundespatentgericht erkennt: