Das Bundespatentgericht erkennt: 1. Auf die Klage wird nicht eingetreten. 2. Die Gerichtsgebühr für das bundesgerichtliche Verfahren wird festgelegt auf CHF 10'000.00. 3. Die Kosten werden der Klägerin auferlegt. Sie werden aus dem von ihr geleisteten Vorschuss von CHF 15'000.00 bezogen. Der Restbetrag wird der Klägerin zurückerstattet. 4. Die Klägerin wird verpflichtet, den Beklagten den Betrag von CHF 1'000.00 zu ersetzen. 5. Die Klägerin wird verpflichtet, den Beklagten eine Parteientschädigung von CHF 40'000.00 zu bezahlen.