Das Bundespatentgericht erkennt:

1.
Die Klage wird abgewiesen, die Widerklage wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.

2.
Der Beklagten und der Klägerin werden je eine Frist von 30 Tagen ab
Rechtskraft dieses Urteils angesetzt, um im ordentlichen Verfahren eine
Schadenersatzklage betreffend vorsorgliche Massnahmen zu erheben
und das Bundespatentgericht darüber zu orientieren, falls die Klage nicht
bei diesem eingereicht wird, ansonsten die von der Klägerin bzw. der Beklagte geleisteten Sicherheiten von je CHF 100'000.00 freigegeben werden.

3.
Die Gerichtsgebühr wird festgesetzt auf CHF 280'000.00.

4.
Die Kosten werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt. Sie werden aus