1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Die Verfügung des EDA vom
18. September 2018 wird aufgehoben und die Sache wird zur materiellen
Entscheidung an das EDA zurückgewiesen.

2. Es werden keine Verfahrenskosten erhoben. Die Bundeskanzlei wird angewiesen, der Beschwerdeführerin den am 18. September 2019 geleisteten
Kostenvorschuss von 1000 Franken zurückzuzahlen.

3. Das EDA hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von
3000 Franken zu bezahlen.

3003 Bern,

IM AUFTRAG DES SCHWEIZERISCHEN BUNDESRATES
Der Bundeskanzler

Walter Thurnherr