2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement sowie dem Regierungsrat des Kantons Bern (Polizei- und Militärdirektion) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 3. März 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: