Dementsprechend erweist sich die Beschwerde in diesem Punkte als begründet und ist der im letzten Halbsatz von Ziff. 1 Abs. 1 enthaltene Vorbehalt ("die über eine gültige Homologation des EJPD verfügen") zu streichen. Da sich das ganze Verfahren auf den Regierungsratsentscheid vom 5. Mai 1999 bezieht, ist - in Abänderung des Rechtsbegehrens der Beschwerdeführerin vor Bundesgericht - festzustellen, dass der Kanton Bern zum Entscheid über die Bestätigung der Betriebsbewilligungen zuständig war.
b) In Ziff. 1 Abs. 2 der angefochtenen Verfügung wies das Departement das Gesuch der Beschwerdeführerin weitergehend ab, soweit es darauf eintrat.