A.a H.________, né en 1956, a travaillé depuis le 1er janvier 1999 en qualité de mécanicien-programmateur au service de la société X.________. A ce titre, il était affilié auprès de la Fondation de prévoyance de X.________. Le 29 juin 1999, il a subi une foraminotomie par voie postérieure droite des cinquième et sixième vertèbres cervicales pour cure de hernie discale à la suite de cervico-brachialgies apparues progressivement à partir du mois de janvier 1999 (rapport du 1er juillet 1999 du docteur F.________ [spécialiste en neurochirurgie]). Compte tenu de l'évolution relativement favorable de son état de santé, H.________ a repris l'exercice de son métier à 50 % dès le 23 août 1999 et à