Während die Auffangeinrichtung auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherung auf eine Vernehmlassung zur Sache.
Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Wie die Vorinstanz richtig erkannt hat, unterliegen Streitigkeiten wie die hier zu beurteilende, in welchen die Auffangeinrichtung in ihrer Funktion als Vorsorgeeinrichtung im Sinne von Art. 60 Abs. 1 BVG tätig wird und die Ausrichtung von Leistungen nach Art. 60 Abs. 2 lit. d in Verbindung mit Art. 12 BVG in Frage steht, der Gerichtsbarkeit der in Art. 73 BVG erwähnten richterlichen Behörden (vgl. SZS 1990 S. 203 Erw.