SA a demandé à F.________, par lettre du 3 juillet 2003, de lui communiquer la décision de l'assurance-invalidité le concernant. L'assuré a communiqué cette décision le 21 juillet 2003. Le 12 août 2003, la Caisse de pensions a informé G.________ SA qu'elle réduisait de moitié la rente versée à l'assuré, avec effet rétroactif au 1er juin 1997. Le montant à restituer s'élevait à 115'469 fr.. Aux fins de compensation de sa créance en restitution la Caisse de pensions n'a plus versé la demi-rente à l'assuré à partir du mois d'août 2004.
Jusqu'à fin juillet 2004, G.________ SA a versé à bien plaire à l'assuré l'équivalent de la demi-rente de la Caisse de pensions.