Das Ausstandsbegehren ist aus diesen Gründen gutzuheissen. Die Anklagekammer wird die in Frage stehende Voruntersuchung einem der Stellvertreter der Eidgenössischen Untersuchungsrichterin zur Weiterbearbeitung zuweisen.
b) Mit diesem Ausgang des Verfahrens ist die Rechtsverweigerungsbeschwerde, soweit überhaupt darauf einzutreten ist, gegenstandslos geworden.
Demnach erkennt die Anklagekammer:
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1.- Das Ausstandsbegehren gegen die Eidgenössische Untersuchungsrichterin Monique Saudan wird gutgeheissen.
2.- Auf die Rechtsverweigerungsbeschwerde wird, soweit sie nicht gegenstandslos geworden ist, nicht eingetreten.
3.- Es werden keine Kosten erhoben.