1. En 2002, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: ACI) a effectué un contrôle de la société D.________ SA. Celui-ci a permis de déceler des éléments constitutifs de soupçons de graves infractions fiscales. La Division d'enquêtes fiscales spéciales (ci-après: DEF) de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: AFC) a mené une enquête préliminaire avec l'ACI. Le 28 juillet 2003, le Chef du Département fédéral des finances a autorisé la DEF à ouvrir une enquête contre les époux A. C.________ et B. C.________ et la société D.________ SA pour suspicion de graves infractions fiscales (art. 190 ss de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct [LIFD;