Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gegenstandslos. Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (
Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Diese ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 16. September 2024 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.