Aus den Erwägungen:

2. Vorweg ist festzuhalten, dass die Vorinstanz mit dem vorliegend angefochtenen Entscheid vom 7. Juli 2000 die Sonderveranlagung S 99/05 zurückstellte. Eine Besteuerung der im Jahre 1995 zugeteilten und 1999 frei gewordenen Mitarbeiteraktien kann mangels gesetzlicher Grundlagen nicht vorgenommen werden, da die relevante Gesetzesbestimmung von § 198 StG über die Erhebung einer Jahressteuer auf ausserordentlichen Einkünften im Steuerjahr 1999 erst am 1. Januar 2001 in Kraft tritt. Das Rekursverfahren beschränkt sich demzufolge auf die Prüfung der Sonderveranlagungen S 97/05 und S 98/05 vom 18. Februar 2000, mit welchen die Vorinstanz die 1993 bzw. 1994 und für vier Jahre gesperrten gewesenen Mitarbeiteraktien des Rekurrenten als ausserordentliches Einkommen besteuerte.

3. Aktien, die ein Unternehmen einem Mitarbeiter zu einem unter dem Verkehrswert liegenden Preis überlässt, stellen eine geldwerte Leistung des Arbeitgebers dar, welche im Dienstverhältnis begründet ist. Der Erwerb der Mitarbeiteraktien durch den steuerpflichtigen Ehegatten bildet daher unbestrittenermassen steuerbares Erwerbseinkommen im Sinne von § 24 lit. a StG.

4. Der Beurteilung unterliegt im vorliegenden Fall zunächst die Frage, ob die Mitarbeiteraktien von der Vorinstanz zu Recht erst bei deren Freigabe zur Einkommensbesteuerung herangezogen wurden.

a) Ein Einkommen ist nach steuerlichen Gesichtspunkten dann als zugeflossen und damit als erzielt zu betrachten, wenn der Pflichtige Leistungen vereinnahmt oder einen festen Rechtsanspruch darauf erwirbt, über den er tatsächlich verfügen kann (vgl. Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 62, 705 ff., E. 7b). Bei Naturaleinkünften - wie sie Mitarbeiteraktien darstellen - ist der zivilrechtliche Eigentumserwerb für die Fixierung des Realisationszeitpunktes bestimmend (Blumenstein/Locher, System des Steuerrechts, 5. Aufl., Zürich 1995, S. 239).

b) Nach der geltenden langjährigen basellandschaftlichen Praxis werden sogenannte gebundene Mitarbeiteraktien mit beschränkter Sperrfirst, über die der Mitarbeiter während einer bestimmten Zeitspanne nicht frei verfügen darf, erst im Moment der Freigabe der Einkommenssteuer unterworfen (vgl. Kurzmitteilung der Steuerverwaltung Basel-Landschaft [KM] Nr. 26, 163).

c) Im vorliegenden Fall wurde dem steuerpflichtigen Ehegatten von seiner Arbeitgeberin, der Y. AG, ein Teil seines Einkommens in Form von Mitarbeiteraktien ausbezahlt, die jeweils für vier Jahre gesperrt waren. Da gebundene Mitarbeiteraktien nach der damals geltenden basellandschaftlichen Besteuerungspraxis erst im Zeitpunkt der Freigabe besteuert wurden und der Pflichtige bei Aktienzuteilung die Nichtbesteuerung akzeptierte, stellt der nun von ihm erhobene Einwand, dass die Veranlagungsbehörde die fraglichen Aktien bereits im Bezugsjahr hätte besteuern sollen, ein widersprüchliches Verhalten dar, das nicht geschützt werden kann (vgl. Häfelin/Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 3. Auflage, Zürich 1998, Rz 595). Es kann somit festgehalten werden, dass in casu die Besteuerung der fraglichen Aktien im Moment der Freigabe rechtmässig war.

5. Zu prüfen ist weiter die Bemessung des Einkommens aus der Überlassung von Aktien an Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter zu einem Vorzugspreis. Der Rekurrent beantragt, nur die Differenz zwischen effektivem Einstandswert und diskontiertem Verkehrswert der Mitarbeiteraktien im Ausgabezeitpunkt zu besteuern. Zunächst stellt sich im vorliegenden Fall die Frage, ob die Differenz zwischen effektivem Erwerbspreis und dem Verkehrswert bei Zuteilung oder aber dem Verkehrswert bei Freigabe der Aktien als steuerbares Einkommen zu erfassen ist.

a) Nach der Praxis des Bundesgerichtes entsteht bei einem Mitarbeiter, dem seine Arbeitgeberin Aktien zu einem unter dem Verkehrswert liegenden Preis überlässt, grundsätzlich im Umfang des Unterschiedes zwischen dem Verkehrswert der Aktie und deren Abgabepreis Einkommen, welches "spätestens im Zeitpunkt der Übertragung des Eigentums an den betreffenden Titeln" realisiert ist (vgl. ASA 65, 733 ff. E. 3b, bb und 4c). An Mitarbeiteraktien, über die während einer bestimmten Sperrfrist nicht frei verfügt werden kann, erwirbt der Arbeitnehmer sofort mit der Zeichnung Eigentum (vgl. Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung [KS] Nr. 12 vom 8. November 1973), sodass ihm in diesem Moment ein Einkommen in Höhe der Differenz zwischen dem effektiven Erwerbspreis und dem Verkehrswert im Zeitpunkt der Aktienzuteilung zufliesst.

b) Im Kanton Basel-Landschaft wurden gebundene Mitarbeiteraktien nicht bei deren Zuteilung, sondern erst nach dem Wegfall der Verfügungssperre in Höhe der Differenz zwischen dem Verkehrswert der Titel im Zeitpunkt der Freigabe und dem Erwerbspreis (vgl. KM Nr. 163 vom 2. Oktober 1990) besteuert. Eine solche Auslegung des Steuergesetzes ist rechtswidrig und daher abzulehnen. Das kantonale Besteuerungssystem bringt auf der einen Seite zwar den Vorteil, dass effektiv besteuert wird, worüber der Steuerpflichtige verfügen kann. Auf der anderen Seite führt ein Kursanstieg während der Verfügungssperre dazu, dass ein Kursgewinn versteuert werden muss, was im Ergebnis einer Kapitalgewinnsteuer gleichkommt. Da das kantonale Steuergesetz Kapitalgewinne nicht besteuert, kommt die erkennende Kommission zum Schluss, dass der jeweilige Verkehrswert im Zeitpunkt der Zuteilung die Grundlage der Einkommensbewertung bildet. Als Zwischenergebnis ist festzuhalten, dass im vorliegenden Fall das Einkommen aus der Überlassung der fraglichen Mitarbeiteraktien grundsätzlich in Höhe der Differenz zwischen dem Verkehrswert bei Aktienzuteilung und dem effektiven Erwerbspreis zu besteuern ist.

6. Ebenfalls unter dem Aspekt der Einkommensbemessung ist zu prüfen, ob angesichts der auf den Mitarbeiteraktien lastenden Verfügungssperre ein Diskont zu gewähren ist.

a) Nach konstanter Praxis des Bundesgerichtes ändert die Belastung von Mitarbeiteraktien mit einer Verfügungssperre oder mit einem Rückkaufsrecht nichts daran, dass der Arbeitnehmer mit dem Eigentumserwerb an den Titeln einen realen Vermögenszugang erfährt. Allerdings gehen sowohl das Bundesgericht als auch die Lehre davon aus, dass die auf den Aktien lastende Verfügungsbeschränkung den Verkehrswert beeinträchtigt, weshalb dieser Beeinträchtigung bei der Einkommensbesteuerung mittels einer sogenannte Diskontierung pro Jahr der Sperre Rechnung zu tragen ist (vgl. ASA 48, 136 ff., E. 5; KS Nr. 12 vom 8. November 1973, KS Nr. 5 vom 17. Mai 1990 sowie KS Nr. 5 vom 30. April 1997).

b) Entgegen dieser langjährigen bundesgerichtlichen Rechtsprechung hat die basellandschaftliche Steuerverwaltung Mitarbeiteraktien, die gesperrt waren, nicht diskontiert. Erst aufgrund des Bundesgerichtsentscheides vom 6. November 1995 (publ. in: ASA 65, 733 ff.) hat sie zum Diskontierungssystem, das von der Eidgenössischen Steuerverwaltung bereits im Jahre 1973 eingeführt worden ist, gewechselt. Gemäss KM Nr. 276 vom 15. März 1996 gelangt diese Methode allerdings nur für die nach dem 1. Januar 1996 zugeteilten gebundenen Mitarbeiteraktien zur Anwendung. Vorher erworbene gebundene Mitarbeiteraktien werden nach altem Recht besteuert (volle Besteuerung nach dem Wegfall der Verfügungssperre ohne Diskont), auch wenn der Wegfall der Sperre erst irgendwann nach 1996 erfolgt.

c) Die Vorinstanz hat mit der sinngemässen Begründung, dass die in den Jahren 1993 und 1994 zugeteilten Mitarbeiteraktien des Rekurrenten nicht in den zeitlichen Geltungsbereich der Diskontierungsmethode fallen würden, die Gewährung eines Diskontes verweigert. Nach Auffassung der Steuerrekurskommission liegt indessen der Grund, weshalb die Diskontierungsmethode nicht zur Anwendung gelangen kann, darin, dass im vorliegenden Fall die Besteuerung erst nach dem Wegfall der Verfügungssperre erfolgte. Die Gewährung eines Diskontes, dessen Sinn und Zweck es gerade ist, Verfügungssperren Rechnung zu tragen, würde in casu insofern fehl gehen, als die Mitarbeiteraktien erst bei deren Freigabe zur Besteuerung herangezogen wurden und es sich nicht mehr um gesperrte, sondern um frei verfügbare Aktien handelte. Des Weiteren ist zu beachten, dass bei einer Besteuerung der Mitarbeiteraktien im Zeitpunkt der Freigabe die nachträgliche Berücksichtigung des Verkehrswertes bei Aktienzuteilung im Ergebnis auf einen rückwirkend gewährten Steueraufschub hinausläuft. Somit wäre der errechnete Steuerbetrag einerseits zu verzinsen und andererseits müsste wegen des Ausgleichs der kalten Progression auf den Steuersatz im Zeitpunkt der Aktienzuteilung abgestellt werden. Zusammenfassend ist somit festzuhalten, dass die Mitarbeiteraktien in Höhe der Differenz zwischen dem Verkehrswert im Ausgabezeitpunkt und dem Erwerbspreis zu besteuern sind, wobei auf dem Verkehrswert kein Diskont zu gewähren ist.

7. Zu prüfen bleibt damit noch, ob im vorliegenden Fall die Besteuerung der Mitarbeiteraktien in Höhe der Differenz zwischen dem für vier Jahre diskontierten Verkehrswert und dem Erwerbspreis aus Gründen der Rechtsgleichheit geboten ist.

Nach herrschender Lehre und Rechtsprechung verletzt die Rechtsanwendung das Gleichheitsgebot, wenn zwei gleiche Tatbestände ohne sachlichen Grund unterschiedlich behandelt werden (vgl. Höhn/Waldburger, Steuerrecht, 8. Auflage, Bern 1997, Band I, § 4 Rz 78, m.w.Hw.). Der Rekurrent leitet seinen Anspruch auf Gleichbehandlung aus einem Entscheid der Steuerrekurskommission (RKE Nr. 59/60 vom 29. Mai 1998) her, in welchem die basellandschaftliche Praxis der Besteuerung gebundener Mitarbeiteraktien als bundesrechtswidrig qualifiziert wurde. Der Grundsatz der Rechtsgleichheit in der Rechtsanwendung besagt, dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich und Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich zu behandeln ist (vgl. Höhn/Waldburger, a.a.O., § 4 N 62). Da es sich im Gegensatz zum zitierten Entscheid, bei welchem offene Veranlagungen Gegenstand des Verfahrens bildeten, in casu um rechtskräftige Veranlagungen handelt, die nicht abänderbar sind, liegen keine gleichen Sachverhalte vor, weshalb sich das Vorbringen des Rekurrenten betreffend Gleichbehandlung als unbegründet erweist und daher abzulehnen ist.

Die Steuerrekurskommission kommt aus all diesen Gründen zum Schluss, den Rekurs im Sinne der Erwägungen teilweise gutzuheissen, sodass die in den Jahren 1997 und 1998 dem steuerpflichtigen Ehegatten freigegebenen Mitarbeiteraktien in Höhe der Differenz zwischen dem Verkehrswert (Börsenkurs) im Ausgabezeitpunkt und dem Erwerbspreis als steuerpflichtiges Einkommen der Besteuerung unterliegen.