Aus den Erwägungen:

1. Gemäss § 124 des Gesetzes über die Staats- und Gemeindesteuern vom 7. Februar 1974 (Steuergesetz; StG) und Art. 140 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG) ist das Steuergericht zur Überprüfung von Einspracheentscheiden der Steuerverwaltung betreffend Staats- und Gemeindesteuer sowie betreffend direkte Bundessteuer zuständig. Zunächst ist zu beurteilen, ob das Steuergericht auch die Kompetenz zur Überprüfung des von der Steuerverwaltung getroffenen Einspracheentscheides bezüglich der Feststellung des Steuerdomizils hat.

a) Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, wird er gemäss Art. 108 Abs. 1 DBG von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer bestimmt, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der Eidgenössischen Steuerverwaltung, wenn mehrere Kantone in Frage kommen. Die Feststellung des Steuerdomizils kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden (Abs. 2). Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde (Abs. 3). Jedoch sind die bisherigen Veranlagungshandlungen jener Behörde, die noch nicht zu einer Veranlagung geführt haben, nicht ungültig (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, Art. 108 N. 12).

b) Das Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG) hingegen enthält für interkantonale Kompetenzkonflikte keine Kollisionsnorm. Folglich ist die dadurch hervorgerufene Doppel- oder Mehrfachbesteuerung grundsätzlich weiterhin nach den geltenden Regeln der Bundesgerichtspraxis zu Art. 127 Abs. 3 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV) zu vermeiden (vgl. Bauer-Balmelli/Nyffenegger, in: Zweifel/Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/1, Basel 2002, Art. 3 StHG N. 15). Im Bereich der Staats- und Gemeindesteuern erfolgt der Entscheid über die Inanspruchnahme der Steuerhoheit somit im Veranlagungsverfahren. Gegen diesen Vorentscheid stehen dem Steuerpflichtigen und der Gemeinde die gleichen Rechtsmittel zur Verfügung wie gegen die Veranlagung selbst (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, Zürich 2006, § 55 N. 24).

c) Nach dem Wortlaut von Art. 108 DBG wäre im Bereich der direkten Bundessteuer die Eidgenössische Steuerverwaltung für die Bestimmung des Steuerdomizils zuständig, wenn mehrere Kantone als Veranlagungsbehörden in Frage kommen. Weder die Steuerverwaltung noch das Steuergericht des Kantons Basel-Landschaft könnten das Steuerdomizil rechtswirksam feststellen. Das Bundesgericht hat es in Fällen interkantonaler Kompetenzkonflikte jedoch stets als rechtmässig erachtet, wenn eine kantonale Steuerverwaltung einen Steuerdomizilentscheid sowohl für die Staatssteuer als auch für die direkte Bundessteuer traf und dieser Entscheid von kantonalen Gerichten überprüft wurde. Wird es selbst zur Beurteilung eines kantonalen Steuerdomizilentscheides angerufen, überweist es die Sache auch nicht an die Eidgenössische Steuerverwaltung, sondern entscheidet stets als letzte Instanz selbst (vgl. BGE 131 I 145; BGE 2A.408/2001 vom 6. Juni 2002, www.bger.ch; nach der heutigen Verhandlung publiziert: BGE 2P.86/2006 vom 9. Oktober 2006, a.a.O.). Demnach sind trotz der Bestimmung von Art. 108 DBG sowohl die Steuerverwaltung als auch das Steuergericht zur generellen Feststellung des Steuerdomizils berechtigt.

Auf den frist- und formgerecht erhobenen Rekurs ist demnach einzutreten.

2. Nachfolgend ist zu prüfen, ob die Rekurrentin in der Gemeinde A., Kanton Basel-Landschaft, steuerpflichtig ist.

3. a) Gemäss § 4 Abs. 1 StG und Art. 3 Abs. 1 StHG sind natürliche Personen im Kanton Basel-Landschaft kraft persönlicher Zugehörigkeit steuerpflichtig, wenn sie hier ihren steuerrechtlichen Wohnsitz haben. Natürliche Personen sind nach Art. 3 Abs. 1 DBG aufgrund persönlicher Zugehörigkeit steuerpflichtig, wenn sie ihren steuerrechtlichen Wohnsitz in der Schweiz haben. Gemäss Art. 105 Abs. 1 DBG erheben die kantonalen Behörden die direkte Bundessteuer von den natürlichen Personen, die zu Beginn der Steuerperiode oder der Steuerpflicht ihren steuerrechtlichen Wohnsitz im Kanton haben.

Einen steuerrechtlichen Wohnsitz haben die natürlichen Personen grundsätzlich an dem Ort, an welchem sie sich mit der Absicht dauernden Verbleibens aufhalten (vgl. Art. 3 Abs. 2 StHG und Art. 3 Abs. 2 DBG) bzw. an welchem sich der Mittelpunkt der Lebensinteressen befindet. Dem polizeilichen Domizil, an dem die Schriften hinterlegt sind oder die politischen Rechte ausgeübt werden, kommt dagegen keine entscheidende Bedeutung zu. Das sind bloss äussere Merkmale, die ein Indiz für den steuerrechtlichen Wohnsitz bilden können, wenn auch das übrige Verhalten der Person dafür spricht (vgl. Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, Zürich 2002, S. 57 ff.). Hält sich eine Person abwechslungsweise an zwei Orten auf, ist für die Bestimmung des Steuerdomizils massgebend, zu welchem Ort die betreffende Person die stärkeren Beziehungen unterhält. Bei Unselbständigerwerbenden ist das gewöhnlich der Ort, an dem sie für längere oder unbestimmte Zeit Aufenthalt nehmen, um von dort aus der täglichen Arbeit nachzugehen, ist doch der Zweck des Lebensunterhaltes dauernder Natur. Der Mittelpunkt der Lebensinteressen bestimmt sich für die Steuerhoheit nach der Gesamtheit der objektiven, äusseren Umstände, aus denen sich diese Interessen erkennen lassen, nicht nach den bloss erklärten Wünschen der steuerpflichtigen Person. Auf die gefühlsmässige Bevorzugung eines Ortes kommt es nicht an; der steuerrechtliche Wohnsitz ist insofern nicht frei wählbar. Auch die Absicht, an einem dieser Orte auf Lebzeiten zu verweilen wird nicht vorausgesetzt; es genügt, dass die steuerpflichtige Person dort verweilen will bis spätere Umstände Änderungen veranlassen (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., § 3 N. 14). Die Frage, zu welchem der Aufenthaltsorte die steuerpflichtige Person die stärkeren Beziehungen unterhält, ist jeweils aufgrund der Gesamtheit der Umstände des Einzelfalles zu beurteilen (vgl. zum Ganzen BGE 2P.260/2004 vom 28. April 2005, E. 2.2, a.a.O.).

Bei verheirateten Personen werden die persönlichen und familiären Kontakte zum Ort, an dem sich ihre Familie (Ehegatte und Kinder) aufhält, als stärker erachtet als diejenigen zum Arbeitsort, wenn sie in nicht leitender Stellung unselbständig erwerbstätig sind und täglich oder an den Wochenenden regelmässig an den Familienort zurückkehren. Demnach unterstehen verheiratete Pendler oder Wochenaufenthalter grundsätzlich ausschliesslich der Steuerhoheit desjenigen Kantons, in dem sich ihre Familie aufhält; anders verhält es sich nur, wenn sie in leitender Stellung tätig sind (vgl. zum Ganzen BGE 2P.260/2004 vom 28. April 2005, E. 2.2, a.a.O.).

Diese Praxis findet auch auf ledige Personen Anwendung, zählt die Rechtsprechung doch Eltern und Geschwister ebenfalls zur Familie des Steuerpflichtigen. Allerdings werden die Kriterien, nach denen entschieden wird, wann anstelle des Arbeitsorts der Aufenthaltsort der Familie als Hauptsteuerdomizil anerkannt werden kann, in der Praxis besonders streng gehandhabt; dies folgt aus der Erfahrung, dass die Bindung zur elterlichen Familie regelmässig lockerer ist als jene unter Ehegatten. Bei ledigen Steuerpflichtigen ist vermehrt noch als bei verheirateten Personen zu berücksichtigen, ob weitere als nur familiäre Beziehungen zum einen oder anderen Ort ein Übergewicht begründen. Dadurch erhält der Grundsatz, wonach das Hauptsteuerdomizil von Unselbständigerwerbenden am Arbeitsort liegt, grösseres Gewicht: Selbst wenn ledige Steuerpflichtige allwöchentlich zu den Eltern oder Geschwistern zurückkehren, können die Beziehungen zum Arbeitsort überwiegen. Dies kann namentlich zutreffen, wenn sie am Arbeitsort über einen besonderen Freundes- und Bekanntenkreis verfügen oder sich dort eine Wohnung selber eingerichtet haben, welche auch für dauerhaftes Wohnen geeignet ist (vgl. Höhn/Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, Bern 2000, § 7 N. 73). Besonderes Gewicht haben in diesem Zusammenhang auch die Dauer des Arbeitsverhältnisses und das Alter der steuerpflichtigen Person (vgl. zum Ganzen BGE 2P.260/2004 vom 28. April 2005, E. 2.2, a.a.O.). So geht die Praxis namentlich davon aus, dass die Beziehungen einer steuerpflichtigen Person zur elterlichen Familie regelmässig nicht mehr so stark sind, wenn jene das 30. Altersjahr überschritten hat oder sich seit mehr als fünf Jahren ununterbrochen am selben Arbeitsort aufhält (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., Art. 3 N. 28).

Die Kontakte am Familienort müssen sich auf einen bestimmten Ort beziehen; es genügt nicht, dass die Beziehungen generell zu einer bestimmten Region insgesamt bestehen. Werden am Wochenende und in der Freizeit Beziehungen zu mehreren Orten gepflegt, ist eher anzunehmen, dass der Lebensmittelpunkt und damit der steuerrechtliche Wohnsitz am Arbeitsort ist (vgl. Arnold, Der steuerrechtliche Wohnsitz natürlicher Personen im interkantonalen Verhältnis nach der neueren bundesgerichtlichen Rechtsprechung, in: Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA], Bd. 68, S. 458).

b) In Bezug auf die Beweisführung sind folgende Grundsätze massgebend: Der Umstand, dass ein lediger Steuerpflichtiger vom Ort aus, an dem er sich während der Woche aufhält, eine unselbständige Erwerbstätigkeit ausübt, begründet nach der Rechtsprechung die natürliche Vermutung, dass er dort sein Steuerdomizil hat. Diese Vermutung lässt sich nur entkräften, wenn er regelmässig, mindestens einmal pro Woche, an den Ort zurückkehrt, an dem seine Familie lebt, mit welcher er aus bestimmten Gründen besonders eng verbunden ist, und an dem er andere persönliche und gesellschaftliche Beziehungen pflegt. Nur wenn der steuerpflichtigen Person der Nachweis solcher familiären und gesellschaftlichen Beziehungen gelingt, obliegt es dem Kanton des Wochenaufenthaltsorts nachzuweisen, dass an diesem Ort gewichtige wirtschaftliche und allenfalls persönliche Beziehungen unterhalten werden (vgl. BGE 2P.260/2004 vom 28. April 2005, E. 2.3, a.a.O.; BGE 2P.180/2003 vom 17. Juni 2004, E. 2.4, a.a.O.).

4. a) Seit 1. Oktober 1990 ist die ledige Rekurrentin in A. als Wochenaufenthalterin angemeldet und mietet eine 3.5-Zimmerwohnung, die sie selber eingerichtet hat. Ihr polizeiliches Domizil befindet sich seit 29. September 1953 in B., wo sie seit 1. Januar 1991 Mieterin eines 1-Zimmerstudios ist. Sie ist seit 1. September 1999 bei ihrem jetzigen Arbeitgeber tätig, zuerst als Geschäftsführerin und seit 1. Juli 2003 als Senior Management Consultant.

Die Rekurrentin hält sich somit während der Woche in A. auf und geht von dort aus ihrer unselbständigen Erwerbstätigkeit nach. Demnach besteht vorliegend die natürliche Vermutung, dass sich ihr Steuerdomizil in A. befindet. Es obliegt der Rekurrentin, diese Vermutung zu entkräften.

b) Die Rekurrentin machte geltend, ihr Lebensmittelpunkt sei in B.. Seit über acht Jahren wohne sie mit ihrem Lebenspartner aus B. in einer 5.5-Zimmerwohnung. Das Studio diene lediglich der Aufbewahrung persönlicher Sachen aus dem Nachlass ihrer Eltern und als Büro. Auf Rückfrage des Steuergerichts präzisierte die Rekurrentin jedoch, dass ihr Lebenspartner in D. bei B. wohne. Des Weiteren führte sie aus, der Beruf habe sie in die Region C. gezogen, wo sie seit Jahren Kaderpositionen innehabe. Ihr Arbeitspensum von 14 Stunden täglich erlaube es ihr nicht, jeden Abend nach Hause zu pendeln. Aus demselben Grund habe sie auch keine Zeit, in C. Freundschaften und Bekanntschaften zu pflegen.

Es erscheint wenig glaubwürdig, dass die Rekurrentin während der langen Zeit im Raume C. keinerlei Beziehungen zu Berufskollegen oder Nachbarn geknüpft hat. Überdies wird sie wohl, entgegen ihrer Behauptungen, ihre Besorgungen zu einem grossen Teil unter der Woche in C. bzw. A. erledigen müssen; sie wird kaum alles bis zum Wochenende aufschieben können. Dass die Rekurrentin ausschliesslich von A. aus mit den Steuerbehörden kommuniziert hat, ist ebenfalls ein Indiz dafür, dass sich ihr Lebensmittelpunkt in A. befindet. Ausserdem lässt der dauernde Charakter ihrer Anstellung darauf schliessen, dass sie sich in der Absicht dauernden Verbleibens in A. aufhält. Daran ändert auch ihre Aussage, sie sei höchstens noch drei bis vier Jahre berufstätig und wolle danach ihren Lebensabend in B. verbringen, nichts. Auch das Argument, die Krankenkassenprämien seien im Kanton D. günstiger als im Kanton Basel-Landschaft, vermag die natürliche Vermutung, dass sich ihr Steuerdomizil in A. befindet, nicht zu entkräften. Des Weiteren ist es aufgrund der guten Zugverbindungen und des geringen Zeitaufwandes durchaus zumutbar, von B. nach C. zu pendeln. Der Umstand, dass die Rekurrentin offenbar einen Grossteil ihrer Wochenenden mit ihrem Lebenspartner in dessen Wohnung in D. verbringt, verdeutlicht weiter, dass sie nicht speziell mit ihrem geltend gemachten Wohnort in B. verbunden ist.

Schliesslich kann die Rekurrentin nichts zu ihren Gunsten daraus ableiten, dass die Steuerbehörden des Kantons Basel-Landschaft nicht schon früher die Steuerhoheit beansprucht haben. Keinesfalls kann daraus gefolgt werden, dass sich der steuerrechtliche Wohnsitz in einem anderen Kanton befand (vgl. BGE 2A.408/2001 vom 6. Juni 2002, E. 3.5, a.a.O.). Die Steuerverwaltung muss sich demnach weder vorwerfen lassen, ihre Haltung zum Steuerdomizil der Rekurrentin gewechselt zu haben, noch muss sie sich auf eine Änderung der tatsächlichen Begebenheiten berufen können, um ihren heutigen Standpunkt einnehmen zu dürfen (vgl. BGE 125 I 54, 60 E. 3c). Vielmehr ist sie geradezu verpflichtet, die Verhältnisse für jede Steuerperiode neu zu überprüfen.

Aufgrund der gesamten aktenkundigen äusseren Umstände ergibt sich, dass die Rekurrentin seit 1. Januar 2003 ihren Lebensmittelpunkt und damit ihren steuerrechtlichen Wohnsitz in A., Kanton Basel-Landschaft, hat.

5. (…)