Aus den Erwägungen:

2. Zunächst ist zu prüfen, ob die gesamten Invaliditäts-Leistungen der Pensionskasse für die Zeit vom 1. März 1996 bis 31. Dezember 2002 als Kapitalabfindung für wiederkehrende Leistungen unter Berücksichtigung der übrigen Einkünfte und zulässigen Abzüge zu dem Steuersatz zu berechnen ist, der sich ergäbe, wenn anstelle dieser Nachzahlung der Invalidenrente eine entsprechende jährige Leistung ausgerichtet worden wäre.

a) Gehören zu den Einkünften Kapitalabfindungen für wiederkehrende Leistungen, so wird die Einkommenssteuer unter Berücksichtigung der übrigen Einkünfte und der zulässigen Abzüge zu dem Steuersatz berechnet, der sich ergäbe, wenn anstelle der einmaligen Leistungen eine entsprechende jährliche Leistung ausgerichtet würde (Art. 37 DBG). Bei den wiederkehrenden Leistungen, die in Kapitalform ausgerichtet werden, kann es sich sowohl um künftige als auch um vergangene handeln (Entscheid des Steuergerichts Nr. 99/2002 vom 1. November 2002).

b) Gemäss dem Wortlaut der Bestimmung von Art. 37 DBG ("Kapitalabfindungen für wiederkehrende Leistungen") wäre für die Bemessung des satzbestimmenden Einkommens die gesamte Rentennachzahlung für die Zeit vom 1. März 1996 bis 30. Juni 2002 von Fr. 214'912.-- heranzuziehen und nicht wie dies die Steuerverwaltung tat nur die Rentennachzahlung vom 1. März 1996 bis 31. Dezember 2001. Indes ist daraus, dass der Wortlaut einer gesetzlichen Bestimmung an sich klar ist, nicht ohne weiteres zu schliessen, dass für eine sinngemässe Auslegung kein Raum bleibe. Nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts darf von ihm abgewichen werden, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass er nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung aus ihrem Grund und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit andern Gesetzesbestimmungen ergeben (BGE 99 Ib 506 E. 3).

c) Der Steuerpflichtige bringt vor, dass das satzbestimmende Einkommen von Fr. 94'808.-- einerseits die Rentenbeträge aus der Pensionskasse für das ganze Jahr 2002 von Fr. 38'904.-- und anderseits einen durchschnittlichen Rentenbetrag aus der Nachzahlzeit von Fr. 33'507.-- beinhalte, d.h. zwei Jahresrenten. Als satzbestimmendes Einkommen für die Rentenleistungen der Zeit vom 1. März 1996 bis 31. Dezember 2002 sollte jedoch nur ein durchschnittlicher Rentenbetrag pro Jahr von Fr. 34'297.-- herangezogen werden.

d) Sinn und Zweck von Art. 37 DBG ist sicherzustellen, dass Kapitalabfindungen, welche Leistungen abgelten, die gewöhnlich in mehreren Jahren zufliessen, bei der Steuersatzermittlung nur in der Höhe einer entsprechenden Jahresleistung zu berücksichtigen sind und damit sicherzustellen, dass die Steuerbelastung für die Kapitalabfindungen nicht grösser wird als sie es bei wiederkehrenden Leistungen wäre, sondern zu demjenigen Steuersatz, der Anwendung fände, wenn anstelle der Kapitalabfindung einzelne Jahresbetreffnisse ausbezahlt würden (vgl. Der Steuerentscheid [StE] 2001 B 26.13 Nr. 15).

Würde Art. 37 DBG nach dem Wortlaut ausgelegt, so hätte dies beispielsweise zur Folge, dass drei verschiedene Rentenbezüger, die am 1. Januar 1997 einen Anspruch auf eine Rente von Fr. 50'000.-- pro Jahr erwarben, jedoch beim Ersten, dem diese Rentenleistungen am 1. Januar 2002 ausbezahlt würden, die Rente von Fr. 50'000.-- für das laufende Jahr sowie die Nachzahlung von Fr. 250'000.-- mit Fr. 50'000.--; beim Zweiten, dem diese Rentenleistungen am 30. Juni 2002 ausbezahlt würden, die Rente für ein halbes Jahr in der Höhe von Fr. 25'000.-- sowie die Nachzahlung von Fr. 275'000.-- mit Fr. 50'000.--, beim Dritten, dem diese Rentenleistungen am 31. Dezember 2002 ausbezahlt würden, die Nachzahlung von Fr. 300'000.-- mit Fr. 50'000.-- zur Satzbestimmung herangezogen würde.

Dies würde bedeuten, dass je später im Jahr die Rentennachzahlung erfolgen würde, das zur Satzbestimmung herangezogen Einkommen aus den Invalidenrentenleistungen um so tiefer ausfallen würde.

Eine solche unterschiedliche Behandlung lässt sich sachlich nicht begründen und würde eine unzulässige Verletzung der Rechtsgleichheit führen.

Der Wortlaut von Art. 37 DBG gibt somit offensichtlich nicht den wahren Sinn wieder, der dieser Bestimmung zukommen muss. Sie kann nur so verstanden werden, dass eine laufende Rente bei der Berechnung des satzbestimmenden Einkommens nach Art. 37 DBG nicht als übrige Einkünfte zu der Jahresrente der Rentennachzahlung aufgerechnet wird, sondern bei der Feststellung der Jahresrente als Kapitalabfindung für wiederkehrende Leistungen miteinzubeziehen ist. Im vorliegenden Fall sind demnach zur Bemessung des satzbestimmenden Einkommens das Durchschnittseinkommen der dem Beschwerdeführer von der Pensionskasse der X AG ausgerichteten Nachzahlung der Invalidenrente für die Zeit vom 1. März 1996 bis 30. Juni 2002 von Fr. 214'912.-- sowie der Renten für die Zeit vom Juli bis Dezember 2002 von insgesamt Fr. 19'452.-- zu berücksichtigen. Die Beschwerde ist somit in dieser Hinsicht gutzuheissen.

3. Weiter ist zu prüfen, ob für die Rentenleistungen für die Zeit vom 1. März 1996 bis 31. Dezember 2001 ein Rentenfreibetrag von 20% zu gewähren ist.

a) Gemäss Art. 204 DBG gilt für Renten und Kapitalabfindungen aus beruflicher Vorsorge, die entweder vor dem 1. Januar 1987 zu laufen beginnen oder fällig werden, oder die vor dem 1. Januar 2002 zu laufen beginnen oder fällig werden und auf einem Vorsorgeverhältnis beruhen, das am 31. Dezember 1986 bereits bestanden hat, folgende Übergangsregelung: Renten werden besteuert zu 80%, wenn die Leistungen, auf denen der Anspruch des Steuerpflichtigen besteht, mindestens zu 20% vom Steuerpflichtigen erbracht worden sind.

b) Der Beschwerdeführer macht geltend, im Einsprache-Entscheid werde die Nichtgewährung des Rentenfreibetrages damit erklärt, dass die Auszahlung erst im Jahr 2002 erfolgt sei. Somit sei altes Recht anwendbar. Damit sei er ganz und gar nicht einverstanden. Tatsache sei, dass er bereits seit März 1996 einen rechtmässigen Anspruch auf die Rente gehabt habe, d.h. auch in der Zeit als das alte Recht noch gültig gewesen sei. Zudem sei der ganze Prozess der Abklärung des rückwirkenden IV-Anspruchs und anschliessendem rückwirkendem Pensionskassen Anspruch äusserst langwierig und von ihm zeitlich nicht beeinflussbar gewesen. Dem schliesst sich die Steuerverwaltung in ihrer Vernehmlassung an.

c) In casu ist aufgrund der Rentenmeldung vom 23. August 2002 das versicherte Ereignis am 1. Januar 1994 eingetreten. Die Leistungen waren nach Ablauf der Wartefrist ab dem 1. März 1996 fällig geworden. Demzufolge ist gemäss Art. 204 DBG einen Freibetrag von 20% auf die Rentenzahlung gerechtfertigt unabhängig davon, ob die Auszahlung der Leistungen erst Jahre später erfolgt ist, das heisst nach dem 1. Januar 2002. Der Auszahlungszeitpunkt ändert nichts am Beginn der Leistungspflicht und darf deshalb den Steuerpflichtigen nicht benachteiligen. Aus den erwähnten Gründen ist der Beschwerde in diesem Punkt gutzuheissen.