Aus den Erwägungen:

2. a) Die Rekurrentin (X AG) machte im Wesentlichen geltend, sie habe am … einen Werkvertrag mit der Y betreffend den Umbau und die Sanierung der streitbetroffenen Liegenschaft … abgeschlossen. Die Vertragsparteien hätten sich auf einen Werkpreis von Fr. … geeinigt. Trotzdem weigere sich die Vorinstanz, den vollen Werkpreis grundsteuerlich anzurechnen, indem sie Fr. … davon in Abzug bringe. Sie stelle sich auf den Standpunkt, zumindest dieser Betrag sei nicht direkt an die Handwerker, sondern an N in Liechtenstein bezahlt worden. … Selbst wenn die Y nicht sämtliche Zahlungen der Rekurrentin an die Handwerker weitergeleitet hätte - was nicht aktenkundig sei und bestritten werde - müsste der ganze Werkpreis dennoch steuermindernd angerechnet werden. Denn die Verwendung des Werkpreises durch Y sei für die steuerliche Beurteilung absolut ohne Belang. Die von ihr beigezogenen Handwerker müssten nicht notwendigerweise und zwingend aus den Geldern der Rekurrentin bezahlt werden. Hierfür könnten auch andere Quellen dienen. Wie die Y ihren Verpflichtungen gegenüber den Unternehmern nachkomme, sei grundsteuerlich unmassgeblich. Selbst wenn die Handwerker in extremis für ihre Arbeiten nicht entschädigt worden wären, gelte der von der Rekurrentin der Y entrichtete Werkpreis als massgebliche Aufwendung, die bei der Grundstückgewinnsteuer angerechnet werden müsse.

Nach der allgemeinen Beweislastregel trägt die Steuerbehörde grundsätzlich die Beweislast für die steuerbegründenden Tatsachen, während der Steuerpflichtigen die Beweislast für Tatsachen obliegt, welche die Steuerschuld mindern oder aufheben (BGE 121 II 257 E. 4c/aa S. 266 und 273 E. 3c/aa S. 284; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, 5. Auflage, Zürich 1995, S. 379 und 415). Bei der hier streitigen Frage, ob die Zahlung an die Y als werterhöhende Aufwendung anzuerkennen ist, handelt es sich um eine steuermindernde Tatsache, die nach der allgemeinen Regel von der Rekurrentin zu beweisen ist, denn wäre die Frage zu bejahen, könnte die Rekurrentin die Zahlung als werterhöhende Aufwendung von dem von der Rekurrentin aus der Veräusserung der streitbetroffenen Parzellen erzielten Veräusserungserlös abziehen (§ 78 Abs. 1 lit. a StG), wodurch sich der steuerbare Grundstückgewinn entsprechend vermindern würde. Im Weiteren ist die Einschätzungsbehörde nach § 109 Abs. 2 StG befugt, die Steuerverhältnisse mit der Steuerpflichtigen persönlich zu besprechen. Sie kann von ihr verlangen, dass sie die in ihrem Besitz befindlichen Bücher, Urkunden und anderen Belege einreicht. Mit diesen gesetzlichen Bestimmungen wird der Steuerpflichtigen eine allgemeine Verpflichtung auferlegt, die Steuerbehörden über alle für die Veranlagung massgebenden wesentlichen Tatsachen zu informieren (Steuer Revue [StR] 1993, S. 188 E. 2). So ist die Steuerpflichtige aufgrund von § 116 Abs. 2 StG verpflichtet, eine von ihren Gläubigern oder Schuldnern ausgestellte Bescheinigung über den Bestand, die Höhe und die Verzinsung der Guthaben einzureichen. Dabei dürfen qualifizierte Anforderungen gestellt werden, wenn es um Rechtsgeschäfte mit juristischen Personen mit Sitz in einem Land geht, das die fiktive Sitznahme erleichtert, wie dies beim Fürstentum Liechtenstein der Fall ist (Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 55 S. 137 ff.). Auch unter diesem Gesichtspunkt ist es nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz bzw. die Steuerverwaltung von der Rekurrentin den Nachweis verlangte, dass die im Fürstentum Liechtenstein domizilierte Y im Zusammenhang mit der Überbauung effektiv eine dem Werklohn entsprechende Gegenleistung als Generalunternehmerin erbrachte (zum Ganzen: BGE vom 9. Juni 1998 i.S. K. in: die neue Steuerpraxis [NStP] 1998, S. 125 ff. E. 2a).

b) Die Vorinstanz hielt diesen Nachweis nicht für erbracht. Sie stützt sich insbesondere darauf, dass sie mit Brief vom … die Z als bevollmächtigte Vertreterin der X aufgefordert habe, den Nachweis zu erbringen, welche Zahlungen tatsächlich an die Handwerker erfolgt seien. Als Ergebnis sei aber lediglich eine Liste der am Bau beteiligten Handwerker geliefert worden. Am … habe sie deshalb allen am Bau des Mehrfamilienhauses … in A beteiligten Handwerker einen entsprechenden Brief geschrieben. Auf diesen Brief seien in der Folge Unterlagen von einigen Handwerkern eingetroffen. … c)Die Annahme, die Y habe im Zusammenhang mit der Überbauung effektiv von den zum Abzug geltend gemachten Fr. … im Umfang von Fr. … keine Leistung als Generalunternehmerin erbracht, ist nicht zu beanstanden. Zwar wurde bezüglich der Überbauung ein vom … datierter Generalunternehmervertrag vorgelegt. Es fehlt aber jeder Beweis dafür, dass die Y die ihr darin übertragene Tätigkeit auch wirklich wahrnahm. Insbesondere fehlt etwa eine vollständige Bauabrechnung mit den entsprechenden Belegen über die Zahlungen an die beteiligten Handwerker. Es lässt sich demzufolge nicht überprüfen, ob die Y effektiv Leistungen im vollen Umfang der geltend gemachten Generalunternehmerkosten von Fr. … erbrachte. … Schliesslich vermag auch die von der Rekurrentin in Auftrag gegebene Schätzung der B den Beweis, dass die Y im vollen Umfang der geltend gemachten Generalunternehmerkosten eine Gegenleistung erbrachte, nicht zu erbringen.

Fehlt es somit am Nachweis, dass die Y effektiv im vollen Umfang der geltend gemachten Aufwendungen von Fr. … tätig geworden ist, kann die streitige Zahlung nicht als werterhöhende Aufwendung anerkannt werden (zum Ganzen: BGE vom 9. Juni 1998 i.S. K., a.a.O., E. 2c).

3. Die Rekurrentin handelt gewerbsmässig mit Liegenschaften. Sie hat ihren Sitz im Kanton C und unterhält in keinem andern Kanton eine Betriebsstätte. Aus den hier zu beurteilenden Verkäufen der Stockwerkeigentumswohnungen in A erzielte die Rekurrentin in den Jahren … einen Gewinn. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts steht das Grundeigentum und sein Ertrag unter der Steuerhoheit des Kantons, in dem es sich befindet. Das gleiche gilt für den bei der Veräusserung einer Liegenschaft erzielten Gewinn, und zwar ohne Rücksicht darauf, ob er durch die allgemeine Einkommens- bzw. Gewinnsteuer oder durch eine besondere Wertzuwachsoder Grundstückgewinnsteuer erfasst wird (BGE 92 I 461 E. 2 S. 465 f. = Basellandschaftliche und Baselstädtische Steuerpraxis [BStPra.] III, 381).

Den vom Liegenschaftenhändler erzielten Gewinn ganz dem Kanton der gelegenen Sache zuzuweisen, lässt sich sachlich nur rechtfertigen, wenn alle Aufwendungen, die dem Händler im Hinblick auf die Gewinnerzielung erwachsen, von diesem Kanton zum Abzug zugelassen werden müssen und deshalb vom Kanton, in dem der Händler zufolge Wohn- oder Geschäftssitz sein übriges Einkommen zu versteuern hat, nicht berücksichtigt zu werden brauchen. Zu den vom Liegenschaftskanton zu tragenden Aufwendungen gehören unter anderem die durch den Liegenschaftsertrag nicht gedeckten Zinsen der Darlehen, die der Liegenschaftenhändler zur Finanzierung seiner Geschäfte aufgenommen hat. Da die Pflicht des Liegenschaftskantons zum Abzug aller für die Gewinnerzielung notwendigen Aufwendungen des Händlers unmittelbar aus dem bundesrechtlichen Verbot der Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV; Art. 46 Abs. 3 aBV) folgt, besteht sie, wie das Bundesgericht in bezug auf die durch den Liegenschaftsertrag nicht gedeckten Schuldzinsen wiederholt entschieden hat, auch dann, wenn das betreffende kantonale Recht den Abzug dieser Zinsen vom steuerbaren Grundstückgewinn nicht vorsieht (BGE 92 I 461 E. 2a S. 467 = BStPra. III, 381). …

b) Im Weiteren ist der Liegenschaftskanton nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verpflichtet, den Betriebsaufwand, der nicht laufend mit den im Liegenschaftskanton erzielten Einkünften verrechnet werden konnte, steuerlich zu aktivieren und bei einer allfälligen Veräusserung der Liegenschaft den Anlagekosten zuzurechnen (BGE 120 Ia 361 E. 6a S. 367). Zu den Betriebskosten, die vom Liegenschaftskanton zu tragen sind, gehören insbesondere die Unterhaltskosten eines Grundstücks, die Zinsen jeglicher Art auf den zur Finanzierung des Erwerbs, der Überbauung der Liegenschaft oder zur Vornahme wertvermehrender Investitionen eingegangenen Schulden und ein Anteil an den Unkosten, die dem Liegenschaftenhändler am Sitz zufolge der mit dem An- und Verkauf sowie der Vermietung der Liegenschaften verbundenen Umtriebe in der Form von Personal- und Sachauslagen u.a.m. erwachsen sind (BGE 120 Ia 361 E. 5b S. 366; Ernst Höhn/Peter Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Auflage, Bern 2000, N. 19 zu § 28; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, Zürich 1999, N. 111 zu § 221). Dagegen hat der Liegenschaftskanton keinen Anteil an einem allfällig im Sitzkanton entstandenen Geschäftsverlust zu übernehmen (Höhn/Mäusli, a.a.O., N. 48 zu § 28). … c)Schliesslich sind einer Liegenschaftenhändlerin in Form einer juristischen Person nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung die auf der Veräusserung von Grundstücken im Kanton erhobenen Grundstückgewinnsteuern, soweit sie vom Ertrag im Kanton nicht abgezogen werden konnten, vom Grundstückgewinn zum Abzug zuzulassen (BGE 92 I 461 E. 2c S. 468 f. = BStPra. III, 382 f.). Die nicht verrechnete Grundstückgewinnsteuer ist darauf bei der Ermittlung des steuerbaren Gewinns zu berücksichtigen, wobei die berechneten Grundstückgewinnsteuern solange vom einstweiligen Grundstückgewinn subtrahiert, davon ausgehend neu berechnet und wiederum subtrahiert werden, bis sich durch Einmittung der definitive massgebliche Grundstückgewinn ergibt, für welchen die definitive Grundstückgewinnsteuer zu ermitteln ist (iterative Berechnung) (Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., N. 121 zu § 221). Vorliegend gewährte die Steuerverwaltung in der Grundstückgewinnsteuerveranlagung Nr. 1 der Rekurrentin jedoch keinen Abzug der Grundstückgewinnsteuer. Daher ist der Rekurs insoweit teilweise gutzuheissen und die Sache an die Steuerverwaltung zurückzuweisen, damit sie die Grundstückgewinnsteuer im Sinne der Erwägungen neu berechne.