Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Der Vertreter des Pflichtigen macht in seiner Beschwerde vom 22. August 2007 u.a. eine grobe Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV geltend. Die Steuerverwaltung sei ihrer Begründungspflicht im Einsprache-Entscheid vom 23. Juli 2007 nur völlig unzureichend nachgekommen, weshalb es dem Vertreter kaum möglich gewesen sei eine detailliert begründete Beschwerdeschrift zu erstellen und dabei auf die Vorbringen der Steuerverwaltung zu antworten.

Die Steuerverwaltung habe einzig neun Punkte aufgeführt, welche völlig zusammenhangslos scheinbar erklären sollen, weshalb die Nachsteuerberechnung bestehen bleiben solle. Welche Versäumnisse aber dem Beschwerdeführer angelastet werden, gingen daraus nicht hervor. Schon die angefochtene Verfügung vom 12. Januar 2006 sei mit deutlichen Mängeln betreffend der Begründungspflicht behaftet gewesen. Weshalb nun der Einsprache-Entscheid ebenso bzw. um Einiges weniger begründet sei als die Verfügung erstaune doch in höchstem Masse. Die Steuerverwaltung habe mehr als ein ganzes Jahr Zeit gehabt, sich mit der Einsprache auseinanderzusetzen und die relevanten Punkte eingehend zu prüfen. Es sei zudem deutlich herauszustreichen, dass es sich in vorliegender Sache um ein streitiges Verwaltungsverfahren handle. Trotzdem genüge die Begründung des Einsprache-Entscheides nicht den erhöhten Anforderungen an die Begründungspflicht im streitigen Verwaltungsverfahren. Es sei dem Beschwerdeführer schlichtweg nicht möglich, nachzuvollziehen, auf Basis welcher Argumente die Steuerverwaltung zu besagtem Entscheid komme. Er sei somit auch nicht in die Lage versetzt, in Kenntnis aller Umstände klar abzuwägen und zu beurteilen, wie sich die rechtliche Situation aus Sicht der Behörde darstelle. Überdies sei ebenso unterlassen worden, etwelche rechtliche Grundlagen für besagten Entscheid zu nennen. Die Nachbesteuerung sei vor diesem Hintergrund vollständig unerklärlich. Schliesslich werde der Eindruck erweckt, dass die Steuerverwaltung nach ihrem eigenen Gutdünken entschieden habe, eventuell sogar im Wissen darüber, dass sich ihr getroffener Entscheid kaum auf eine rechtliche Grundlage und eine kohärente Argumentation stützen könne. Ob hier sogar eine willkürliche Entscheidfindung vorliege könne mangels Nennung allfälliger Grundlagen nicht abschliessend gesagt werden.

3. Nach Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Einen vergleichbaren Anspruch auf Begründung gewährt auch Art. 6 Abs. 1 EMRK in seinem Geltungsbereich. Nach Ansicht der Lehre gilt die Begründungspflicht nach Art. 6 Abs. 1 EMRK nicht nur für die Gerichte im Sinne dieser Bestimmung, sondern auch für Verwaltungsbehörden, weil eine ungenügende Begründung der Verfügung faktisch den Zugang zum Gericht einschränken und die richterliche Kontrolle in Frage stellen kann (vgl. Alfred Kölz/Isabelle Häner Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, Zürich 1998, S. 359).

a) Die Art und Weise, wie ein gerichtliches oder administratives Verfahren abläuft, ist wesentlich für die Legitimation einer staatlichen Entscheidung und deren Akzeptanz in der Bevölkerung. Der Rechtssuchende muss sich dem Verfahrensrecht unterwerfen, wobei er nur wenige Parameter beeinflussen kann. Er ist darauf angewiesen, dass ihm der Zugang zur Justiz nicht verwehrt wird und ein Entscheid fair, unabhängig und innert nützlicher Frist zustande kommt. Die verfassungsrechtlichen Verfahrensgarantien in Art. 29 - 32 BV sind dazu da, diesen rechtsstaatlichen Ansprüchen gerecht zu werden und wenigstens einen Minimalstandard zu garantieren. Aus diesem Grund werden die Verfahrensgarantien auch "Garantien prozeduraler Gerechtigkeit" genannt (vgl. Häfelin/Haller, Schweizerisches Bundesstaatrecht, 6. Auflage, Zürich, 2005, N.827).

Das explizit durch die Verfassung gewährleistete rechtliche Gehör stellt eine fundamentale Garantie für ein rechtsstaatliches Verfahren dar. Es dient der Sachaufklärung und garantiert dem Betroffenen ein Persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht im Verfahren. Der Grundsatz gilt nach der heutigen Rechtsprechung für alle Rechtsanwendungsverfahren: Zivilprozesse, Strafprozesse, Schuldbetreibungs- und Konkurssachen, Verwaltungsverfahren. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts greift der Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren überall dort Platz, wo die Gefahr besteht, dass der einzelne durch den Erlass einer Verfügung in seinen rechtlich geschützten Interessen verletzt wird (vgl. Häfelin/Haller, a.a.O., N 835ff.).

b) Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst neben der Möglichkeit des Betroffenen, sich zu allen relevanten Gesichtpunkten zu äussern und Beweisanträge zu stellen, der Mitwirkung bei Beweiserhebungen, dem Recht auf Stellungnahme zum Vorbringen der Gegenpartei und zum Ergebnis des Beweisverfahrens, dem Akteneinsichtsrecht, dem Anspruch auf richtige Zusammensetzung der entscheidenden Behörde im Verwaltungsverfahren, dem Anspruch auf Prüfung der Anträge und Stellungnahmen durch die verfügende oder urteilende Behörde, die sich in der Begründung des Entscheids niederschlägt, hat der Einzelne im Verwaltungsverfahren auch Anspruch auf einen begründeten Entscheid (vgl. Häfelin/Haller, a.a.O., N 838).

Die Pflicht, Verfügungen zu begründen, ergibt sich für die Behörden des Bundes aus Art. 35 Abs. 1 VwVG, für kantonale Behörden aus dem kantonalen Verfahrensrecht. Ein Mindestanspruch auf Begründung folgt aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör. Die Begründung einer Verfügung entspricht den Anforderungen von Art. 29 Abs. 2 BV, wenn die Betroffenen dadurch in die Lage versetzt werden, die Tragweite der Entscheidung zu beurteilen und sie in voller Kenntnis der Umstände an eine höhere Instanz weiterzuziehen (vgl. Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Auflage, Zürich 2006, N 1705f.).

c) Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV (früher: Art. 4 aBV) haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs leitet das Bundesgericht in ständiger Rechtsprechung die Pflicht der Behörden ab, ihre Verfügungen und Entscheide zu begründen (BGE 126 I 97 E. 2b S. 102; zu Art. 4 aBV grundlegend BGE 112 Ia 107 E. 2b S. 109 f.; vgl. auch Botschaft des Bundesrates über eine neue Bundesverfassung vom 20. November 1996, BBl 1997 I 182 zu Art. 25). Der Grundsatz des rechtlichen Gehörs als persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, sorgfältig und ernsthaft prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die grundsätzliche Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Der Bürger soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat. Die Begründung eines Entscheids muss deshalb so abgefasst sein, dass der Betroffene ihn gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheids ein Bild machen können. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde leiten liess und auf welche sich ihr Entscheid stützt (BGE 126 I 97 E. 2b S. 102 f. mit Hinweisen) (Entscheid des Bundesgerichts [BGE] 129 I 232, 236 E. 3.2).

Die Begründungspflicht erscheint so nicht nur als ein bedeutsames Element transparenter Entscheidfindung, sondern dient zugleich auch der wirksamen Selbstkontrolle der Behörde (Entscheid des Bundesgerichts [BGE] 112 Ia 107 E. 2b).

Die Rechtsprechung des Bundesgerichts bejaht seit 1970 einen Begründungszwang selbst dann, wenn keine entsprechende gesetzliche Norm vorliegt, denn es entspreche allgemeinen rechtsstaatlichen Prinzipien, dass dem Rechtssuchenden die Entscheidungsgründe eröffnet werden (vgl. Jürg Stadelwieser, Die Eröffnung von Verfügungen, Diss. St. Gallen, 1994, S. 186f.) d)Gemäss Art. 135 Abs. 2 DBG wird der Entscheid begründet und dem Steuerpflichtigen sowie der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer zugestellt. Er wird auch der Eidgenössischen Steuerverwaltung mitgeteilt, wenn diese bei der Veranlagung mitgewirkt oder die Eröffnung des Einspracheentscheides verlangt hat.

Im Sinn einer Minimalforderung hat ein Einspracheentscheid eine kurze Darlegung des Sachverhalts, der dem Entscheid zugrunde gelegt wird, und eine gedrängte Erläuterung der Rechtsauffassung der Veranlagungsbehörde, die zum betreffenden Entscheid bzw. zu den Abweichungen von den Anträgen des Einsprechers führt, sowie eine Rechtsmittelbelehrung zu enthalten. In der fehlenden, irreführenden oder (wesentliche) ungenügenden Begründung einer Entscheidung liegt eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, Art. 135 N 8ff.).

4. a) Vorliegend hat die Steuerverwaltung die Einsprache des Pflichtigen mit Einsprache-Entscheid Nachsteuern und Bussen zur direkten Bundessteuer 2001 vom 23. Juli 2007 teilweise gutgeheissen. Auf eine Darstellung des Sachverhalts wurde verzichtet, wobei die Begehren des Pflichtigen nochmals aufgelistet wurden. Die Steuerverwaltung äussert sich in neun kurzen Sätzen, weshalb sie die Einsprache des Pflichtigen teilweise gutgeheissen hat.

Eine eingehende Auseinandersetzung mit den Argumenten der Pflichtigen findet hingegen nicht statt. Vielmehr wird dem Pflichtigen lediglich ansatzweise mitgeteilt, welche Sichtweise die Behörde hat. Nicht zu erfahren bekommt der Pflichtige hingegen, aus welchen Gründen der Entscheid gerade so und nicht anders gefällt worden ist. Ebenso wenig erfolgt eine detaillierte Aufstellung über die Berechnung und Zusammensetzung des Kapitalgewinnes. Dieser wird mit Fr. 484'500.-- ohne detaillierte Rechnung bzw. weitere Begründung festgelegt. Des Weiteren erfolgt auch keine eingehende Darstellung darüber, weshalb entgegen der Begründung in der Nach- und Strafsteuerverfügung kein schuldhaftes Verhalten mehr im Sinne des Steuerstrafrechts vorliegt und demzufolge auf die Erhebung der Strafsteuern verzichtet wird.

Dem Pflichtigen ist es anhand dieser äusserst knappen Formulierungen kaum möglich festzustellen, von welchen Grundsätzen und rechtlichen Überlegungen sich die Steuerbehörde hat leiten lassen. Er kann ebenso wenig nachvollziehen, inwiefern und ob die Behörde von ihrem Ermessensspielraum Gebrauch gemacht hat.

Erst die Begründung ermöglicht dem Betroffenen, den fundierten Entscheid darüber zu treffen, ob er überhaupt ein Rechtsmittel ergreifen und die Verfügung sachgemäss anfechten will. Die Benachteiligung besteht ja bereits darin, dass er aufs Geratewohl, d.h. ohne Kenntnis der Entscheidungsgründe, "ein Rechtsmittel ergreifen muss, auf das er bei Kenntnis der Entscheidungsmotive unter Umständen verzichtet hätte" (vgl. Jürg Stadelwieser, a.a.O., S. 189f.).

Aufgrund dieser Umstände ist darauf zu schliessen, dass sich der Pflichtige gezwungen sah Beschwerde einzulegen, ohne zu wissen, gegen welche Argumentation er sich genau zu erwehren hat.

b) Anerkanntermassen kann in gewissen Fällen dennoch auf Begründung der Verfügung verzichtet werden. So in Anwendung von Art. 35 Abs. 3 VwVG, wenn die Behörde dem Begehren der Parteien voll entspricht und keine Partei eine Begründung verlangt. Ebenso kann auf die Begründung verzichtet werden, wenn dem Beteiligten die Entscheidgründe bereits aus dem Verfahren bekannt sind oder wenn er sie kennen müsste oder wenn bereits eine begründete provisorische Verfügung erlassen wurde (vgl. Jürg Stadelwieser, a.a.O., S. 187f.).

Vorliegend wurde den Begehren des Pflichtigen jedoch nur teilweise entsprochen, weshalb auf eine Begründung gerade nicht verzichtet werden kann.

c) Aufgrund dieser Sachlage ist es nicht möglich zu eruieren, aus welchen Gründen sich die Steuerverwaltung veranlasst sah, bspw. das schuldhafte Verhalten des Pflichtigen abzulehnen, fällt doch nach neuer Ansicht der Steuerbehörde die auf 100 % der Nachsteuer festgelegte bereits ausgesprochene Busse in Höhe von Fr. 63'395.-- weg. Es ist nicht nachvollziehbar, ob die Steuerverwaltung ihren Entscheid auf konkrete rechtliche Überlegungen abstellt, die eine Abkehr von einer Erhebung der Busse durchaus rechtfertigt würde, oder ob es sich hierbei um eine ermessensweise Festlegung handelt. An die Begründungspflicht werden höhere Anforderungen gestellt, je weiter der den Behörden durch die anwendbaren Normen eröffnete Entscheidungsspielraum und je komplexer die Sach- und Rechtslage ist (vgl. Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., N 1707.). Im streitigen Verwaltungsverfahren muss die Begründung sorgfältiger sein als im nichtstreitigen (Ebenso etwa Stadelwieser, a.a.O., S. 190.).

5. Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist formeller (selbständiger) Natur. Das bedeutet, dass eine Rechtsmittelinstanz die eine Verletzung des Anspruchs feststellt, den angefochtenen Hoheitsakt aufheben muss ohne Rücksicht darauf, ob die Anhörung für den Ausgang des Verfahrens relevant ist, d.h. die Behörde zu einer Änderung des Entscheides veranlassen wird oder nicht. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist die Heilung der Verletzung des rechtlichen Gehörs in einem Rechtsmittelverfahren dann möglich, wenn die unterlassene Anhörung, Akteneinsicht oder Begründung nachgeholt wird und wenn die Verletzung nicht besonders schwer wiegt wobei die Heilung des Mangels die Ausnahme bleiben soll. Diese These findet jedoch in der Literatur keine umfassende Unterstützung. Dies nicht allein deshalb, weil der Instanzenzug damit verkürzt wird und der Betroffene sich gegenüber einem negativen Entscheid einer Behörde durchsetzen muss, sondern auch, weil die Behörde ihn durch die Gehörsverweigerung zum Verfahrensobjekt gemacht und nicht als Partner behandelt hat, was nicht geheilt werden kann, sondern sanktioniert werden muss (vgl. Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., N 1709ff.).

Aufgrund all dieser Erwägungen ist festzustellen, dass sich die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs als begründet erweist und die Beschwerde in diesem Punkt gutzuheissen ist und das Verfahren zur Neubeurteilung an die Steuerverwaltung zurückgewiesen wird.

6. (…).