Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Der Beurteilung unterliegt vorliegend die Frage, ob die Tätigkeit des Pflichtigen bei der Z. Revision und Unternehmensberatung AG als Nebenerwerbstätigkeit einzustufen ist und ihm demzufolge ein Pauschalabzug in Höhe von Fr. 2'200.-- zusteht.

3. a) Gemäss Art. 26 Abs. 1 DBG werden als Berufskosten abgezogen (a) die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte; (b) die notwendigen Mehrkosten für Verpflegung ausserhalb der Wohnstätte und bei Schichtarbeit; (c) die übrigen für die Ausübung des Berufes erforderlichen Kosten; (d) die mit dem Beruf zusammenhängenden Weiterbildungs- und Umschulungskosten. Gemäss Abs. 2 werden für die Berufskosten nach Absatz 1 Buchstaben a-c Pauschalansätze festgelegt; im Falle von Absatz 1 Buchstaben a und c steht dem Steuerpflichtigen der Nachweis höherer Kosten offen.

b) Gemäss Art. 10 der Verordnung des EFD über den Abzug von Berufskosten der unselbständigen Erwerbstätigkeit bei der Direkten Bundessteuer (Berufskostenverordnung) ist für die mit einer Nebenerwerbstätigkeit verbundenen Berufskosten ein Pauschalabzug nach Artikel 3 zulässig. Der Nachweis höherer Kosten bleibt vorbehalten (Art. 4). Demnach wird gemäss dem Anhang der Berufskostenverordnung ein Pauschalabzug von 20 % der Nettoeinkünfte, mindestens Fr. 700.--, höchstens Fr. 2'200.-- pro Jahr gewährt.

c) Eine Nebenbeschäftigung bzw. Nebenerwerbstätigkeit ist eine Betätigung ausserhalb des übertragenen Aufgabenbereichs, die üblicherweise dadurch gekennzeichnet ist, dass sie z.B. an einem anderen Arbeitsort, in Benutzung anderer Hilfsmittel, ausserhalb der Arbeitszeit der Hauptbeschäftigung ausgeübt wird. Sie beruht auf einem anderen Rechtsgrund als die Haupterwerbstätigkeit. Eine Nebenerwerbstätigkeit liegt i.d.R. vor, wenn daneben noch eine Haupterwerbstätigkeit besteht (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, Art. 17 N 11). Die abzugsfähigen Berufskosten sind bei Ausübung einer Nebenbeschäftigung in unselbständiger Stellung jeder Art pauschal auf 20 % des Nettolohns, mindestens Fr. 700.-- und höchstens Fr. 2'200.-- festgelegt, ungeachtet der Hautbeschäftigung des Steuerpflichtigen (Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., Art. 26 N 118). Mit diesem Pauschalabzug sind sämtliche durch die Nebenerwerbstätigkeit bedingten Berufskosten abgegolten, d.h. auch allfällige Fahr- und Verpflegungsmehrkosten (Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, Therwil 2001, Art. 26 N 58).

d) Schon die Rekurskommission des Kantons Bern hat sich mit Entscheid vom 14. August 1984 mit der Problematik der Abgrenzung zwischen Haupt- und Nebenerwerb befasst. Darin kam sie zum Schluss, dass die bisherige Praxis zu präzisieren sei, wobei insbesondere dem Zweck der Pauschalisierung, tatsächliche Gewinnungskosten rationell zu erfassen, Rechnung zu tragen ist. Die bisherige Praxis im Kanton Bern, wonach ein Nebenerwerb dann angenommen wird, wenn für die zusätzliche Erwerbstätigkeit ein anderer Rechtsgrund vorliegt als für die Haupterwerbstätigkeit, müsse grundsätzlich beibehalten werden. Dafür spreche die Praktikabilität und der besondere Anreiz, welcher dem Steuerpflichtigen für die Angabe von Nebeneinkünften geboten werde. Ist der Rechtsgrund jedoch identisch, so kann eine Nebenerwerbstätigkeit dann bejaht werden, wenn der Steuerpflichtige gleichzeitig eine Haupterwerbstätigkeit zu 100% ausübt. Hierbei muss aber eindeutig feststellbar sein, welchem Umfang die 100-prozentige Ausübung entspreche. Ausserdem habe sich die zusätzliche Tätigkeit von der Haupterwerbstätigkeit zumindest derart zu unterscheiden, dass sie die Annahme, sie bedinge besondere Gewinnungskosten, zulässt und dass sie insbesondere nicht als Sonderleistung im Rahmen der Haupterwerbstätigkeit bezeichnet werden kann. Unerheblich muss dabei sein, wie sowohl der Arbeitgeber als auch der Arbeitnehmer solche zusätzlichen Tätigkeiten bezeichnen und vertraglich ausgestalten. Massgeblich seien vielmehr die tatsächlichen Verhältnisse. Als entscheidende Kriterien kommen für die Annahme, eine zusätzliche Erwerbstätigkeit bedinge besondere Gewinnungskosten insbesondere in Frage: zeitliches sowie örtliches Nebeneinander von Haupt- und Nebenerwerbstätigkeit, Verschiedenartigkeit der Tätigkeit (Stoff, Werkstoff, Niveau) sowie das Ausmass der Umtriebe und als wesentliches Element, insbesondere im Zusammenhang mit der Wehrsteuer, die Unregelmässigkeit der zusätzlichen Tätigkeit (vgl. Entscheid der Kantonalen Rekurskommission vom 14. August 1984, in: Bernische Verwaltungsrechtsprechung (BVR) 1985 S. 113-118).

4. a) Vorliegend ist der Pflichtige gemäss eigenen Angaben bei der Z. Treuhand AG in A. beschäftigt, welche vorwiegend in den klassischen Treuhandbereichen, insbesondere in der Steuer- und Unternehmensberatung, Buchhaltung und Abschlussberatung tätig ist. Daneben geht er zudem fallweise und bedarfsbezogen bei der Z. Revision und Unternehmensberatung AG, welche ausschliesslich im Bereich der Wirtschaftsprüfung, insbesondere als gesetzliche Revisionsstelle von Handelsgesellschaften tätig ist, einer Tätigkeit nach, für welche er eine pauschale Entschädigung von netto Fr. 24'518.-- erhält. Diese Entschädigung ist wesentlich geringer, als die aus der Beschäftigung bei der Z. Treuhand AG mit über Fr. 200'000.--.

Entsprechend dem unterschiedlichen Tätigkeitsbereich der beiden Gesellschaften handle es sich nach Ansicht des Pflichtigen bei der Tätigkeit bei der Z. Revision und Unternehmensberatung AG um einen völlig anderen Aufgabenbereich, als die mit dem Haupterwerb verbundene Tätigkeit bei der Z. Treuhand AG. Konkret handle es sich um eine Mitarbeit bei Revisions- und Prüfungsarbeiten und somit um einen Nebenerwerb.

b) Bei der Z. Treuhand AG und der Z. Revision und Unternehmensberatung AG handelt es sich um zwei Gesellschaften, die sich äusserlich in ihrer Bezeichnung durch "Treuhand AG" bzw. "Revision und Unternehmensberatung AG" unterscheiden. Aus den Handelsregistereinträgen ist ersichtlich, dass beide Unternehmen zwar in unterschiedlichen, jedoch nicht vollkommen voneinander unabhängigen Arbeitsgebieten tätig sind. Gemäss der Darstellung des Pflichtigen handele es sich um verbundene Unternehmungen, wobei die Zusammensetzung der Aktionäre bei beiden unterschiedlich sei. Gemäss Handelsregister ist die personelle Zusammensetzung des Verwaltungsrates bei beiden Unternehmen nicht identisch. Es ist somit davon auszugehen, dass es sich vorliegend um zwei verschiedene Arbeitgeber handelt und der Pflichtige seine Entschädigung demzufolge aus zwei verschiedenen Rechtsverhältnissen bezieht.

Unstrittig ist, dass der Pflichtige bei der der Z. Treuhand AG einer Haupterwerbstätigkeit nachgeht. Strittig ist hingegen, ob es sich bei der Tätigkeit bei der Z. Revision und Unternehmensberatung AG um eine Nebenerwerbstätigkeit im Sinne der obigen Ausführungen handelt.

c) Die beiden Unternehmen, in denen der Pflichtige beschäftigt ist, weisen in gewissen Bereichen Schnittstellen auf. So haben gemäss Handelsregistereintrag beide Gesellschaften ihren Sitz an derselben Adresse an der X.-Strasse in A.. Zudem benutzen beide Unternehmen dieselbe Faxnummer. Es ist daher davon auszugehen, dass die Büroräumlichkeiten, sowie gewisse infrastrukturelle Einrichtungen von beiden Unternehmen gemeinsam genutzt werden. Es ist im Weiteren anzunehmen, dass der Pflichtige zur Ausübung seiner Tätigkeit bei der Z. Revision und Unternehmensberatung AG keine zusätzlichen Hilfsmittel, zur Erledigung seiner Arbeit in Anspruch nehmen muss. Vielmehr kann er die administrative Infrastruktur wie Räumlichkeiten, Sekretariat und andere zur Erledigung seiner Arbeit notwendigen Hilfsmittel beider Unternehmen für beide Tätigkeiten nutzen. Der Pflichtige kann aufgrund dieses Arbeitsumfeldes seine Arbeitskraft flexibel einsetzen und je nach seiner zeitlichen Verfügbarkeit die Tätigkeiten in beiden Unternehmen koordinieren. Aufgrund der räumlichen Struktur beider Unternehmen, wie auch der Synergien, die sich aus beiden Arbeitsbereichen ergeben, in denen der Pflichtige tätig ist, hat er zumindest die Möglichkeit diese Effekte für sich zu nutzen um somit bestimmte Arbeitsabläufe effizienter zu gestalten. Es ist daher anzunehmen, dass dem Pflichtigen keine weiteren beruflichen Auslagen, entstehen.

Anders würde sich die Situation jedoch gestalten, wenn der Pflichtige den Arbeitsort tatsächlich räumlich verlassen müsste, was die Benutzung eines privaten Fahrzeugs oder der öffentlichen Verkehrsmittel zur Folge hätte. Es bleibt somit festzustellen, dass die beiden Tätigkeiten in zeitlicher, räumlicher bzw. örtlicher und infrastruktureller Hinsicht nicht klar voneinander abgegrenzt werden können. Demzufolge handelt es sich bei der Tätigkeit bei der Z. Revision und Unternehmensberatung AG und der Tätigkeit bei der Z. Treuhand AG um Haupterwerbstätigkeiten. Ein Pauschalabzug ist mangels Vorliegen einer Nebenerwerbstätigkeit daher nicht möglich.

5. a) Das alleinige Vorliegen einer Nebenerwerbstätigkeit würde zudem ohnehin nicht genügen. Diese müsste gemäss der gesetzlichen Regelung "gelegentlich" sein. Seit dem 1. Januar 2007 ist auf bundesrechtlicher Ebene die Unterscheidung zwischen "gelegentlich" und "regelmässig" nicht mehr notwendig. Im Rundschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 14. Dezember 2006 wurde festgehalten, dass die Unterscheidung zwischen „gelegentlichem" und „regelmässigem" Nebenerwerb häufig mit einem unverhältnismässigen Abklärungsaufwand verbunden ist, weshalb aus Vereinfachungsgründen das Wort „gelegentlicher" aus dem Text gestrichen wird. Vorliegend ist jedoch das Steuerjahr 2005 zu beurteilen, weshalb dieser Sachverhalt im Lichte der im Jahre 2005 geltenden gesetzlichen Regelungen in Art. 10 der Berufskostenverordnung zu untersuchen ist.

b) Demnach ist eine Differenzierung zwischen regelmässiger bzw. gelegentlicher Nebenerwerbstätigkeit vorzunehmen. Ein möglicher Ansatzpunkt ist die Tätigkeit als solche. Gemäss den Angaben des Pflichtigen betätige sich die Z. Revision und Unternehmensberatung AG ausschliesslich im Bereich der Wirtschaftsprüfung, insbesondere als gesetzliche Revisionsstelle. Bei der Revision und bei der Wirtschaftsprüfung handelt es sich um jährlich anfallende bzw. wiederkehrende Tätigkeiten, die einer gewissen Planung und Koordination bedürfen und deren Arbeitsaufwand in einem bestimmten zeitlichen Rahmen kalkulierbar bzw. voraussehbar ist. Insofern handelt es sich um in regelmässigen Abständen jährlich wiederkehrende Tätigkeiten, die nicht unregelmässig bzw. gelegentlich und unvorhersehbar sind. Dabei spielt es keine Rolle, ob die Tätigkeiten zeitlich weit, d.h. mehrere Monate auseinander liegen, oder ob diese in Abständen von wenigen Tagen anfallen. Der Pauschalabzug in Höhe von Fr. 2'200.-- könnte somit auch deswegen nicht gewährt werden, weil die Tätigkeit des Pflichtigen nicht als "gelegentlich" sondern gemäss den Ausführungen als "regelmässig" einzustufen wäre.

Gemäss den vorangehenden Ausführungen ist demzufolge festzustellen, dass es sich entgegen der Ansicht der Pflichtigen bei der Tätigkeit bei der Z. Revision und Unternehmensberatung AG um eine Haupterwerbstätigkeit handelt und der Pauschalabzug für gelegentliche Nebenerwerbstätigkeit in Höhe von Fr. 2'200.-- gemäss Art. 10 der Berufskostenverordnung nicht gewährt werden kann. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen.

6. (…)