Aus den Erwägungen:

2. a) Die Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz bestreitet nicht, dass der Ersatzpflichtige im Jahr 2001 Diensttage geleistet hat. Sie vertritt jedoch die Auffassung, diese hätten im Rechtsmittelverfahren gegen die provisorische Veranlagungsverfügung vom 31. Mai 2002 geltend gemacht werden müssen. Die definitive Veranlagungsverfügung vom 29. August 2002 könne nur noch insoweit angefochten werden, als dass in der provisorischen Veranlagungsverfügung eine spätere Änderung vorbehalten worden sei. Da dieser Vorbehalt bezüglich der Diensttage in der provisorischen Veranlagungsverfügung eben fehle, führe dies dazu, dass die definitive Veranlagungsverfügung in Bezug auf die Diensttage nicht mehr geändert werden könne. Im Ergebnis bedeutet dies, dass eine provisorische Veranlagungsverfügung - mindestens teilweise - in Rechtskraft erwachsen kann.

b) Der Beurteilung im vorliegenden Fall unterliegt daher die Frage, ob die vom Ersatzpflichtigen im Jahr 2001 geleisteten Diensttage trotz Nichtanfechtung der provisorischen Veranlagungsverfügung 2001 vom 31. Mai 2002 in der definitiven Veranlagungsverfügung 2001 vom 29. August 2002 noch berücksichtigt werden können.

3. Gemäss Art. 1 WPEG ist der Beschwerdeführer ersatzpflichtig. Der Ersatzabgabebetrag beträgt gemäss Art. 13 Abs. 1 WPEG 2 Franken je 100 Franken des taxpflichtigen Einkommens. Gemäss Art. 25 WPEG wird die Ersatzabgabe jährlich veranlagt, das Veranlagungsjahr ist in der Regel das auf das Ersatzjahr folgende Kalenderjahr. Gemäss Art. 26 Abs. 2 WPEG wird die Ersatzabgabe nach den Grundlagen der direkten Bundessteuer veranlagt. Bei teilweiser Dienstleistung ermässigt sich die Ersatzabgabe um einen Zehntel für jeden im Ersatzjahr geleisteten Schutzdiensttag (Art. 24 des Bundesgesetzes über den Zivilschutz [ZSG] vom 17. Juni 1994 i.V.m. Art. 32 der Verordnung über den Zivilschutz [ZSV] vom 19. Oktober 1994). Die Veranlagungsverfügung ist dem Ersatzpflichtigen gemäss Art. 28 Abs. 1 WPEG schriftlich zu eröffnen. Sie hat den Rechtsgrund der Ersatzpflicht, die Bemessungsgrundlagen, den Abgabebetrag und den Zahlungstermin anzugeben und auf das Einspracherecht hinzuweisen. Sind Umstände ungewiss, welche die Ersatzpflicht oder die Bemessung der Ersatzabgabe beeinflussen, ist jedoch zu erwarten, dass die Zweifel später behoben werden können, so wird gemäss Art. 28 Abs. 2 WPEG die Veranlagungsverfügung provisorisch unter Vorbehalt späterer definitiver Veranlagung eröffnet. Gemäss Art. 30 Abs. 1 WPEG können Veranlagungsverfügungen und Verfügungen über Ersatzbefreiung oder Ermässigung innert 30 Tagen nach der Eröffnung durch schriftliche Einsprache bei der Veranlagungsbehörde angefochten werden.

a) Art. 28 Abs. 2 WPEG ermöglicht es der Veranlagungsbehörde eine provisorische Veranlagungsverfügung zu erlassen, auch wenn gewisse Steuerfaktoren noch ungewiss sind. Gestützt auf diese Norm konnte die Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz im vorliegenden Fall die provisorische Veranlagungsverfügung vom 31. Mai 2002 zu Recht erlassen. Art. 30 WPEG berechtigt den Ersatzpflichtigen Veranlagungsverfügungen durch Einsprache anzufechten. Da diesem Wortlaut keine Einschränkung zu entnehmen ist, kann sowohl gegen eine provisorische als auch eine definitive Veranlagungsverfügung der Rechtsmittelweg beschritten werden, was im Übrigen von der Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz nicht bestritten wird. Sie macht jedoch geltend, eine definitive Veranlagungsverfügung könne nur noch insoweit angefochten werden, als dass in der provisorischen Veranlagungsverfügung eine spätere Änderung vorbehalten worden sei. Aus Art. 28 i.V.m. Art. 30 WPEG lässt sich eine derartige Beschränkung des Rechtsmittels auf gewisse Faktoren bzw. eine teilweise oder definitive Rechtskraft der provisorischen Veranlagungsverfügung keineswegs ableiten. Die Verwaltungstätigkeit ist indessen an das Gesetz gebunden. Gerade im Abgaberecht kommt dem Grundsatz der Gesetzmässigkeit, dem Legalitätsprinzip, grosse Bedeutung zu, was dessen explizite Normierung in Art. 127 Abs. 1 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft (BV) vom 18. April 1999 zeigt. Da sich, wie oben ausgeführt, die von der Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz geübte Praxis, auf keine gesetzliche Grundlage stützen kann, ist das Legalitätsprinzip offensichtlich verletzt.

b) Auch das von der ESTV, Sektion Wehrpflichtersatz ins Recht gelegten Bundesgerichtsurteil vom 22. Oktober 1985 lässt keinen anderen Schluss zu. Es befasst sich mit der vorliegend unstrittigen Frage, ob eine provisorische Veranlagung erlassen werden könne. Gerade die provisorische Natur der Festsetzung der Ersatzabgabe würde es mit sich bringen, dass an deren Voraussetzungen keine allzu hohen Anforderungen gestellt werden könnten, da gegen die definitive Festsetzung der Ersatzabgabe erneut Verwaltungsgerichtsbeschwerde geführt werden könne (E. 1), was der Argumentation der Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz gerade widerspricht. Bezüglich des Rechtsmittels gegen die definitive Veranlagungsverfügung wird keine Einschränkung gemacht, insbesondere wird nicht von einer teilweisen Rechtskraft der provisorischen Veranlagungsverfügung bei deren Nichtanfechtung gesprochen. Aus dem Entscheid kann jedenfalls, entgegen der Vernehmlassung der ESTV, Sektion Wehrpflichtersatz vom 21. Oktober 2002, nicht hergeleitet werde, dass eine unangefochtene provisorische Veranlagungsverfügung ganz oder teilweise in Rechtskraft erwachsen könne.

c) Für die Rechtsmittelbelehrung, die darauf hinweist, dass eine definitive Veranlagungsverfügung nur noch insofern angefochten werden könne, als in der provisorischen Veranlagungsverfügung eine spätere Änderung vorbehalten worden sei, gilt dasselbe. Gemäss Art. 28 Abs. 1 WPEG hat die Veranlagungsverfügung zwar auf das Einspracherecht hinzuweisen, von einer Einschränkung dieses Einspracherechts ist darin jedoch nicht die Rede. Auch das der provisorischen Veranlagungsverfügung vom 31. Mai 2002 beigelegte Merkblatt kann dem Ersatzpflichtigen nicht entgegengehalten werden. Darin wird zwar auf eine 30-tägige Frist zur Anbringung von "Reklamationen" verwiesen, bemerkenswerterweise jedoch nicht auf das formelle Einspracheverfahren Bezug genommen. Das Merkblatt kann die fehlende gesetzliche Grundlage keineswegs ersetzen. Daran vermögen auch Fettgedrucktes und Ausrufezeichen nichts zu ändern.

4. Schliesslich ist auch darauf hinzuweisen, dass die oben dargelegte Praxis der Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz, selbst wenn sie sich auf eine gesetzliche Grundlage oder auf ein höchstrichterliche Praxis stützen liesse, auch aus anderen Gründen nicht unproblematisch erscheint.

a) Wie bereits erwähnt, ist im vorliegenden Fall in der provisorischen Veranlagungsverfügung vom 31. Mai 2002 lediglich das mit Fr. 0.-- veranlagte steuerbare Einkommen als provisorisch bezeichnet. Die übrigen Veranlagungsfaktoren, d.h. das taxpflichtige Einkommen von Fr. 0.-- sowie der Grundbetrag von Fr. 150.-- enthalten indessen keinen entsprechenden Vermerk. Nach der Argumentation der Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz ist somit davon auszugehen, dass sowohl das taxpflichtige Einkommen wie auch der Grundbetrag bereits in der provisorischen Veranlagungsverfügung definitiv festgelegt worden und mangels Anfechtung der provisorischen Veranlagungsverfügung in Rechtskraft erwachsen sind. Würde man sie nun bei ihrer Argumentation behaften, hätte dies im vorliegenden Fall konsequenterweise zur Folge, dass der Beschwerdeführer trotz einem steuerbaren Einkommen von Fr. … und einem taxpflichtigen Einkommen von Fr. … dennoch nur den Grundbetrag von Fr. 150.-- schulden würde, da eine nachträgliche Korrektur dieser Veranlagungspositionen aufgrund der von der Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz geltend gemachten teilweisen Rechtskraft der provisorischen Veranlagungsverfügung nicht möglich wäre.

b) Weiter enthält die provisorische Veranlagungsverfügung vom 31. Mai 2002 bezüglich allfälliger geleisteter Diensttage unverständlicherweise überhaupt keine Veranlagungsposition. Der Ersatzpflichtige durfte daher in guten Treuen davon ausgehen, dass die Berücksichtigung der geleisteten Diensttage erst in der definitiven Veranlagungsverfügung erfolgt, andernfalls die provisorische Veranlagungsverfügung korrekterweise zumindest einen Hinweis auf die Diensttage hätte enthalten müssen.

c) Gerade diese beiden Beispiele sprechen gegen die von der Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz vertretenen Auffassung. Zumal es wohl kaum angehen dürfte, dass die Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz einerseits eine provisorische, angeblich teilweise in Rechtskraft erwachsene Veranlagungsverfügung nachträglich zu ihren Gunsten abändern kann, andererseits aber dem Ersatzpflichtigen eine Korrektur, wie im vorliegenden Fall bezüglich der Berücksichtigung der geleisteten Diensttage, unter Berufung auf die Rechtskraft derselben provisorischen Veranlagungsverfügung verweigert. Dies umso mehr, wenn es - wie im vorliegenden Fall - um eine Veranlagungsposition geht, die in der provisorischen Veranlagungsverfügung vom 31. Mai 2002 noch gar nicht enthalten war.

5. Aus all diesen Gründen kommt das Steuergericht daher einstimmig zum Schluss, dass eine provisorische Veranlagungsverfügung weder in Teilen noch insgesamt in Rechtskraft erwachsen kann. Folglich ist sowohl eine provisorische als auch eine definitive Veranlagung vollumfänglich anfechtbar, weil für die Einschränkung des Rechtsmittels eine gesetzliche Grundlage bzw. eine höchstrichterlich anerkannte Praxis fehlt. Die vorliegende Beschwerde ist daher gutzuheissen und die Militärverwaltung des Kantons Basel-Landschaft, Abteilung Wehrpflichtersatz anzuweisen, die vom Pflichtigen im Jahr 2001 geleisteten Diensttage in der Veranlagungsverfügung 2001 zu berücksichtigen.