Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft anerkannte für das Jahr 2005 Autofahrkosten als Erwerbsunkosten für 46'200 km zu 45 Rp. pro Kilometer, verweigerte dem Pflichtigen jedoch den von ihm geltend gemachten Ansatz in Höhe von 61 Rp. pro Kilometer. Der Beurteilung unterliegt vorliegend einzig die Festsetzung der Höhe des Kilometeransatzes bei Benützung des Privatautos.

3. a) Gemäss Art. 26. Abs. 1 lit. a DBG werden als Berufskosten die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte abgezogen. Nach Abs. 2 werden für die Berufskosten nach Abs. 1 Buchstaben a-c Pauschalansätze festgelegt, im Falle von Abs. 1 Buchstaben a und c steht dem Steuerpflichtigen der Nachweis höherer Kosten offen.

b) Nach der Verordnung des EFD über den Abzug von Berufskosten der unselbständigen Erwerbstätigkeit bei der direkten Bundessteuer (Berufskostenverordnung) vom 10. Februar 1993 Art. 5 Abs. 3 können falls kein öffentliches Verkehrsmittel zur Verfügung steht oder dessen Benützung objektiv nicht zumutbar ist, die Kosten des privaten Fahrzeugs gemäss den Pauschalen nach Artikel 3 abgezogen werden. Der Nachweis höherer berufsnotwendiger Kosten bleibt vorbehalten (Art. 4). Nach Art. 5 Abs. 4 kann die Steuerbehörde eine Abstufung der Fahrtkostenpauschalen nach Artikel 3 im Verhältnis zur Fahrleistung anordnen. Für die Hin- und Rückfahrt über Mittag ist der Fahrtkostenabzug auf die Höhe des vollen Abzugs für auswärtige Verpflegung (Art. 6 Abs. 1) beschränkt.

c) Eine entsprechende Anordnung hat die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft in Kurzmitteilung Nr. 283 vom 10. Januar 1997 vorgenommen. Demnach ist die Abstufung der Fahrtkosten von 60 Rp./km im Verhältnis zur Fahrleistung vorzunehmen. Der Grund dafür liegt darin, dass sich die Kilometerkosten mit zunehmender Kilometerleistung verringern, weil sich die fixen Kosten auf eine höhere Kilometerzahl verteilen. Die pauschalierten Ansätze beruhen auf den durchschnittlichen Autobetriebskosten für die gängigsten Fahrzeugmodelle. Als Quelle für die durchschnittlich errechneten Kilometerkosten dienten die aktuellen Tabellen der ESTV und des TCS.

4. a) Die Steuerverwaltung setzte vorliegend den Kilometeransatz für die gesamten 46'200 Kilometer auf 45 Rp. fest und gewährte dementsprechend einen Fahrtkostenabzug von Fr. 20'790.--. Dagegen brachte der Pflichtige in der Beschwerde vor, er mache keine höheren Kosten, als die gemäss der Berufskostenverordnung des EFD vom 10. Februar 1993 festgelegten Pauschalansätzen von Fr. -.65 pro Kilometer geltend. Es sei deshalb nicht einzusehen, dass sogar Fahrtenschreiber und sonstige Aufzeichnungen über Unterhaltsrechnungen oder Treibstoffbezüge vorgelegt werden müssten, wie dies die Steuerverwaltung im Schreiben an die Pflichtigen vom 9. August 2007 dargelegt habe. Es bestehe zudem keine gesetzliche Vorschrift über die Aufzeichnung detaillierter Daten. Da die Steuerverwaltung bisher nie solche Daten verlangt habe, verstosse dies ausserdem gegen Treu und Glauben, wenn diese das nun im Nachhinein verlange. Die von der Steuerverwaltung veranschlagten 45 Rp. pro Kilometer, was einer Kürzung von 31 % entspreche, würden die Kosten für einen Mercedes E in keiner Weise decken.

b) Die schematische Darstellung von jährlicher Fahrleistung und Kilometeransatz in Kurzmitteilung Nr. 283 enthält mehrere Abstufungen, die bei einer hohen Fahrleistung einen geringeren Kilometeransatz zur Folge haben. Durch diese Abstufung wird, bei Benutzung eines privaten Fahrzeugs, die Verteilung der Fixkosten, wie z.B. Parkplatzgebühren, Unterhaltskosten, Garagenmiete, Versicherung und Steuern auf eine höhere Kilometerleistung berücksichtigt. Hinzu kommt, dass im Steuerrecht im Interesse der Praktikabilität eine gewisse Schematisierung und Pauschalisierung unausweichlich und deshalb zulässig ist (vgl. BGE 2A.683/2004 vom 15. Juli 2004, E. 3.4., .). In der Kurzmitteilung der Steuerverwaltung sind alle gängigsten Fahrzeugmodelle berücksichtigt. Es kann deshalb davon ausgegangen werden, dass die Kosten bei Anwendung der Tabelle bei der Festsetzung des Kilometeransatzes bei Benutzung eines Klein- bzw. auch Mittelklassewagens gedeckt sind.

c) Bei Fahrzeugen der gehobenen Mittelklasse, wie vorliegend einem Mercedes der E-Klasse drängt sich hingegen eine differenziertere Betrachtungsweise auf. So liegen gemäss der individuellen Berechnungstabelle des TCS die Fixkosten, wie die Anschaffungskosten, die Unterhaltskosten, Versicherung und Steuern wie auch die jährliche Abschreibung eines Mercedes der E-Klasse, weit über dem der gängigen Mittelklassewagen. Diese Kosten wirken sich selbstverständlich erhöhend auf die Kilometerkosten aus. Laut der Kurzmitteilung liegt der Ansatz bei einer Fahrleistung von über 40'000 km bei 35 Rp. Von diesem Ansatz ist die Steuerverwaltung unter Berücksichtigung der Gegebenheiten in ihrem Einsprache-Entscheid insofern abgewichen, als dass sie dem Pflichtigen 45 Rp. pro Kilometer zugebilligt hat. Gemäss der individuellen Berechnungstabelle des TCS liegen die Kosten pro Kilometer jedoch bei 61 Rp.

d) Gemäss eigener Darstellung benutzte der Pflichtige im Jahre 2005 zur Bewältigung der Strecke zwischen Wohn- und Arbeitsort ein zweites Fahrzeug, einen Hyundai (...), welches einem Mittelklassewagen entspricht. Von den insgesamt 46'200 im Jahre 2005 gefahrenen Kilometern entfielen nur 34'875 km auf den Mercedes und etwa 11'325 km auf das zweite Fahrzeug. Die Unterhaltskosten des Hyundai liegen unter denen des Mercedes und bei getrennter Betrachtung und unter Berücksichtigung der relativ geringen Fahrleistung kann ein höherer Kilometeransatz geltend gemacht werden, was sich auf die Festsetzung des Kilometeransatzes auswirkt. Bei der vorliegenden Berechnung wird jedoch keine weitere Differenzierung vorgenommen, zumal keine Notwendigkeit für zwei verschiedene Fahrzeuge besteht. Zu beachten ist jedoch, dass der Pflichtige beide Fahrzeuge nicht nur für berufliche sondern auch für private Zwecke nutzen kann. Somit ist in steuerlicher Hinsicht ein Teil der Kosten zu Lasten nicht abzugsfähige private Ausgaben umzulegen. Die exakte Ermittlung des vom Pflichtigen zu tragenden Privatanteils sowohl bezüglich der einzelnen Betriebskosten als auch bezüglich der Anzahl tatsächlich gefahrenen Kilometer ist im nachhinein nur schwer möglich, weshalb das Steuergericht unter Berücksichtigung eines Privatanteils den Ansatz pro Kilometer ermessensweise auf 55 Rp. festsetzt.

Bezüglich der von Steuerpflichtigen zu erbringenden Nachweise über die tatsächlich entstandenen Fahrkosten ist zu bemerken, dass ein Nachweis mittels eines Fahrtenschreibers zu weit führen würde. Hingegen ist es dem Pflichtigen auf Anfrage durchaus zumutbar Unterhaltsrechnungen vorzulegen. Dass andererseits im Nachhinein die Vorlage von Belegen praktisch nicht mehr möglich ist, wurde vom Steuergericht in der Vergangenheit mehrfach bestätigt (Entscheide des Steuergerichts Nr. 48/2006 E. 3b; Nr. 78/2007 E. 3d).

Aus all diesen Gründen ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und es ist dem Pflichtigen ein Fahrtkostenabzug in Höhe von Fr. 25'410.-- zu gewähren.

5. Im Übrigen ist anzumerken, dass die in der tabellarischen Darstellung aufgeführten Kilometeransätze in Kurzmitteilung Nr. 283 vom 10. Januar 1997 die aktuellen Kilometerkosten gerade auch bei höherer Fahrleistung nicht mehr decken. Seit dem Jahre 1997 sind sämtliche im Zusammenhang mit einem Fahrzeug stehenden Kosten stark gestiegen. Den Steuerpflichtigen, welche ein U-Abo oder ein GA geltend machen, wird die jährliche Anhebung der Preise regelmässig zum Abzug vom steuerbaren Einkommen zugestanden. Eine entsprechende Erhöhung der jeweiligen Ansätze unter der Beachtung der zwischenzeitlich stark gestiegenen Ausgaben, könnte der veränderten Belastung Rechung tragen und somit den Abzug der tatsächlich entstandenen Kosten ermöglichen.

6. (…)