Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. a) Nach ständiger Rechtssprechung prüft das Steuergericht die formellen Gültigkeitserfordernisse des Verfahrens von Amtes wegen. Hat die Vorinstanz übersehen, dass es an einer Prozessvoraussetzung fehlte, und hat sie materiell entschieden, ist dies im Rechtsmittelverfahren von Amtes wegen zu berücksichtigen mit der Folge, dass der angefochtene Entscheid aufzuheben ist (vgl. Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Landschaft vom 15. Dezember 2000 mit weiteren Hinweisen).

b) Vorliegend stützt sich der Einsprache-Entscheid der Steuerverwaltung vom 31. Januar 2008 im Wesentlichen auf die Ergebnisse aus dem Revisionsbericht vom 16. November 2007. Entsprechend wurden die in der Verfügung vom 23. Juni 2006 amtlich veranlagten Werte angepasst: Der steuerbare Reingewinn wurde von Fr. 17'500.-- auf Fr. 207'511.-- angehoben und das steuerbare Gesamtkapital von Fr. 228'760.-- auf Fr. 50'000.-- herabgesetzt, was zur Folge hat, dass die Pflichtige einer höheren Steuerbelastung unterworfen wurde. Diese Änderungen wurden folglich zu Ungunsten der Pflichtigen vorgenommen, es handelt sich dabei um eine reformatio in peius.

3. Nach § 122 Abs. 1 StG und Art. 48 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG) kann der Steuerpflichtige gegen die Veranlagungsverfügung innert 30 Tagen nach der Eröffnung resp. Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben. Gemäss § 123 Abs. 1 und 2 StG resp. Art. 48 Abs. 4 StHG entscheidet die Veranlagungsbehörde gestützt auf die Untersuchung über die Einsprache. Sie kann alle Steuerfaktoren neu festsetzen und, nach Anhören des Steuerpflichtigen, die Veranlagung auch zu dessen Nachteil abändern. Die Veranlagungsbehörde ist somit verpflichtet, vor der reformatio in peius dem Pflichtigen den verfassungsrechtlichen Prinzipien folgend, das rechtliche Gehör zu gewähren.

a) Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör.

Das explizit durch die Verfassung gewährleistete rechtliche Gehör stellt eine fundamentale Garantie für ein rechtsstaatliches Verfahren dar. Es dient der Sachaufklärung und garantiert dem Betroffenen ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht im Verfahren. Der Grundsatz gilt nach der heutigen Rechtsprechung für alle Rechtsanwendungsverfahren: Zivilprozesse, Strafprozesse, Schuldbetreibungs- und Konkurssachen, Verwaltungsverfahren. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts greift der Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren überall dort Platz, wo die Gefahr besteht, dass der einzelne durch den Erlass einer Verfügung in seinen rechtlich geschützten Interessen verletzt wird (vgl. Häfelin/Haller, Schweizerisches Bundesstaatrecht, 6. Auflage, Zürich 2005, N 835 ff.).

Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist das Recht der Privaten, in einem vor einer Verwaltungs- oder Justizbehörde geführten Verfahren mit ihrem Begehren angehört zu werden, Einblick in die Akten zu erhalten und zu den für die Entscheidung wesentlichen Punkten Stellung nehmen zu können (vgl. Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Auflage, Zürich 2006, N 1672 f.).

b) Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist formeller (selbständiger) Natur. Das bedeutet, dass eine Rechtsmittelinstanz die eine Verletzung des Anspruchs feststellt, den angefochtenen Hoheitsakt aufheben muss ohne Rücksicht darauf, ob die Anhörung für den Ausgang des Verfahrens relevant ist, d.h. die Behörde zu einer Änderung des Entscheides veranlassen wird oder nicht. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist die Heilung der Verletzung des rechtlichen Gehörs in einem Rechtsmittelverfahren dann möglich, wenn die unterlassene Anhörung, Akteneinsicht oder Begründung nachgeholt wird und wenn die Verletzung nicht besonders schwer wiegt, wobei die Heilung des Mangels die Ausnahme bleiben soll. Diese These findet jedoch in der Literatur keine umfassende Unterstützung. Dies nicht allein deshalb, weil der Instanzenzug damit verkürzt wird und der Betroffene sich gegenüber einem negativen Entscheid einer Behörde durchsetzen muss, sondern auch, weil die Behörde ihn durch die Gehörsverweigerung zum Verfahrensobjekt gemacht und nicht als Partner behandelt hat, was nicht geheilt werden kann, sondern sanktioniert werden muss (vgl. Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., N 1709 ff., vgl. Tschannen/Zimmerli, Allgemeines Verwaltungsrecht, Bern 2005, § 30 N 41; Bernhard Waldmann in: Das erstinstanzliche Verwaltungsverfahren, Basel 2008, S. 82 f.).

Im Verwaltungsverfahren erfolgt die Anhörung in der Regel auf dem Weg des individuellen Schriftenwechsels. Anderes gilt nur, wenn von einer Verfügung wahrscheinlich zahlreiche Personen berührt sind oder sich die Parteien ohne unverhältnismässigen Aufwand nicht vollzählig bestimmen lassen. Die Behörde hört die Parteien an, indem sie ihnen eine angemessene Frist für Einwendungen setzt (vgl. Tschannen/Zimmerli, a.a.O., § 30 N 40).

c) Die Rechtssprechung des Bundesgerichts ist bezüglich der Gewährung des rechtlichen Gehörs streng. Sie hat als Grundsatz festgehalten, dass jede Behörde wegen des verfassungsrechtlichen Anspruchs auf rechtliches Gehör den Betroffenen von einer beabsichtigten Schlechterstellung unterrichten und ihm Gelegenheit zur Äusserung geben muss. Eine erneute Anhörung kann nicht davon abhängig gemacht werden, dass der reformatio in peius neue Gesichtpunkte zu Grunde liegen. Eine gegenteilige Interpretation dieser Bestimmungen würde ansonsten möglicherweise nicht einmal den von der Rechtssprechung direkt aus der Verfassung abgeleiteten Minimalgarantien des rechtlichen Gehörs entsprechen. Die Behörde muss vor ihrem Entscheid auf ihre Absicht, zu einer reformatio in peius zu schreiten, aufmerksam machen und der Pflichtigen Gelegenheit zur Stellungnahme einräumen (vgl. Entscheid des Bundesgerichts [BGE] Nr. 2A.403/2002 vom 24. März 2003, E. 2.2 und 3.2 mit weiteren Hinweisen). Das Einholen der Stellungnahme beim Beschwerdeführer stellt keinen "leeren Formalismus" dar, insbesondere weil er allenfalls neue Tatsachen und Beweismittel vorbringen kann (vgl. Entscheid des Bundesgerichts [BGE] Nr. 2A.421/2003 vom 15. März 2004, E. 2 und 3).

4. Die Gewährung des rechtlichen Gehörs ist somit an klare formelle Voraussetzungen geknüpft, welche zu beachten sind. Es genügt daher nicht, dass die Pflichtige aufgrund der Revision "wusste, um was es geht", wie dies die Steuerverwaltung anlässlich der heutigen Verhandlung geltend macht. Im vorliegenden Schriftenwechsel im Zusammenhang mit der Buchprüfung zwischen der Steuerverwaltung und der Pflichtigen vom 9. März 2007, 11. September 2007 und 25. Oktober 2007 handelt es sich bloss um Aufforderungen zur Einreichung bestimmter Dokumente und um Fragen zum Sachverhalt. Eine konkrete Androhung der reformatio in peius mit dem verfassungsmässigen Anspruch auf rechtliches Gehör in Form des individuellen Schriftenwechsels sowie eine schriftliche Stellungnahme der Pflichtigen fehlen im vorliegenden Einspracheverfahren, was als grober Verfahrensmangel qualifiziert werden muss (Waldmann, a.a.O., S. 65). Indem die Vorinstanz dies unterlassen hat, hat sie Bundesrecht verletzt.

Der Einsprache-Entscheid ist somit aufzuheben und die Angelegenheit an die Steuerverwaltung zur Neubeurteilung zurückzuweisen. In Bezug auf die reformatio in peius hat die Steuerverwaltung der Pflichtigen zunächst ausdrücklich Gelegenheit zur Stellungnahme einzuräumen, bevor sie erneut entscheidet.

5. (…)