Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Ist die Vorinstanz wie in casu auf eine Einsprache nicht eingetreten, so hat das Steuergericht lediglich zu prüfen, ob dieser Nichteintretensentscheid zu Recht erfolgt ist. Deshalb sind nur solche Rügen zu berücksichtigen, welche sich auf die Eintretensfrage beziehen. Ausgeschlossen von der richterlichen Prüfung bleiben jene Rügen, welche die materielle Seite betreffen. Kommt das Gericht zum Schluss, dass auf die Einsprache hätte eingetreten werden müssen, so ist der Rekurs gutzuheissen und der Fall zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Andernfalls muss der Rekurs abgewiesen und der vorinstanzliche Entscheid bestätigt werden (vgl. Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Basel-Landschaft [BLVGE] vom 21. April 1993, publ. in: Basellandschaftliche Steuerpraxis [BlStPra], Bd. XI [1991-1993], S. 411).

3. a) Gemäss § 106 Abs. 1 und 2 StG wird der Steuerpflichtige von Amtes wegen eingeschätzt, wenn er nicht innerhalb der festgesetzten Nachfrist oder nach Chargé-Mahnung die Steuererklärung einreicht oder vervollständigt.

Eine amtliche Einschätzung gemäss § 106 StG kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen (§ 122 Abs. 2 StG). Es obliegt somit dem Steuerpflichtigen, im Rechtsmittelverfahren den Nachweis zu erbringen, dass die amtliche Veranlagung offensichtlich unrichtig ist (vgl. auch § 106 Abs. 3 StG). Dieser Nachweis muss umfassend sein, das heisst er muss den gesamten von der Ermessensveranlagung betroffenen Teil umfassen. Ist die amtliche Veranlagung Folge einer versäumten Mitwirkungspflicht des Steuerpflichtigen, so muss dieser die versäumten Handlungen nachholen. Er muss demnach die bisher nicht eingereichte Steuererklärung vorlegen und die weiteren unterlassenen Mitwirkungshandlungen erfüllen (Einreichung von Unterlagen, Erteilen von Auskünften etc.). Nur unter dieser Voraussetzung kann der Nachweis der Unrichtigkeit der Veranlagung erbracht werden und lebt die Untersuchungspflicht der Behörde wieder auf.

Nach § 122 Abs. 2 StG muss dieser Unrichtigkeitsbeweis mit der Begründung der Einsprache und damit innert der Einsprachefrist erfolgen. Diese von § 122 Abs. 2 StG geforderte Begründung der Einsprache gegen eine Ermessensveranlagung stellt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung eine Prozessvoraussetzung dar, deren Fehlen zur Folge hat, dass auf die Einsprache nicht eingetreten werden kann. Auf die Einsprache eines Steuerpflichtigen, welcher wegen der nicht eingereichten Steuererklärung zulässigerweise von Amtes wegen veranlagt worden ist und der auch mit der Einsprache gegen die amtliche Verfügung seiner Deklarationspflicht nicht nachkommt, ist daher nicht einzutreten (vgl. zum Ganzen: Entscheid des Bundesgerichts [BGE] 2A.164/2004 vom 23. April 2004, E. 2 und 4 mit weiteren Hinweisen).

b) Vorliegend hat die amtliche Veranlagung ihre Ursache darin, dass die Rekurrenten trotz Chargé-Mahnung ihre Steuererklärung 2003 nicht innert Frist einreichten. Nach Lehre und Rechtsprechung ist die Wiederherstellung der Frist und die Wiedereinsetzung in den vorherigen Stand zu gewähren, wenn der Gesuchsteller nachweist, dass die rechtzeitige Ergreifung des Rechtsmittels infolge unabwendbarer, unverschuldeter Hindernisse nicht möglich war. Die Wiederherstellung versäumter Rechtsmittelfristen wird als allgemeiner Rechtsgrundsatz angesehen und ist deshalb auch zulässig, wenn sie das Gesetz nicht vorsieht. Das Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft als lex specialis enthält keine Bestimmungen über die Möglichkeit einer Restitution. Jedoch wird im Verwaltungsverfahrensgesetz Basel-Landschaft vom 13. Juni 1988 (VwVG BL), welches das Verfahren für den Erlass, die Änderung oder die Aufhebung von Verfügungen durch die Verwaltungsbehörden ordnet und damit (subsidiär) auch auf das Veranlagungs- und Einspracheverfahren der Steuerverwaltung Anwendung findet, die Restitution ausdrücklich geregelt. Die Zulässigkeit einer Restitution ist somit ausschliesslich nach den Bestimmungen des VwVG BL zu beurteilen.

c) War eine Partei unverschuldet verhindert, fristgemäss zu handeln, kann sie gemäss § 5 Abs. 5 VwVG BL innert 10 Tagen seit Wegfall des Hindernisses die Wiederherstellung der Frist verlangen. Eine Wiederherstellung der Frist fällt somit nur dann in Betracht, wenn das Fristversäumnis auf unabwendbare, unverschuldete Hindernisse zurückzuführen ist. Nach der Praxis und Rechtsprechung ist an den Nachweis der Schuldlosigkeit ein strenger Massstab anzulegen. Eine Wiederherstellung der Frist ist nur zulässig, wenn es dem Beschwerdeführer auch bei Anwendung der erforderlichen Sorgfalt nicht möglich gewesen wäre, die Beschwerdefrist einzuhalten. Es können deshalb nur schwerwiegende Hindernisse, welche ein fristgerechtes Handeln praktisch verunmöglichen, eine Wiederherstellung rechtfertigen. Dies trifft beispielsweise zu, wenn jemand durch eine plötzliche, schwere Erkrankung oder durch einen schweren Unfall von der rechtzeitigen Beschwerdeeinreichung abgehalten worden ist (vgl. BGE 2A.175/2006 vom 11. Mai 2006; BLVGE vom 27. August 1980, publ. in: BLVGE 1980, S. 159; BLVGE vom 12. Oktober 1977, publ. in: BlStPra, Bd. VI [1977/1978], S. 221 ff. E. 3). Die Wiederherstellung erfolgt nur auf Gesuch hin, d.h. die Rechtsmittelinstanz hat nicht von sich aus zu prüfen, ob ein Wiederherstellungsgrund vorliegen könnte. Nach § 5 Abs. 5 VwVG muss das Wiederherstellungsgesuch zudem innert 10 Tagen seit Wegfall des Hindernisses gestellt werden.

d) Weder die Arbeitsüberlastung noch der Auslandaufenthalt des Rekurrenten, welche geltend gemacht werden, sind nach der Praxis des Steuerrechts Restitutionsgründe im Sinne von § 5 Abs. 5 VwVG BL, welche eine Wiederherstellung der Frist ermöglichen würden.

Im Zusammenhang mit den geltend gemachten gesundheitlichen Gründen ist festzustellen, dass die Steuerverwaltung bis 15. Dezember 2005 mit der amtlichen Einschätzung zugewartet hat. Den Rekurrenten wurde mit der Chargé-Mahnung die Konsequenzen der Nichteinreichung ihrer Steuererklärung aufgezeigt. Das Arztzeugnis, welches am 8. August 2006 eingereicht wurde aber schon früher unaufgefordert den Akten beizulegen gewesen wäre, enthält keinen Hinweis auf eine Arbeitsunfähigkeit des Rekurrenten in der betreffenden Zeit, welche es ihm verunmöglicht hätte, seinen Pflichten nachzukommen. Vielmehr ging der Rekurrent gemäss Rekursschrift trotz Krankheit der Erwerbstätigkeit nach und liess der Vertreterin am 16. Januar 2006 die Steuererklärungsunterlagen zukommen. Somit ist festzustellen, dass er in der betreffenden Zeit objektiv in der Lage gewesen wäre, die Unterlagen für die Steuererklärung 2003 fristgerecht zusammenzustellen. Die Krankheit des Rekurrenten stellt folglich keinen Restitutionsgrund im Sinne von § 5 Abs. 5 VwVG BL dar.

4. Gemäss der Einsprache vom 17. Januar 2006 wurden die Unterlagen für die Steuererklärung 2003 der Vertreterin der Rekurrenten am 16. Januar 2006 übergeben. Für eine Fachperson, wie sie eine Treuhandgesellschaft darstellt, wäre es durchaus möglich gewesen, die 30-tägige Frist zur Einreichung der Steuererklärung 2003 als Unrichtigkeitsbeweis einzuhalten. Die verspätete Einreichung stellt eine Unterlassung der Treuhandgesellschaft dar und ist den Rekurrenten zuzurechnen.

5. a) Die Beweislast der steuermindernden Tatbestände haben weder die Steuerbehörde noch das Steuergericht zu liefern, sondern der Rekurrent. Im Rahmen seiner Mitwirkungspflicht hat er seine Begehren zu begründen und zu belegen, insbesondere, da er die Umstände besser kennt als die Behörde bzw. das Gericht, welche entsprechende Belege ohne Mitwirkung des Gesuchstellers gar nicht oder zumindest nicht mit vernünftigem Aufwand erheben können, weil sie für die Behörden nicht oder nur schwer zugänglich sind (Urteil des Kantonsgerichtes Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht [KGE VV] vom 7. Juni 2006, E. 8b/c; BGE 124 II 361, 365 E. 2b).

b) Die geltend gemachte Verwechslung mit der Steuererklärung 2004 bezüglich der Fristerstreckungen wurde von den Rekurrenten in keiner Weise bewiesen oder zumindest belegt. Hingegen ist aus der eingereichten Aufstellung der Fristerstreckungsgesuche und der entsprechenden Gewährungen ersichtlich, dass der Rekurrent am 23. August 2005 mit der Steuerverwaltung telefonisch eine Frist bis 15. September 2005 zur Einreichung der Steuererklärung 2003 vereinbart hat. Somit kann von einer Verwechslung keine Rede sein.

6. Zusammenfassend ist somit festzuhalten, dass mangels Restitutionsgrundes im Sinne von § 5 Abs. 5 VwVG BL die Frist zur Einreichung der Steuererklärung 2003 nicht wiederhergestellt werden kann. Die Rekurrenten reichten innert der Einsprachefrist weder die Steuererklärung 2003 noch andere Unterlagen oder Belege ein, die Auskunft über sämtliche Einkünfte gegeben hätten und gleichzeitig als Erklärung für die Richtigkeit und Vollständigkeit der darin gemachten Angaben hätten herangezogen werden können.

Die Vorinstanz ist folglich zu Recht nicht auf die Einsprache eingetreten. Demnach ergibt sich, dass sich der vorliegende Rekurs als unbegründet erweist und abzuweisen ist.

7. (…)