Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Vorliegend unterliegt der Beurteilung, ob der Pflichtige die von ihm geleisteten Alimente gemäss Unterhaltsvertrag vom 24. September 2001 von seinem Einkommen in Abzug bringen kann, obwohl er nicht in der Lage ist den effektiven Geldfluss im Jahr 2005 nachzuweisen.

3. a) Gemäss Art. 33 Abs. 1 lit. c DBG werden von den Einkünften die Unterhaltsbeiträge an den geschiedenen, gerichtlich oder tatsächlich getrennt lebenden Ehegatten sowie die Unterhaltsbeiträge an einen Elternteil für die unter dessen elterlicher Gewalt stehenden Kinder, nicht jedoch Leistungen in Erfüllung anderer familienrechtlicher Unterhalts- oder Unterstützungspflichten abgezogen. Unterhaltsbeiträge (Alimente) sind regelmässig oder unregelmässig wiederkehrende Unterstützungen und Unterhaltsleistungen zur Deckung des laufenden Lebensbedarfs, die dem Empfänger keinen Vermögenszuwachs verschaffen. Angesichts der Familienbesteuerung nach Art. 9 DBG sind solche Aufwendungen für den Unterhalt von Familienangehörigen grundsätzlich nicht abzugsfähig. Damit die Unterhaltsbeiträge trotzdem abgezogen werden können, muss die Familiengemeinschaft aufgelöst sein, und der Steuerpflichtige muss die Unterhaltsbeiträge an den geschiedenen, gerichtlich oder tatsächlich getrennt lebenden Ehegatten oder an einen Elternteil für die unter dessen elterlichen Sorge stehenden Kinder leisten (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, Art. 33 N 47ff).

b) Bei unverheirateten Eltern mit gemeinsamem Haushalt werden, gestützt auf das Kreisschreiben Nr. 7 der Eidgenössischen Steuerverwaltung (EStV) vom 20. Januar 2000, die Unterhaltsbeiträge weder beim Pflichtigen zum Abzug zugelassen, noch werden sie beim anderen Elternteil besteuert. Das Bundesgericht legte aber in seinem Entscheid vom 1. September 2006 (2A.37/2006) fest, dass der Abzug aufgrund des Gesetzeswortlauts auch bei unverheirateten Eltern mit gemeinsamem Haushalt gewährt werden müsse, sofern keine gemeinsame elterliche Sorge über das Kind bestehe. Ob ein von der Vormundschaftsbehörde genehmigter Unterhaltsvertrag vorliegen muss, wurde jedoch offen gelassen. Die Abzugsfähigkeit von Unterhaltsbeiträgen gilt jedoch nur für Alimente, welche familienrechtlich geschuldet sind, also in einem gerichtlichen Urteil oder in einer von der Vormundschaftsbehörde genehmigten Vereinbarung festgelegt wurden. Die effektive Zahlung der geltend gemachten Alimente ist nachzuweisen, wobei der empfangende Konkubinatspartner diese Unterhaltsbeiträge bis zur Volljährigkeit des Kindes als Einkommen versteuern muss.

c) Nach der allgemeinen Beweislastregel trägt die Steuerbehörde grundsätzlich die Beweislast für die steuerbegründenden Tatsachen, während den Steuerpflichtigen die Beweislast für Tatsachen obliegt, welche die Steuerschuld mindern oder aufheben (vgl. BGE 121 II 257 E 4c/aa und E 3c/aa; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Auflage, Zürich 2002, S 416). Aufgrund dieses Grundsatzes haben die Steuerpflichtigen auch die Zahlung von Alimenten zu belegen.

d) In casu liegt das Sorgerecht bei der Mutter des Kindes und es liegt ein von der Vormundschaftsbehörde genehmigter Unterhaltsvertrag vor. Nach der neuesten bundesgerichtlichen Rechtsprechung steht dem Abzug nichts entgegen, da es unerheblich ist, ob die Eltern einen gemeinsamen Haushalt führen oder nicht. Die Beweispflicht, dass die Unterhaltsbeiträge tatsächlich bezahlt wurden bleibt jedoch bestehen. Der Pflichtige stützt sich statt dessen auf einen Passus im Unterhaltsvertrag, welcher besagt, dass die Unterhaltsbeiträge als bezahlt gelten, sofern die Eltern einen gemeinsamen Haushalt führen. Privatrechtlich ist eine solche Bestimmung unproblematisch, im Steuerrecht ist jedoch der effektive Geldfluss massgebend, ansonsten der Steuerumgehung mittels fiktiver Zahlungsflüsse Tür und Tor offen stehen würden.

Der Pflichtige kann in casu mangels Belegen für das Jahr 2005 die Zahlungen nicht mehr nachweisen. Nach eigener Darstellung habe er jeweils mehr als die im Unterhaltsvertrag vereinbarte Summe geleistet, dies in der Annahme, dass die im Unterhaltsvertrag festgehaltene Bestimmung auch für die Einkommenssteuer zu gelten habe. Danach sind die Unterhaltspflichten erfüllt, wenn der Vater mit der Mutter und dem Kind zusammen lebt und dieser angemessene Beiträge an den gemeinsamen Haushalt leistet. Da ihm die geltend gemachten Abzüge in den Jahren 2003 und 2004 bewilligt wurden, sah sich der Pflichtige nicht weiter veranlasst für die geleisteten Zahlungen Belege zu sammeln.

Im Folgenden ist demnach zu klären, ob dem Pflichtigen der Abzug für das Jahr 2005 ohne den Nachweis des effektiven Geldflusses mittels den regelmässig geforderten Belegen, aus Gründen des Vertrauensschutzes in die bisherige Handhabung der Steuerverwaltung zu gewähren ist.

4. a) Der Grundsatz von Treu und Glauben, der in Art. 5 Abs. 3 BV ausdrücklich als ein Grundsatz rechtsstaatlichen Handelns genannt wird und aus Art. 9 BV folgt, beinhaltet in erster Linie den Schutz berechtigten Vertrauens. Jede Partei soll dem gegebenen Wort treu bleiben, und die Gegenpartei soll diesem Wort Glauben schenken, d.h. darauf vertrauen dürfen. Der Grundsatz gilt auch im Steuerrecht und zwar sowohl für die Steuerbehörden wie auch für die Steuerpflichtigen in ihrem wechselseitigen Verhältnis. Er gebietet ein loyales und vertrauenswürdiges Verhalten im Rechtsverkehr (Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., VB zu Art. 109-121 N 48).

Nach dem Grundsatz von Treu und Glauben hat der Bürger unter bestimmten Voraussetzungen Anspruch auf Schutz seines berechtigten Vertrauens in die Richtigkeit und Vollständigkeit behördlicher Auskünfte und Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörde. Voraussetzung des Vertrauensschutzes ist jeweils ein Vertrauen begründendes Verhalten des Gemeinwesens. Nicht jedes staatliche Verhalten ist geeignet, beim Bürger Vertrauen zu schaffen, das Schutz verdient. Erforderlich ist vielmehr ein hinreichend bestimmter Staatsakt, der beim Bürger eine bestimmte Erwartung weckt, nach der er sein Verhalten ausrichtet (Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., VB zu Art. 109-121 N 52).

Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung findet der Grundsatz von Treu und Glauben im Steuerrecht vor allem auf das Verfahren Anwendung sowie dort, wo den Steuerpflichtigen ein gewisser Ermessensspielraum eingeräumt ist (vgl. Urteil des Schweizerischen Bundesgerichts [BGE] Nr. 2A. 52/2003 vom 23. Januar 2004, publ. in ).

b) Eine falsche Auskunft ist gemäss Lehre und Rechtsprechung dann bindend, wenn folgende Voraussetzungen kumulativ erfüllt sind:

1. Wenn die Behörde in einer konkreten Situation mit Bezug auf bestimmte Personen gehandelt hat und sich die Auskunft auf einen genau umschriebenen Sachverhalt bezogen hat und vorbehaltlos erteilt worden ist.

2. Wenn die Behörde für die Erteilung der betreffenden Auskunft zuständig war oder wenn der Bürger sie aus zureichenden Gründen als zuständig betrachten durfte.

3. Wenn der Bürger die Unrichtigkeit der Auskunft nicht ohne weiteres erkennen konnte.

4. Wenn er im Vertrauen auf die Richtigkeit (und Vollständigkeit) der Auskunft Dispositionen getroffen hat, die nicht ohne Nachteil rückgängig gemacht werden können.

5. Wenn die gesetzliche Ordnung seit der Auskunftserteilung keine Änderung erfahren hat. (Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O, Zürich 2003, VB zu Art. 109-121 N 55).

c) Der Pflichtige hatte den Abzug schon in den Jahren 2003 und 2004 in gleicher Weise geltend gemacht, welcher ihm entgegen der damaligen Praxis gewährt wurde. Erst als das Bundesgericht in seinem Urteil vom 1. September 2006 (2A.37/2006) festlegte, dass die Wohnverhältnisse der unverheirateten Eltern keine Rolle spielen dürfen sofern die elterliche Sorge nur einem Elternteil zusteht, kam die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft zum Schluss, dass in casu der Abzug nicht gewährt werden könne, da der effektive Geldfluss nicht belegt worden sei. Obwohl also das Bundesgericht eine weniger restriktive Handhabung für verbindlich erklärte, gewährte die Steuerverwaltung dem Pflichtigen mangels Belege keinen Abzug.

d) Laut Aussage des Pflichtigen an der heutigen Verhandlung hat die Steuerverwaltung schon im Jahre 2002 einen Nachweis für die Abzüge der Unterhaltsleistungen verlangt, worauf er den Unterhaltsvertrag eingereicht habe. Dies sei von der Steuerverwaltung so akzeptiert worden. Einen effektiven Nachweis des Geldflusses mittels Belegen hätte die Steuerverwaltung jedoch nicht verlangt.

Ein solches Verhalten, wobei die Behörde Beweismittel verlangt und die daraufhin eingereichten Belege akzeptiert, kommt einer Auskunft auf eine Anfrage, auf die sich ein Pflichtiger verlassen können muss, gleich. Dass die Steuerverwaltung, welche den damaligen Entscheid fällte, dafür auch zuständig war, scheint ebenso offensichtlich. Der Pflichtige hatte auch keinerlei Anlass dazu, an der Richtigkeit der Auskunft zu zweifeln, da er auf Anfrage der Steuerverwaltung den Unterhaltsvertrag eingereicht hatte und sich die Steuerverwaltung damit ohne weitere Nachfragen begnügte. Es ist ausserdem davon auszugehen, dass der Pflichtige die Abzugsfähigkeit der Unterhaltszahlungen in seiner finanziellen Planung berücksichtigt und auch entsprechende Dispositionen getroffen hat, die nicht ohne weiteres rückgängig gemacht werden können.

Aufgrund dieser Sachlage hat der Pflichtige denn auch keine Belege, welche den Zahlungsfluss belegen könnten, gesammelt. Im Nachhinein ist es ihm auch nicht mehr möglich, solche Belege zu beschaffen. Eine Änderung der Handhabung durch die Steuerverwaltung hätte dem Pflichtigen rechtzeitig, also vor Beginn des Jahres 2005 mitgeteilt werden müssen. Eine Änderung von Rechtsnormen zu Lasten des Pflichtigen gab es inzwischen nicht.

Es bleibt hinzuzufügen, dass die Mutter des Kindes die vom Pflichtigen geltend gemachten Alimente jeweils als Einkommen versteuert hatte, weshalb davon ausgegangen werden muss, dass das Geld wirklich geflossen ist.

5. Aufgrund all dieser Erwägungen ist die Beschwerde gutzuheissen, und dem Pflichtigen der Abzug für die Unterhaltsbeiträge gemäss Unterhaltsvertrag vom 18. Oktober 2001 zuzulassen. In Anwendung des Vertrauensschutzes und der für das Jahr 2005 zugestandenen Abzüge, wird die Steuerverwaltung dazu angehalten, den Abzug auch für die Steuerperiode 2006 zu gewähren, da sich die Sachlage nicht verändert hat und mit dieser im Jahre 2005 identisch ist und der Pflichtige für dieses Jahr ebenfalls keine Belege mehr erbringen kann. Bezüglich der nachfolgenden Steuerperioden, d.h. ab dem Jahre 2007 wurden dem Pflichtigen die Änderungen nunmehr rechtzeitig zur Kenntnis gebracht, sodass es ihm möglich ist die entsprechenden Belege über den Zahlungsfluss zu erbringen.