Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Vorliegend unterliegt der Beurteilung, ob der Pflichtige die von ihm geleisteten Alimente gemäss Unterhaltsvertrag vom 24. September 2001 von seinem Einkommen in Abzug bringen kann, obwohl er nicht in der Lage ist den effektiven Geldfluss im Jahr 2005 nachzuweisen.

3. a) Unterhaltsbeiträge für Kinder sind beim leistenden Steuerpflichtigen gemäss § 29 Abs. 1 lit. i StG vollumfänglich zum Abzug zugelassen. Sowohl die gerichtliche als auch die tatsächliche Trennung der Ehegatten führt gemäss Art. 9 Abs. 2 lit. c des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG) zur Abzugsfähigkeit der Unterhaltsbeiträge. Ist die Trennung nicht gerichtlich erfolgt, so ist für den Nachweis der geleisteten Unterhaltszahlungen eine einfache Aufstellung durch den Steuerpflichtigen eventuell nicht genügend. Es bedarf dafür allenfalls einer Bestätigung des Ehegatten oder des Anwalts. Der Ehegatte, welcher die Beiträge für die unter seiner elterlichen Sorge stehenden Kinder erhält, hat diese gemäss § 24 Abs. 1 lit. f zu versteuern. Leistungen in Erfüllung anderer familienrechtlicher Unterhalts- oder Unterstützungspflichten sind dagegen gemäss ausdrücklicher Anordnung von Art. 9 Abs. 2 lit. c StHG nicht abziehbar. Diese Leistungen werden andererseits beim Empfänger gemäss § 28 Abs. 1 lit. f nicht besteuert (vgl. Schweighauser in: Nefzger/Simonek/Wenk, Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, 29 N 152ff).

Ein gewisser Gestaltungsspielraum steht den Kantonen bei der Definition der Unterhaltsbeiträge zu. Nach kantonalem Recht bestimmt sich, ob darunter ausschliesslich Zahlungen in Rentenform zu verstehen sind oder ob und unter welchen Umständen auch sogenannte «Zeitrenten» beziehungsweise in mehreren Raten ausbezahlte Kapitalbeträge als Unterhaltbeiträge betrachtet werden. Das Bundesgericht liess im Entscheid (BGE) 125 II 188 die Frage offen, ob die Kantone trotz des Harmonisierungsbedarfs in dieser Frage frei seien. Es gab allerdings zu bedenken, dass die steuerfreien Einkünfte, beziehungsweise die Abzüge von den steuerbaren Einkünften abschliessend geregelt seien. Zu beachten ist demgegenüber ebenfalls, dass es der Harmonisierungsgesetzgeber nicht für notwendig erachtet hat, den Begriff der Unterhaltskosten auf Gesetzesebene näher zu konkretisieren, obwohl die kantonalen Auslegungskontroversen zu dieser Frage schon längst bekannt sind. Die rahmengesetzliche Konzeption des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG) spricht deshalb eher für einen Freiraum der Kantone (vgl. Reich in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1 Art. 9 StHG N 39).

b) Im Kanton Basel-Landschaft wurde bis anhin der Abzug bei unverheirateten Eltern mit gemeinsamem Haushalt, gestützt auf das Kreisschreiben Nr. 7 der Eidgenössischen Steuerverwaltung (EStV) vom 20. Januar 2000, in der Regel nicht gewährt. Dem Rekurrenten wurde der Abzug bis zum Jahre 2004 dennoch zugestanden.

Das Bundesgericht legte in seinem Entscheid vom 1. September 2006 (2A.37/2006) fest, dass der Abzug aufgrund des Gesetzeswortlauts auch bei unverheirateten Eltern mit gemeinsamem Haushalt gewährt werden müsse, sofern keine gemeinsame elterliche Sorge über das Kind bestehe. Ob ein von der Vormundschaftsbehörde genehmigter Unterhaltsvertrag vorliegen muss, wurde jedoch offen gelassen. Im Kanton Basel-Landschaft wurde mit der Kurzmitteilung Nr. 413 vom 25. April 2007 denn auch die Praxis im Kanton Basel-Landschaft der bundesgerichtlichen Praxis angepasst. Die Abzugsfähigkeit von Unterhaltsbeiträgen gilt jedoch nur für Alimente, welche familienrechtlich geschuldet sind, also in einem gerichtlichen Urteil oder in einer von der Vormundschaftsbehörde genehmigten Vereinbarung festgelegt wurden. Die effektive Zahlung der geltend gemachten Alimente ist nachzuweisen, wobei der empfangende Konkubinatspartner diese Unterhaltsbeiträge bis zur Volljährigkeit des Kindes als Einkommen versteuern muss.

c) Nach der allgemeinen Beweislastregel trägt die Steuerbehörde grundsätzlich die Beweislast für die steuerbegründenden Tatsachen, während den Steuerpflichtigen die Beweislast für Tatsachen obliegt, welche die Steuerschuld mindern oder aufheben (vgl. BGE 121 II 257 E 4c/aa und E 3c/aa; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Auflage, Zürich 2002, S 416). Aufgrund dieses Grundsatzes haben die Steuerpflichtigen auch die Zahlung von Alimenten zu belegen.

d) In casu liegt das Sorgerecht bei der Mutter des Kindes und es liegt ein von der Vormundschaftsbehörde genehmigter Unterhaltsvertrag vor. Nach der neuesten bundesgerichtlichen Rechtsprechung steht dem Abzug nichts entgegen, da es unerheblich ist, ob die Eltern einen gemeinsamen Haushalt führen oder nicht. Die Beweispflicht, dass die Unterhaltsbeiträge tatsächlich bezahlt wurden bleibt jedoch bestehen. Der Pflichtige stützt sich statt dessen auf einen Passus im Unterhaltsvertrag, welcher besagt, dass die Unterhaltsbeiträge als bezahlt gelten, sofern die Eltern einen gemeinsamen Haushalt führen. Privatrechtlich ist eine solche Bestimmung unproblematisch, im Steuerrecht ist jedoch der effektive Geldfluss massgebend, ansonsten der Steuerumgehung mittels fiktiver Zahlungsflüsse Tür und Tor offen stehen würden.

Der Pflichtige kann in casu mangels Belegen für das Jahr 2005 die Zahlungen nicht mehr nachweisen. Nach eigener Darstellung habe er jeweils mehr als die im Unterhaltsvertrag vereinbarte Summe geleistet, dies in der Annahme, dass die im Unterhaltsvertrag festgehaltene Bestimmung auch für die Einkommenssteuer zu gelten habe. Danach sind die Unterhaltspflichten erfüllt, wenn der Vater mit der Mutter und dem Kind zusammen lebt und dieser angemessene Beiträge an den gemeinsamen Haushalt leistet. Da ihm die geltend gemachten Abzüge in den Jahren 2003 und 2004 bewilligt wurden, sah sich der Pflichtige nicht weiter veranlasst für die geleisteten Zahlungen Belege zu sammeln.

Im Folgenden ist demnach zu klären, ob dem Pflichtigen der Abzug für das Jahr 2005 ohne den Nachweis des effektiven Geldflusses mittels den regelmässig geforderten Belegen, aus Gründen des Vertrauensschutzes in die bisherige Handhabung der Steuerverwaltung zu gewähren ist.

4. a) Die Vorschriften dieses Gesetzes sind nach Treu und Glauben anzuwenden und zu erfüllen (§ 2 Abs. 1 StG).

Der Schutz von Treu und Glauben ist in Art. 9 BV als selbständiges verfassungsmässiges Individualrecht verankert und wird in § 2 Abs. 1 lediglich bestätigt. § 2 Abs. 1 kommt somit keine selbständige Bedeutung zu.

Im Steuerrecht hat der Schutz von Treu und Glauben besonders im Zusammenhang mit der Erteilung von Auskünften durch die Steuerbehörden Bedeutung. Es hat zur Folge, dass unrichtige Auskünfte, die die Steuerbehörde einer steuerpflichtigen Person erteilt und auf die sie sich verlassen hat, verbindlich sind. Voraussetzung dafür ist nach der bundesgerichtlichen Praxis, dass (i) die Behörde, die die Auskunft erteilte, für die Erteilung der Auskunft zuständig war, (ii) die steuerpflichtige Person nicht erkennen konnte, dass es sich um eine unrichtige Auskunft handelte, (iii) sie im Vertrauen auf die Auskunft bereits Dispositionen getroffen hat, die nicht mehr rückgängig gemacht werden können, (iv) die massgebenden Rechtsnormen seit der Auskunftserteilung nicht geändert haben und (v) das öffentliche Interesse einer Verbindlichkeit der unrichtigen Auskunft nicht entgegen steht (vgl. Simonek in Nefzger/Simonek/Wenk, Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, 2 N 1ff).

Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung findet der Grundsatz von Treu und Glauben im Steuerrecht vor allem auf das Verfahren Anwendung sowie dort, wo den Steuerpflichtigen ein gewisser Ermessensspielraum eingeräumt ist. Das Hauptanwendungsgebiet namentlich des Verbots widersprüchlichen Verhaltens liegt bei den fortgesetzt erhobenen Steuern und dem bei diesen den Steuerpflichtigen nach dem Gesetz zustehenden Ermessen (vgl. Urteil des Schweizerischen Bundesgerichts [BGE] 2A. 52/2003 vom 23. Januar 2004, publ. in ).

b) Der Pflichtige hatte schon in den Jahren 2003 und 2004 den Abzug in gleicher Weise geltend gemacht. Bis dahin wurde er ihm entgegen der eigentlichen Praxis der basellandschaftlichen Steuerverwaltung und damit zu Unrecht gewährt. Erst als das Bundesgericht in seinem Urteil vom 1. September 2006 (2A.37/2006) festlegte, dass die Wohnverhältnisse der unverheirateten Eltern keine Rolle spielen dürfen sofern die elterliche Sorge nur einem Elternteil zusteht und somit der teilweise gängigen Praxis in den Kantonen, dass bei gemeinsamem Haushalt der Alimentenabzug nicht gewährt wird, widersprach, kam die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft zum Schluss, dass in casu der Abzug nicht gewährt werden könne, da der effektive Geldfluss nicht belegt worden sei. Obwohl also das Bundesgericht eine weniger restriktive Handhabung für verbindlich erklärte, gewährte die Steuerverwaltung dem Pflichtigen mangels Belege keinen Abzug.

c) Laut Aussage des Pflichtigen an der heutigen Verhandlung hat die Steuerverwaltung schon im Jahre 2002 einen Nachweis für die Abzüge der Unterhaltsleistungen verlangt, worauf er den Unterhaltsvertrag eingereicht habe. Dies sei von der Steuerverwaltung so akzeptiert worden. Einen effektiven Nachweis des Geldflusses mittels Belegen hätte die Steuerverwaltung jedoch nicht verlangt.

Ein solches Verhalten, wobei die Behörde Beweismittel verlangt und die daraufhin eingereichten Belege akzeptiert, kommt einer Auskunft auf eine Anfrage, auf die sich ein Pflichtiger verlassen können muss, gleich. Dass die Steuerverwaltung, welche den damaligen Entscheid fällte, dafür auch zuständig war, scheint ebenso offensichtlich. Der Pflichtige hatte auch keinerlei Anlass dazu, an der Richtigkeit der Auskunft zu zweifeln, da er auf Anfrage der Steuerverwaltung den Unterhaltsvertrag eingereicht hatte und sich die Steuerverwaltung damit ohne weitere Nachfragen begnügte. Es ist ausserdem davon auszugehen, dass der Pflichtige die Abzugsfähigkeit der Unterhaltszahlungen in seiner finanziellen Planung berücksichtigt und auch entsprechende Dispositionen getroffen hat, die nicht ohne weiteres rückgängig gemacht werden können.

Aufgrund dieser Sachlage hat der Pflichtige denn auch keine Belege, welche den Zahlungsfluss belegen könnten, gesammelt. Im Nachhinein ist es ihm auch nicht mehr möglich, solche Belege zu beschaffen. Eine Änderung der Handhabung durch die Steuerverwaltung hätte dem Pflichtigen rechtzeitig, also vor Beginn des Jahres 2005 mitgeteilt werden müssen. Eine Änderung von Rechtsnormen zu Lasten des Pflichtigen gab es inzwischen nicht.

Es bleibt hinzuzufügen, dass die Mutter des Kindes die vom Pflichtigen geltend gemachten Alimente jeweils als Einkommen versteuert hatte, weshalb davon ausgegangen werden muss, dass das Geld wirklich geflossen ist.

5. Aufgrund all dieser Erwägungen ist der Rekurs gutzuheissen, und dem Pflichtigen der Abzug für die Unterhaltsbeiträge gemäss Unterhaltsvertrag vom 18. Oktober 2001 zuzulassen. In Anwendung des Vertrauensschutzes und der für das Jahr 2005 zugestandenen Abzüge, wird die Steuerverwaltung dazu angehalten, den Abzug auch für die Steuerperiode 2006 zu gewähren, da sich die Sachlage nicht verändert hat und mit dieser im Jahre 2005 identisch ist und der Pflichtige für dieses Jahr ebenfalls keine Belege mehr erbringen kann. Bezüglich der nachfolgenden Steuerperioden, d.h. ab dem Jahre 2007 wurden dem Pflichtigen die Änderungen nunmehr rechtzeitig zur Kenntnis gebracht, sodass es ihm möglich ist die entsprechenden Belege über den Zahlungsfluss zu erbringen.