Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Der zu beurteilende Fall betrifft die Steuerperioden 1997/98, 1999/00 und 2001. Vorab ist deshalb zu prüfen, ob § 151 StG in der damals geltenden Fassung vom 7. Februar 1974 (a.F.) anzuwenden ist, oder § 151 StG in der Fassung vom 18. Mai 2000 (n.F.) als das derzeitige Recht zur Anwendung gelangt.

Mit dem In-Kraft-Treten des § 151 StG n.F. per 1. Januar 2001 verlor § 151 StG a.F. seine Gültigkeit. Da das Steuergesetz mit Bezug auf das Steuerstrafrecht keine übergangsrechtlichen Bestimmungen enthält, ist aufgrund von § 39 Abs. 1 des Gesetzes vom 30. Oktober 1941 betreffend die Einführung des Schweizerischen Strafgesetzbuches (EG StGB) auf die allgemeinen Bestimmungen von Art. 1 bis 110 des Schweizerischen Strafgesetzbuches vom 21. Dezember 1937 (StGB) abzustellen. Insbesondere gilt der Grundsatz der lex mitior (Art. 2 Abs. 2 StGB). Danach ist statt des zur Zeit der Tatbegehung gültigen Rechts das neue Recht anzuwenden, wenn es für den Täter das mildere ist. Ob das neue im Vergleich zum alten Recht strenger oder milder ist, hängt nicht etwa vom abstrakten Verhältnis der Strafdrohungen, sondern allein davon ab, nach welchem der beiden Rechte der Täter für die gerade zu beurteilende Tat besser wegkommt (Günter Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil I: Die Straftat, 2. Aufl., Bern 1996, S. 81 mit Hinweisen).

Laut § 151 StG a.F. hat wer in seiner Steuererklärung oder im übrigen Verfahren zur Ermittlung der Steuer vorsätzlich oder grobfahrlässig unrichtige oder mangelhafte Angaben macht oder die Steuererklärung innerhalb der festgesetzten Frist nicht einreicht und infolgedessen gar nicht oder zu niedrig eingeschätzt wird, neben der Nachsteuer eine Busse (Strafsteuer) zu bezahlen (Abs. 1). Die Busse beträgt in der Regel das Doppelte der Nachsteuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden. Sie beträgt jedoch mindestens 100 Fr. (Abs. 2). Nach § 151 StG n.F. wird wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, mit einer Busse entsprechend seinem Verschulden bestraft, die einen Drittel bis das Dreifache, in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer beträgt. Die beiden objektiven Tatbestände dieser Strafbestimmungen erscheinen als gleichwertig. Der Steuerpflichtige hat in beiden Fällen die Steuerklärung vollständig, wahrheitsgemäss und fristgerecht einzureichen. In Bezug auf den subjektiven Tatbestand der Steuerhinterziehung erweist sich § 151 StG a.F. als das mildere Recht, da nicht wie im neuen Recht jede Form fahrlässigem Handelns, sondern nur grobe Fahrlässigkeit strafbar ist. Deshalb ist diesbezüglich auf § 151 StG a.F. abzustellen. Hinsichtlich der Höhe der Busse der vollendeten Steuerhinterziehung erscheint § 151 StG n.F. als das mildere Recht, weil nicht wie im alten Recht die Busse in der Regel das Doppelte der Nachsteuer, sondern in der Regel nur das Einfache der hinterzogen Steuer beträgt und weil zudem nach neuem Recht die Busse nicht wie nach altem Recht mindestens Fr. 100.-- betragen muss. Aus diesem Grund ist für die Bemessung der Busse § 151 StG n.F. anwendbar (vgl. BGE vom 10. Juni 1998 i.S. Kt. StV BE gegen X. und StRK BE, E. 2).

3. Der objektive Tatbestand der Steuerhinterziehung ist vorliegend erstellt, da feststeht, dass die Rekurrenten steuerpflichtiges Einkommen in den hier zu beurteilenden Steuerperioden 1997/98, 1999/00 und 2001 im Umfang der Höhe der Nachsteuer nicht angegeben haben.

4. In subjektiver Hinsicht ist zu prüfen, ob der Steuerpflichtige vorsätzlich oder grobfahrlässig handelte.

a) Vorsätzlich handelt, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt (Art. 18 Abs. 2 StGB in Verbindung mit § 39 Abs. 1 EG StGB). Die Steuerhinterziehung gehört zur Kategorie der Erfolgsdelikte, d.h. zum Tatbestand gehört nicht nur eine bestimmte Tathandlung (unrichtige oder unvollständige Deklarierung), sondern auch der Eintritt eines bestimmten Erfolgs (ausgebliebene oder zu niedrige Einschätzung). Das Wissen und Wollen des Täters muss sich nicht nur auf die Unrichtigkeit der Angaben, sondern auch auf deren Folgen, also auf die unrichtige Einschätzung, beziehen. Eine vorsätzliche Steuerhinterziehung ist folglich dann anzunehmen, wenn der Steuerpflichtige im Einschätzungsverfahren wissentlich unrichtige oder unvollständige Angaben gemacht und damit eine ungenügende Einschätzung bezweckt und erzielt hat (vgl. August Reimann/Ferdinand Zuppinger/Erwin Schärrer, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, Band IV, Bern 1966, N. 19 zu § 188). Eine besondere Form des Vorsatzes bildet der Eventualvorsatz; er liegt vor, wenn der Täter die ungenügende Einschätzung für möglich hält, sich aber trotz dieser Erkenntnis nicht vom deliktischen Verhalten hat abbringen lassen (vgl. Reimann/Zuppinger/Schärrer, a.a.O., N. 20 zu § 188). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung gilt der Nachweis des Vorsatzes als erbracht, wenn mit hinreichender Sicherheit feststeht, dass sich der Beschuldigte der Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit der gemachten Angaben bewusst war. Ist dieses Wissen erwiesen, so muss angenommen werden, dass er auch mit Willen handelte, d.h. eine Täuschung der Steuerbehörden beabsichtigt und eine zu niedrige Veranlagung bezweckt (direkter Vorsatz) oder zumindest in Kauf genommen hat (Eventualvorsatz). Diese Vermutung lässt sich nicht leicht entkräften, weil in der Regel ein anderer Beweggrund für die Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit der gemachten Angaben nur schwer vorstellbar ist (vgl. BGE 114 Ib 27 E. 3a, S. 29 f.).

Fahrlässig handelt hingegen, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedacht oder darauf nicht Rücksicht genommen hat. Als pflichtwidrig gilt die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beobachtet hat, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (Art. 18 Abs. 3 StGB in Verbindung mit § 39 Abs. 1 EG StGB). Nach § 151 Abs. 1 StG a.F. genügt nicht jede Fahrlässigkeit, sondern der Steuerpflichtige muss grobfahrlässig gehandelt haben. Nach der Rechtsprechung handelt grobfahrlässig, wer jene elementarsten Vorsichtsgebote unbeachtet lässt, die jeder verständige Mensch in der gleichen Lage und unter den gleichen Umständen befolgt hätte, um einen nach dem natürlichen Lauf voraussehbaren Erfolg zu verhindern (vgl. zum Ganzen: Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Basel-Landschaft [VGE BL] vom 15. Januar 1986, E. 1, in: Basellandschaftliche Verwaltungsgerichtsentscheide [BLVGE] 1986, S. 26 f.; Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Landschaft [RKE BL] 127/1990 vom 28. September 1990, E. 3).

5. Im Steuerrecht gibt es eine Mitwirkungspflicht für die Pflichtigen gegenüber den Einschätzungsbehörden. Primär sind die Pflichtigen verpflichtet ihre Einkommen und anderen steuerrechtlich relevanten Tatsachen in der Steuererklärung zu deklarieren. Diese Steuererklärungspflicht beinhaltet neben der Wissenserklärung auch die Willenserklärung der steuerpflichtigen Person, gemäss den deklarierten Angaben veranlagt zu werden (vgl. Meier in: Nefzger/Simonek/Wenk, Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, 101 N 10). Doch auch danach sind die Pflichtigen gemäss § 109 Abs. 2 StG verpflichtet den Einschätzungsbehören auf Verlangen «Bücher, Urkunden und andere Belege» einzureichen, um die Richtigkeit ihrer Angaben in der Steuererklärung nachzuweisen. Unter Büchern sind insbesondere die Geschäftsbücher gemäss Art. 957 und 958 OR zu verstehen. Der Wortlaut in Abs. 2 ist auch auf die Aufzeichnungen selbständig Erwerbender, die nicht buchführungspflichtig sind und nicht freiwillig Buch führen, auszudehnen. Als Urkunden gelten diejenigen Beweismittel, welche Rechtshandlungen und deren Folgen nachweisen, wie z.B. Verträge, Rechnungen, Bank- und Postcheckauszüge. Zu den Belegen zählen die Buchungsbelege, auf welche die Buchungssätze in den Büchern zurückzuführen sind (vgl. Meier, a.a.O. 109 N 7). Schliesslich beinhaltet die Mitwirkungspflicht der Pflichtigen eine sog. Garantenstellung im strafrechtlichen Sinn. Diese verpflichtet die Pflichtigen, eine ungenügende Besteuerung nach Möglichkeit zu verhindern und unzutreffende Veranlagungsverfügungen korrigieren zu lassen, sofern er deren Fehlerhaftigkeit bemerkt (vgl. Filli/Pfenninger-Hirschi, a.a.O. 151 N 9).

a) Im vorliegenden Fall unterliessen es die Pflichtigen für die Perioden 1999/2000 sowie 2001 eine Steuererklärung einzureichen, weshalb sie jeweils amtlich veranlagt wurden. Das Nichteinreichen einer Steuererklärung ist per se eine Verletzung der gebotenen Mitwirkungspflicht, denn aus dem Steuerformular und der dazugehörigen Wegleitung geht unmissverständlich hervor, dass sämtliche Einkommen- und Vermögensbestandteile anzugeben sind. Unterlassen es die Pflichtigen, eine Steuererklärung einzureichen, und können die für eine korrekte Veranlagung notwendigen Steuerfaktoren von der Einschätzungsbehörde nicht anderweitig ermittelt werden, erfolgt gemäss § 106 Abs. 2 StG eine amtliche Veranlagung. Vorliegend haben die Pflichtigen die amtliche Veranlagung ohne weiteres so akzeptiert und das fehlende Einkommen der Ehefrau nicht gerügt.

b) Das Einkommen der Ehefrau wurde demnach gleich mehrmals verschwiegen, indem weder eine Selbstdeklaration in Form einer Steuererklärung erfolgte, noch gegen die offensichtlich falschen Veranlagungen Einsprache erhoben wurde. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung gilt der Nachweis des Vorsatzes als erbracht, wenn mit hinreichender Sicherheit feststeht, dass sich der Beschuldigte der Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit der gemachten Angaben bewusst war. Ist dieses Wissen erwiesen, so muss angenommen werden, dass er auch mit Willen handelte, d.h. eine Täuschung der Steuerbehörden beabsichtigt und eine zu niedrige Veranlagung bezweckt (direkter Vorsatz) oder zumindest in Kauf genommen hat (Eventualvorsatz). Diese Vermutung lässt sich nicht leicht entkräften, weil in der Regel ein anderer Beweggrund für die Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit der gemachten Angaben nur schwer vorstellbar ist (vgl. Entscheid des Bundesgerichts [BGE] 114 Ib 27 E. 3a).

Die gesamten Umstände, insbesondere die mehrfache Wiederholung der Unterlassung, lassen nur darauf schliessen, dass die Pflichtigen bewusst auf eine Selbstdeklaration verzichtet hatten. Spätestens nach der Durchsicht der ersten amtlichen Veranlagungsverfügung hätten sie sehen müssen, dass unter der Position Einkommen Ehefrau kein Betrag eingesetzt wurde. Aufgrund dieser Erwägungen ist das Verhalten der Steuerpflichtigen als vorsätzliche Steuerhinterziehung zu qualifizieren.

6. Gemäss § 151 StG beträgt bei vollendeter Steuerhinterziehung die Busse in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden. Eine Unterschreitung des gesetzlich vorgesehenen Regelstrafmasses ist nur bei Vorliegen von Strafmilderungsgründen im Sinne von Art. 11, 20 oder 64 StGB in Verbindung mit Art. 65 f. StGB zulässig (vgl. Sieber in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1 Art. 56 N 36).

Die Strafzumessung richtet sich gemäss § 155 StG nach der Schwere des Verschuldens, nach dem eingetretenen oder beabsichtigten Erfolg und nach den persönlichen Verhältnissen des Angeschuldigten.

a) In casu stellte die Steuerverwaltung im Jahre 2003 bei einer Erkundigung bei der Sozialversicherungsanstalt Basel-Landschaft fest, dass die Ehefrau schon seit Januar des Jahres 1998 erwerbstätig ist. Dieses Einkommen wurde aber von den Pflichtigen in den Steuererklärungen jeweils nicht deklariert, bzw. haben sie gegen die amtlichen Veranlagungen bei Entdecken des Fehlers keine Einsprache erhoben. Aufgrund dessen wurden jeweils zu wenig Steuern erhoben, was den Pflichtigen einen Vorteil in Form einer geringeren Steuerlast und dem Gemeinwesen ein Nachteil in Form eines Steuerausfalls einbrachte. Der Erfolg der Steuerhinterziehung trat damit in mehreren aufeinanderfolgenden Jahren ein.

b) Der Vertreter der Pflichtigen machte geltend, dass er sofort nach Erhalt des Schreibens der Steuerverwaltung mit dieser Kontakt aufgenommen habe, und dass aufgrund der Ereignisse wie der vorherigen Arbeitslosigkeit, Restaurant-Übernahme und Wechsel des Treuhänders viel Administration nicht erledigt worden sei. Dass es sich in casu um ein unbeabsichtigtes Vergessen handelt ist dennoch nicht glaubwürdig. Erstens waren die Pflichtigen schon vorher durch einen Treuhänder vertreten und zweitens handelt es sich um das gesamte Einkommen der Ehefrau, welches nicht deklariert wurde. Zwar ist der Vertreter nach dem Schreiben der Steuerverwaltung vom 19. August 2004 tatsächlich in Kontakt mit dieser getreten, doch eben erst nach Ankündigung des Nach- und Strafsteuerverfahrens. Dies als auch die übrigen Umstände wie sie der Vertreter der Pflichtigen darlegt, stellen jedoch keinen Strafmilderungsgrund dar. Da die Kontaktaufnahme erst nach der Ankündigung des Nach- und Strafsteuerverfahrens erfolgte, liegt auch keine Selbstanzeige im Sinne von § 151 StG vor, denn eine solche setzt eine spontane und aus eigenem Antrieb erfolgte Offenlegung der unversteuerten Einkünfte und Vermögenswerten voraus (vgl. Filli/Pfenninger-Hirschi, a.a.O., 151 N 27ff).

c) In Würdigung der gesamten Umstände sind auch keine Gründe ersichtlich, welche eine Abweichung von der Regelbusse zulassen würden.

7. Zusammenfassend ist festzustellen, dass die Pflichtigen das Gericht nicht vom fehlenden Vorsatz überzeugen konnten und somit der subjektive Tatbestand der Steuerhinterziehung nach § 151 Abs. 1 StG gegeben ist. Aufgrund der wiederholten Unterlassung der Einkommensdeklaration, bzw. unterlassener Einsprache gegen die amtlichen Veranlagungen der Jahre 1999 bis 2001 ist von Vorsatz auszugehen. Die Pflichtigen haben trotz mehrfachem Wechsel der Arbeitsstelle die Pflicht, den Einschätzungsbehörden die notwendigen Angaben zu liefern. Dass die Deklaration des Einkommens der Ehefrau unabsichtlich nicht deklariert wurde erscheint umso unglaubwürdiger, als dass die Pflichtigen ständig von einem Buchhalter betreut wurden. Da weder strafmilderungsnoch straferhöhungs- Gründe vorliegen, erweist sich die Busse von 100% der Nachsteuer als korrekt, weshalb der Rekurs abzuweisen ist.

8. (…)