Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Zunächst ist zu prüfen, ob die aufgrund der im Jahr 2001 veräusserten Grundstücksparzelle Nr. X im Grundbuch in A. von der Steuerverwaltung erhobene Grundstückgewinnsteuer richtig festgesetzt worden ist.

a) Gemäss § 71 StG unterliegen der Grundstückgewinnsteuer die Gewinne aus Veräusserung von Grundstücken oder Anteilen an solchen. Nach § 75 Abs. 1 StG ist Grundstückgewinn der Betrag, um den der Veräusserungserlös die Gestehungskosten (Erwerbspreis und wertvermehrende Aufwendungen) übersteigt. Liegt der Erwerb mehr als 20 Jahre zurück, so bestimmt sich laut § 77 Abs. 3 StG der Erwerbspreis nach dem Verkehrswert des Grundstückes vor 20 Jahren, sofern kein höherer Erwerbspreis nachweisbar ist.

b) Die Steuerverwaltung hat im vorliegenden Fall gemäss der statistischen Methode den Verkehrswert des Lands auf Fr. 400.-- pro m2 (unüberbaut) festgelegt. Da das Grundstück überbaut ist, hat sie den Verkehrswert um einen Drittel auf Fr. 280.-- pro m2 reduziert. Demzufolge hat sie für das Grundstück einen Verkehrswert vor 20 Jahren von Fr. 465'920.-- herangezogen. Den Verkehrswert des Gebäudes vor 20 Jahren hat sie unter anderem anhand des Brandversicherungswertes auf Fr. 852'117.-- festgelegt. Den Verkehrswert vor 20 Jahren für Land und Gebäude der Parzelle Nr. X in A. hat sie auf insgesamt Fr. 1'318'037.-- festgesetzt. Die zur Ermittlung dieser Werte angewandten Methoden entsprechen der Praxis der Steuerverwaltung und -justizbehörden, weshalb der von der Steuerverwaltung für die fragliche Parzelle ermittelte Verkehrswert vor 20 Jahren nicht zu beanstanden ist (vgl. Thomas P. Wenk, in: Nefzger/Simonek/Wenk, Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, Basel 2004, N. 9 ff. zu § 77).

c) Für den Einbau einer zweiten Küche in der fraglichen Liegenschaft sind im Jahr 1992 Kosten von Fr. 56'416.-- angefallen. Aufgrund der vom Rekurrenten nachgereichten Aufstellung, welche von einem Vertreter der Z. Treuhand AG unterzeichnet ist, erscheint es als erstellt, dass für den Einbau der zweiten Küche Kosten von Fr. 56'416.-- entstanden sind. Es handelt sich hierbei offensichtlich um wertvermehrende Aufwendungen. Die im Jahr 1992 angefallenen Kosten von Fr. 56'416.-- für den Einbau der zweiten Küche sind demzufolge als wertvermehrende Aufwendungen anzurechnen.

d) Es fragt sich schliesslich noch, ob vorliegend als Erwerbspreis des fraglichen Grundstückes der effektive Erwerbspreis des Jahres 1972 oder der Verkehrswert vor 20 Jahren heranzuziehen ist. Liegt der Erwerb mehr als 20 Jahre zurück, so bestimmt sich laut § 77 Abs. 3 StG der Erwerbspreis nach dem Verkehrswert des Grundstückes vor 20 Jahren, sofern kein höherer Erwerbspreis nachweisbar ist. Beim Vergleich, ob der Verkehrswert vor 20 Jahren oder der effektive Erwerbspreis höher ist, ist nach dem klaren Wortlaut der Bestimmung von § 77 Abs. 3 StG von unindexierten Werten auszugehen. Der effektive Erwerbspreis des streitbetroffenen Grundstücks beträgt gemäss Angaben des Rekurrenten Fr. 1'223'356.10 und ist somit tiefer als der von der Steuerverwaltung auf Fr. 1'318'037.-- festgesetzte Verkehrswert vor 20 Jahren. Es ergibt sich demzufolge, dass die Steuerverwaltung zu Recht als Erwerbspreis den Verkehrswert vor 20 Jahren herangezogen hat.

3. Im Weiteren ist zu prüfen, ob den Steuerpflichtigen aufgrund ihrer Ersatzbeschaffung im Mai 2006 für die im Jahr 2001 veräusserte Liegenschaft in A. ein Steueraufschub zu gewähren sei.

a) Gemäss Art. 12 Abs. 3 lit. e des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG) wird die Besteuerung aufgeschoben bei "Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleich genutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird".

Der Regelung des Art. 12 StHG liegt zunächst der Gedanke zugrunde, dass alle Gewinne aus der Veräusserung eines Grundstücks besteuert werden sollen. Als Gewinn wird die Differenz zwischen dem Veräusserungserlös und den Anlagekosten verstanden; dabei setzen sich die Anlagekosten aus dem Erwerbspreis oder dem Ersatzwert zuzüglich den Aufwendungen zusammen (Art. 12 Abs. 1 StHG). Entgegen der Absicht des Bundesrats, der sich grundsätzlich gegen jeden Aufschub aussprach, hat die Bundesversammlung nebst anderen den Aufschubstatbestand von Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG in das Gesetz aufgenommen. Dem Steuerpflichtigen soll dank dem Steueraufschub wenn nötig der gesamte Verkaufserlös für die Finanzierung eines Ersatzobjekts zur Verfügung stehen. Ungeachtet der Gründe für einen Wohnortwechsel wollte der Gesetzgeber damit die Mobilität der Steuerpflichtigen fördern oder zumindest in keiner Weise hemmen.

Der Grundsatz, dass Grundstückgewinne zu versteuern sind, wird damit insofern durchbrochen, als der Steuerpflichtige im Interesse der Mobilität nicht durch Steuern daran gehindert werden soll, den vollen Veräusserungserlös für eine Ersatzliegenschaft einzusetzen. Übersteigen die für das Ersatzobjekt eingesetzten Mittel - wie hier - jedoch die Anlagekosten der veräusserten Liegenschaft nicht, so steht die vollständige Besteuerung des Grundstückgewinns dem Erwerb des Ersatzobjekts und damit der Mobilität nicht entgegen. Die Besteuerung des Veräusserungsgewinns ohne Steueraufschub verringert die zur Ersatzbeschaffung benötigten Mittel in diesem Fall nicht. Zusätzlich zum Ersatzobjekt steht dem Steuerpflichtigen noch der volle Veräusserungsgewinn zur Verfügung; er ist nicht im Ersatzobjekt gebunden. Der Gewinn muss insoweit als realisiert gelten. Somit entfällt in einem solchen Fall der Grund für den Steueraufschub. Die vom Gesetz vorgesehene Besteuerung des Grundstückgewinns ist nach dem Sinn und Zweck von Art. 12 StHG sofort vorzunehmen, was auch dem Leistungsfähigkeitsprinzip entspricht. Die gleichen Überlegungen gelten sinngemäss auch, wenn das Ersatzobjekt nicht bereits aus den frei gewordenen Anlagekosten des früheren Eigenheims bezahlt werden kann, sondern zusätzlich ein Teil des Liegenschaftsgewinns reinvestiert werden muss. Gesamthaft ergibt sich somit, dass für die Ermittlung des Steueraufschubs nach Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG die so genannte absoluten Methode anzuwenden und ein Steueraufschub somit nur zu gewähren ist, wenn und soweit der in das Ersatzgrundstück reinvestierte Erlös höher ist als die Anlagekosten der ursprünglichen Liegenschaft. Diese Auslegung ist für die Kantone verbindlich (vgl. Urteil des Schweizerischen Bundesgerichts [BGE] 130 II 202 insb. E. 5.3. m. w. Hw.). Ein Steueraufschub nach § 73 lit. k StG ist somit nur unter diesen genannten Voraussetzungen möglich.

b) Im vorliegenden Fall werden in das Ersatzobjekt in C. Fr. 1'256'000.-- reinvestiert. Die Anlagekosten der veräusserten Liegenschaft in A. betragen gemäss der angefochtenen Grundstückgewinnsteuer-Rechnung Fr. 1'739'529.-- (Areal mit Wohnhaus Fr. 1'700'268.-- sowie werterhöhende Aufwendungen von Fr. 39'261.--). Zu diesen Anlagekosten kommen noch die werterhöhenden Aufwendungen für die zweite Küche hinzu. Die in das Ersatzobjekt in C. reinvestierten Mittel liegen demzufolge offensichtlich unter den Anlagekosten der veräusserten Liegenschaft in A., weshalb ein Steueraufschub nach § 73 lit. k StG ausgeschlossen ist.

c) Gemäss § 183 Abs. 1 StG kann die Kantonale Taxationskommission im Einschätzungsverfahren oder das Steuergericht im Rekursverfahren von der gesetzlichen Ordnung in angemessener Weise abweichen, wenn sich bei der Anwendung der gesetzlichen Bestimmungen in Einzelfällen eine sachlich ungerechtfertigte Belastung ergibt.

Diese Bestimmung verleiht demnach der Taxationskommission und dem Steuergericht die Befugnis, in Fällen besonderer Härte die Steuerleistung niedriger anzusetzen, als die allgemeinen Regeln dies verlangen, um auf diese Weise Unbilligkeiten der gesetzlichen Ordnung auszugleichen bzw. die allzu harten Folgen einer an sich gesetzeskonformen Veranlagung zu mildern. Aufgrund des in Art. 127 Abs. 1 der Bundesverfassung vom 18. April 1999 der Schweizerischen Eidgenossenschaft (BV) verankerten Grundsatzes der gesetzmässigen Besteuerung ist indessen bei der Anwendung dieses Ausnahmerechts grosse Zurückhaltung angezeigt.

Ein Härtefälle im Sinne von § 183 StG kann nur bejaht werden, wenn kumulativ eine objektive und subjektive Härte vorliegt. Konkret muss es sich um einen Sonderfall handeln, müssen triftige, nach einem strengen Massstab zu beurteilende Gründe vorliegen und muss unter Würdigung der persönlichen Verhältnisse die Erhebung der Steuer eine besondere Härte für den Steuerpflichtigen darstellen. Bei jeder Anwendungsprüfung des § 183 StG handelt es sich um eine Einzelfallabwägung, die auf den individuellen Verhältnissen basiert (vgl. Basellandschaftliche Steuerpraxis [BStPra.], Bd. IX, S. 95).

Es ist davon auszugehen, dass der Gesetzgeber den Umstand, dass bei einer bloss teilweisen Ersatzbeschaffung Grundstückgewinnsteuern zu entrichten sind, vorausgesehen hat. Diese Steuer führt auch nicht zu einer sachlich ungerechtfertigen steuerlichen Belastung, denn auf jenem Betrag, welcher reinvestiert wird, fällt ja keine Grundstückgewinnsteuer an. Die Voraussetzungen für die Anwendung des Härteparagraphen sind somit in objektiver Hinsicht nicht erfüllt, weshalb dieser vorliegend nicht angerufen werden kann. Unter diesen Umständen kann offen bleiben, inwieweit in subjektiver Hinsicht eine Härte gegeben ist.

Aufgrund all dessen steht fest, dass den Steuerpflichtigen aufgrund ihrer Ersatzbeschaffung im Mai 2006 für die im Jahr 2001 veräusserte Liegenschaft in A. kein Steueraufschub gewährt werden kann.

4. Der Rekurs erweist sich dem Gesagten zufolge als teilweise begründet und ist in dem Sinne teilweise gutgeheissen, als die Steuerverwaltung anzuweisen ist, die im Jahr 1992 angefallenen Kosten von Fr. 56'416.-- für den Einbau der zweiten Küche als wertvermehrende Aufwendungen anzurechnen.

5. (…)