Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Im vorliegenden Fall ist zu prüfen, ob die Beschwerdeführerin den Verlustvortrag der Jahre 1997-2003 in Höhe von Fr. 1'395'792.-- mit dem steuerbaren Reingewinn der Steuerperiode 2004 in Höhe von Fr. 114'658.-- verrechnen kann und ob der verbleibende Betrag in Höhe von Fr. 1'281'134.-- als verrechenbarer Verlustvortrag bzgl. der Steuerperiode 2005 zuzulassen ist.

3. Gemäss Art. 67 Abs. 1 DBG können Verluste vom Reinertrag aus den sieben der Steuerperiode vorausgegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reinertrags dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.

a) Mit dieser Verlustverrechnungsvorschrift wird das im Steuerrecht verankerte Periodizitätsprinzip durchbrochen, um den im Steuerrecht verankerten Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit und dem daraus fliessenden Totalgewinnprinzip gerecht zu werden (Stephan Kuhn/Peter Brülisauer in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, Art. 67 DBG N 3 f., vgl. auch Frank Lampert, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, Basel 2000, S. 50 Ziffer 2.3 ff.). Gegenstand der Verlustverrechnung sind die negativen Ergebnisse der steuerlich korrigierten handelsrechtskonformen Erfolgsrechnung, soweit sie noch nicht mit früheren steuerbaren Gewinnen verrechnet werden konnten. Der Begriff des Verlustes wird im DBG nicht näher umschrieben. Aus unternehmenssteuerlicher Sicht muss namentlich zwischen dem laufenden Geschäftsverlust einerseits und dem Jahresendverlust andererseits unterschieden werden. Unter dem Begriff Geschäftsverlust kann das negative Ergebnis eines einzelnen Geschäftsvorfalles und unter dem Begriff Verlust der steuerlich massgebende Jahresendverlust eines Unternehmens verstanden werden. Der Verlustvortrag entspricht der Summe der verrechenbaren Vorjahresverluste, während der Ausgleich eines steuerbaren Reingewinnes mit dem Verlustvortrag Verlustverrechnung genannt wird (Stephan Kuhn/Peter Brülisauer, a.a.O., Art. 67 DBG N 5 f.). Bezüglich Art und Weise der Verlustrechnung finden sich im DBG keine ausdrücklichen Bestimmungen. Auch wird im DBG nicht zwischen verschiedenen Kategorien von Verlustvorträgen unterschieden. Aufgrund des im DBG ausdrücklich verankerten Periodizitätsprinzips müssen die vorgetragenen Jahresendverluste mehrerer Geschäftsjahre in der Reihenfolge ihrer Entstehung verrechnet werden. Diese Auslegung ergibt sich ferner aus der Formulierung "[…] soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns nicht berücksichtigt werden konnten", welche verlangt, dass Verluste sobald als möglich mit Gewinnen verrechnet werden müssen, d.h. eine Unterlassung der sofortigen Verlustverrechnung hat den Verlust der Verrechnungsmöglichkeit für die Folgejahre zur Folge (vgl. Stephan Kuhn/Peter Brülisauer, a.a.O., Art. 67 DBG N 8 ff., vgl. auch Frank Lampert, a.a.O., S. 50 Ziffer 2.3 ff.) b)Die X. wurde auf Gesuch hin mit Entscheid der kantonalen Steuerverwaltung des Kantons B. vom 21. Februar 2003 in Anwendung von Art. 56 lit. g DBG rückwirkend auf das Steuerjahr 2001 von der direkten Bundessteuer befreit, solange sie keine wirtschaftlichen Tätigkeiten ausübe. In den Geschäftsjahren 2003 und 2004 erzielte die Steuerpflichtige ein Jahresgewinn in Höhe von Fr. 74'798.-- respektive Fr. 114'658.--. Da jedoch die X. ihren Sitz wieder per 31. August 2004 nach A. verlegte, konnte die Steuerverwaltung keine Kenntnis der vorliegenden Gewinne haben. In ihrem Rekurs bestreitet die X. die wirtschaftlichen Tätigkeiten nicht und anerkennt somit die Gewinne, weshalb die Steuerbefreiung zu Recht keine Gültigkeit mehr hat. Es stellt sich nun aber die Frage, ob nach der Aufhebung der Steuerbefreiung die Verluste gemäss Art. 67 Abs. 1 DBG, die in der steuerbefreiten Zeitspanne erlitten wurden, mit dem steuerbaren Reingewinn der Steuerperiode 2004 zur Verrechnung zuzulassen ist.

4. Bei der Umwandlung von steuerbefreiten Unternehmungen des Bundes oder der Kantone in eine steuerpflichtige Gesellschaft stellt sich die Frage, ob und inwieweit Verluste, welche unter dem Status der Steuerbefreiung erlitten wurden, mit Gewinnen nach der Umwandlung, d.h. nach dem Eintritt in die Steuerpflicht, verrechenbar sind. Zivilrechtlich kommen dabei die verschiedensten Vorgehensweisen, d.h. insbesondere auch die formwechselnde Umwandlung ohne Übertragung der Rechtsträgerschaft in Frage. Unabhängig von der zivilrechtlichen Vorgehensweise ist eine Verlustübernahme respektive ein Verlustvortrag ausgeschlossen. Der Grund hierfür liegt darin, dass öffentliche Betriebe von der Steuerpflicht befreit sind und somit kein Steuersubjekt darstellen. Steuerrechtlich ist somit nicht nur eine Befreiung von Gewinnen gegeben, sondern das Rechtssubjekt nicht der Steuer unterstellt. Daraus folgt aber auch, dass Verluste, welche in diesem "steuerfreien Raum" erlitten wurden, unbeachtlich sein müssen und zwar unabhängig von der Weiterführung des Betriebes. Selbst wenn der Ansicht gefolgt wird, dass die Steuerbefreiung nicht das Steuersubjekt, sondern das Steuerobjekt betrifft, ist eine Verlustübernahme ausgeschlossen, da vor der Umwandlung die Gewinnabsicht fehlte, sondern vielmehr die Gemeinnützigkeit respektive die öffentliche Zwecke angestrebt wurden. Unter diesen Zwecksetzungen erlittene Verluste können jedoch nur schwerlich in einen ursächlichen Zusammenhang mit Gewinnen einer steuerpflichtigen (gewinnorientierten) Gesellschaft gebracht werden, weshalb die Verrechnung auch unter diesem Titel zu verneinen ist (Frank Lampert, a.a.O., S. 97 Ziffer 2.6.3.4).

a) Mit der wirtschaftlichen Tätigkeit und der Unterstellung der X. unter die Steuerpflicht per 2004 fand ein Statuswechsel statt, womit auch eine neue Ära begann. Die Steuerpflichtige genoss während Jahren den Vorteil der Steuerbefreiung, da sie gemäss Art. 56 lit. g DBG als juristische Person öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgte. Während dieser Zeitspanne war sie von der Besteuerung der Gewinne befreit und war als Rechtssubjekt somit nicht der Steuer unterstellt. Daraus folgt, dass die Verluste, welche in diesem "steuerfreien Raum" erlitten wurden, unbeachtlich sein müssen, auch wen die X. - nun steuerpflichtig - weitergeführt wird. Auch ist eine Verlustübernahme ausgeschlossen, da vor dem Statuswechsel die Steuerpflichtige öffentliche Zwecke verfolgte und die in dieser Zeit erlittenen Verluste nicht in einen ursächlichen Zusammenhang mit Gewinnen einer steuerpflichtigen Gesellschaft gebracht werden können. Somit sind bei einer vorgehenden Steuerbefreiung einer nicht gewinnstrebigen Firma bereits die Umstände besonders gewürdigt worden. Eine Gewährung der Verlustverrechnung der sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren würde dem Prinzip eines "Clean-Breaks" nach der Aufhebung der Steuerbefreiung, aufgrund des Eintritts des Vorbehaltes der wesentlichen Jahresgewinne, klar widersprechen.

b) Bezüglich dem Begehren der Steuerpflichtigen, den verbleibenden Verlustbetrag in Höhe von Fr. 1'281'134.-- als verrechenbarer Verlustvortrag ab der Steuerperiode 2005 zuzulassen, kann aufgrund der oben gemachten Erwägungen nicht gewährt werden. Eine ordentliche Besteuerung mit Übernahme der Verlustvorträge zur Verlustverrechnung im Sinne von Art. 67 Abs. 1 DBG beginnt somit erst ab dem Zeitpunkt des Wegfalls der Steuerbefreiung, d.h. ab der Steuerperiode 2004. Demnach erweist sich der Rekurs als unbegründet und ist somit abzuweisen.

5. Im Übrigen ist festzuhalten, dass das Verhalten der Steuerpflichtigen gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstösst, in welchen auch das Verbot des "venire contra factum proprium", des widersprüchlichen Verhaltens, enthalten ist.

a) Der Grundsatz von Treu und Glauben gebietet ein loyales und vertrauenswürdiges Verhalten im Rechtsverkehr. Dieser Grundsatz ist ausdrücklich in Art. 2 des Schweizerischen Zivilgesetzbuches vom 10. Dezember 1907 (ZGB) festgelegt. Die herrschende Lehre und die Praxis beschränken die Geltung dieses Grundsatzes nicht bloss auf das Zivilrecht, sondern gestehen ihm ein die ganze Rechtsordnung umfassendes Anwendungsgebiet zu. Dies ergibt sich auch aus Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV), wonach staatliche Organe und Private nach Treu und Glauben zu handeln haben und jede Person einen Anspruch darauf hat, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden (vgl. Basler Kommentar zum Schweizerischen Privatrecht, Zivilgesetzbuch I, Art. 2 N 35). Als Verbot widersprüchlichen Verhaltens verbietet dieser Grundsatz sowohl den staatlichen Behörden wie auch den Privaten, sich in ihren öffentlichrechtlichen Rechtsbeziehungen widersprüchlich oder rechtsmissbräuchlich zu verhalten (vgl. Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des allgemeinen Verwaltungsrechts, 5. Auflage, Zürich/Basel/Genf 2006, S. 148 N 707 ff.).

b) Die Steuerpflichtige konnte während Jahren von der Steuerbefreiung profitieren. Ihr war bekannt, dass diese Steuerbefreiung nur solange gewährt werden würde, als sie keine wirtschaftliche Tätigkeit ausübe. Jetzt wo sie jedoch einer wirtschaftlichen Tätigkeit nachgeht und somit nicht mehr unter die Steuerbefreiung fällt, möchte sie zusätzlich noch die Verluste vom Reinertrag aus den sieben der Steuerperiode vorausgegangenen Geschäftsjahren, die in dem steuerbefreiten Zeitraum erlitten wurden, verrechnen. Dies stellt aber klar ein widersprüchliches Verhalten der Steuerpflichtigen dar, das demnach nicht geschützt werden kann.

Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Steuerverwaltung zu Recht die Verlustverrechnung nicht gewährt hat. Die Beschwerde erweist sich demnach als unbegründet und ist somit abzuweisen.

6. (…)