Ausserdem hätten im Zeitpunkt des Wegfalls der Steuerbefreiung der X. keine steuersystematischen Tatbestände vorgelegen, die eine Nichtanerkennung der Verlustrechnung rechtfertigen würden. Die Pflichtige ist der Ansicht, dass mit dem Wegfall der Steuerbefreiung eine ordentliche Besteuerung mit Übernahme der Verlustvorträge zur Verlustverrechnung im Sinne von § 57 Abs. 1 StG beginne.
6. Mit Vernehmlassung vom 9. Mai 2007 beantragte die Steuerverwaltung die Abweisung des Rekurses. Zur Begründung machte sie im Wesentlichen geltend, dass aufgrund der erfolgten Gewinne der Pflichtigen in den Jahren 2003 und 2004 die damaligen Voraussetzungen der Steuerbefreiung gemäss § 16 Abs. 1 lit.