Mit Einsprache-Entscheid vom 27. Februar 2007 wies die Steuerverwaltung die Einsprache mit der Begründung ab, dass im Vergleich zu den Verlusten, die in den Jahren bis zur Sitzverlegung vom 7. September 2001 nach B. erwirtschaftet worden seien, die Ergebnisse der letzten beiden Geschäftsjahre 2003 und 2004 als wesentliche Jahresgewinne zu beurteilen seien. Der Entscheid der kantonalen Taxationskommission vom 15. Februar 1996 habe somit keine Gültigkeit mehr.
5. Gegen diesen Einsprache-Entscheid erhob die Vertreterin der Pflichtigen mit Schreiben vom 23. März 2007 Rekurs mit den Begehren, es sei aufgrund der Aufhebung der Steuerbefreiung im Sinne von § 16 Abs. 1 lit.