Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Im vorliegenden Fall ist zu prüfen, ob die Rekurrentin den Verlustvortrag der Jahre 1997-2003 in Höhe von Fr. 1'395'792.-- mit dem steuerbaren Reingewinn der Steuerperiode 2004 in Höhe von Fr. 114'658.-- verrechnen kann und ob der verbleibende Betrag in Höhe von Fr. 1'281'134.-- als verrechenbarer Verlustvortrag bzgl. der Steuerperiode 2005 zuzulassen ist.

3. Gemäss § 57 Abs. 1 StG können Verluste vom Reinertrag aus den sieben der Steuerperiode vorausgegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reinertrags dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.

a) Mit dieser Verlustverrechnungsvorschrift wird das im Steuerrecht verankerte Periodizitätsprinzip durchbrochen, um den im Steuerrecht verankerten Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit und dem daraus fliessenden Totalgewinnprinzip gerecht zu werden (Stephan Kuhn/Peter Brülisauer in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Art. 25 StHG N 28, vgl. auch Frank Lampert, Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, Basel 2000, S. 50 Ziffer 2.3 ff.). Gegenstand der Verlustverrechnung sind die negativen Ergebnisse der steuerlich korrigierten handelsrechtskonformen Erfolgsrechnung, soweit sie noch nicht mit früheren steuerbaren Gewinnen verrechnet werden konnten. Bezüglich Art und Weise der Verlustrechnung ist im Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG) nichts festgehalten. Auch wird im StHG nicht zwischen verschiedenen Kategorien von Verlustvorträgen unterschieden. Aufgrund des im StHG ausdrücklich verankerten Periodizitätsprinzips müssen die vorgetragenen Jahresendverluste mehrerer Geschäftsjahre in der Reihenfolge ihrer Entstehung verrechnet werden. Diese Auslegung ergibt sich ferner aus der Formulierung "[…] soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns nicht berücksichtigt werden konnten", welche verlangt, dass Verluste sobald als möglich mit Gewinnen verrechnet werden müssen, d.h. eine Unterlassung der sofortigen Verlustverrechnung hat den Verlust der Verrechnungsmöglichkeit für die Folgejahre zur Folge (Stephan Kuhn/Peter Brülisauer, a.a.O., Art. 25 StHG N 31 f., vgl. auch Frank Lampert, a.a.O., S. 50 Ziffer 2.3 ff.) b)Die X. wurde auf Gesuch hin mit Entscheid der kantonalen Taxationskommission vom 15. Februar 1996 in Anwendung von § 16 Abs. 1 lit. d StG von der Staats- und Gemeindesteuer befreit, solange sie keine wesentlichen Jahresgewinne ausweise. Auch nach dessen Wegzug in den Kanton B. wurde sie von der Steuerverwaltung B. von der Staats- und Gemeindesteuer befreit, solange sie keine wirtschaftliche Tätigkeit ausübe. In den Geschäftsjahren 2003 und 2004 erzielte die Steuerpflichtige ein Jahresgewinn in Höhe von Fr. 74'798.-- respektive Fr. 114'658.--. In ihrem Rekurs bestreitet die X. die Aufhebung der Steuerbefreiung gemäss § 16 Abs. 1 lit. d StG nicht mehr und anerkennt somit, dass es sich bei den Jahresgewinnen 2003 und 2004 um Wesentliche handelt. Auch das Steuergericht kommt zum gleichen Schluss, weshalb die weitere Gültigkeit des Entscheides der kantonalen Taxationskommission vom 15. Februar 1996, wie sie von der Pflichtigen in der Einsprache verlangt worden war, zu Recht aufgehoben wurde. Es stellt sich nun aber die Frage, ob nach der Aufhebung der Steuerbefreiung die Verluste gemäss § 57 Abs. 1 StG, die in der steuerbefreiten Zeitspanne erlitten wurden, mit dem steuerbaren Reingewinn der Steuerperiode 2004 zur Verrechnung zuzulassen ist.

4. Bei der Umwandlung von steuerbefreiten Unternehmungen des Bundes oder der Kantone in eine steuerpflichtige Gesellschaft stellt sich die Frage, ob und inwieweit Verluste, welche unter dem Status der Steuerbefreiung erlitten wurden, mit Gewinnen nach der Umwandlung, d.h. nach dem Eintritt in die Steuerpflicht, verrechenbar sind. Zivilrechtlich kommen dabei die verschiedensten Vorgehensweisen, d.h. insbesondere auch die formwechselnde Umwandlung ohne Übertragung der Rechtsträgerschaft in Frage. Unabhängig von der zivilrechtlichen Vorgehensweise ist eine Verlustübernahme respektive ein Verlustvortrag ausgeschlossen. Der Grund hierfür liegt darin, dass öffentliche Betriebe von der Steuerpflicht befreit sind und somit kein Steuersubjekt darstellen. Steuerrechtlich ist somit nicht nur eine Befreiung von Gewinnen gegeben, sondern das Rechtssubjekt nicht der Steuer unterstellt. Daraus folgt aber auch, dass Verluste, welche in diesem "steuerfreien Raum" erlitten wurden, unbeachtlich sein müssen und zwar unabhängig von der Weiterführung des Betriebes. Selbst wenn der Ansicht gefolgt wird, dass die Steuerbefreiung nicht das Steuersubjekt, sondern das Steuerobjekt betrifft, ist eine Verlustübernahme ausgeschlossen, da vor der Umwandlung die Gewinnabsicht fehlte, sondern vielmehr die Gemeinnützigkeit respektive die öffentliche Zwecke angestrebt wurden. Unter diesen Zwecksetzungen erlittene Verluste können jedoch nur schwerlich in einen ursächlichen Zusammenhang mit Gewinnen einer steuerpflichtigen (gewinnorientierten) Gesellschaft gebracht werden, weshalb die Verrechnung auch unter diesem Titel zu verneinen ist (Frank Lampert, a.a.O., S. 97 Ziffer 2.6.3.4).

a) Mit der Ausweisung von wesentlichen Jahresgewinnen in den Jahren 2003 und 2004 und der Unterstellung der X. unter die Steuerpflicht per 2004 fand ein Statuswechsel statt, womit auch eine neue Ära begann. Die Steuerpflichtige genoss während den Jahren 1996-2003 den Vorteil der Steuerbefreiung, da sie gemäss § 16 Abs. 1 lit. d StG als juristische Person öffentliche Zwecke verfolgte. Während dieser Zeitspanne war sie von der Besteuerung der Gewinne befreit und war als Rechtssubjekt somit nicht der Steuer unterstellt. Daraus folgt, dass die Verluste, welche in diesem "steuerfreien Raum" erlitten wurden, unbeachtlich sein müssen, auch wen die X. - nun steuerpflichtig - weitergeführt wird. Auch ist eine Verlustübernahme ausgeschlossen, da vor dem Statuswechsel die Steuerpflichtige öffentliche Zwecke verfolgte und die in dieser Zeit erlittenen Verluste nicht in einen ursächlichen Zusammenhang mit Gewinnen einer steuerpflichtigen Gesellschaft gebracht werden können. Somit sind bei einer vorgehenden Steuerbefreiung einer nicht gewinnstrebigen Firma bereits die Umstände besonders gewürdigt worden. Eine Gewährung der Verlustverrechnung der sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren würde dem Prinzip eines "Clean-Breaks" nach der Aufhebung der Steuerbefreiung, aufgrund des Eintritts des Vorbehaltes der wesentlichen Jahresgewinne, klar widersprechen.

b) Bezüglich dem Begehren der Steuerpflichtigen, den verbleibenden Verlustbetrag in Höhe von Fr. 1'281'134.-- als verrechenbarer Verlustvortrag ab der Steuerperiode 2005 zuzulassen, kann aufgrund der oben gemachten Erwägungen nicht gewährt werden. Eine ordentliche Besteuerung mit Übernahme der Verlustvorträge zur Verlustverrechnung im Sinne von § 57 Abs. 1 StG beginnt somit erst ab dem Zeitpunkt des Wegfalls der Steuerbefreiung, d.h. ab der Steuerperiode 2004. Es bleibt der Steuerpflichtigen somit unbenommen, bei der Veranlagung der Steuerperiode 2005 die im Geschäftsjahr 2004 erlittenen Verluste geltend zu machen. Demnach erweist sich der Rekurs als unbegründet und ist somit abzuweisen.

5. Im Übrigen ist festzuhalten, dass das Verhalten der Steuerpflichtigen gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstösst, in welchem auch das Verbot des "venire contra factum proprium", des widersprüchlichen Verhaltens, enthalten ist.

a) Der Grundsatz von Treu und Glauben gebietet ein loyales und vertrauenswürdiges Verhalten im Rechtsverkehr. Dieser Grundsatz ist ausdrücklich in Art. 2 des Schweizerischen Zivilgesetzbuches vom 10. Dezember 1907 (ZGB) festgelegt. Die herrschende Lehre und die Praxis beschränken die Geltung dieses Grundsatzes nicht bloss auf das Zivilrecht, sondern gestehen ihm ein die ganze Rechtsordnung umfassendes Anwendungsgebiet zu. Dies ergibt sich auch aus Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV), wonach staatliche Organe und Private nach Treu und Glauben zu handeln haben und jede Person einen Anspruch darauf hat, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden (vgl. Basler Kommentar zum Schweizerischen Privatrecht, Zivilgesetzbuch I, Art. 2 N 35). Als Verbot widersprüchlichen Verhaltens verbietet dieser Grundsatz sowohl den staatlichen Behörden wie auch den Privaten, sich in ihren öffentlichrechtlichen Rechtsbeziehungen widersprüchlich oder rechtsmissbräuchlich zu verhalten (vgl. Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des allgemeinen Verwaltungsrechts, 5. Auflage, Zürich/Basel/Genf 2006, S. 148 N 707 ff.).

b) Die Steuerpflichtige konnte in den Jahren 1996-2003 von der Steuerbefreiung profitieren. Ihr war bekannt, dass diese Steuerbefreiung nur solange gewährt werden würde, als sie keine wesentlichen Jahresgewinne ausweise. Jetzt wo sie jedoch wesentliche Jahresgewinne ausweist und somit nicht mehr unter die Steuerbefreiung fällt, möchte sie zusätzlich noch die Verluste vom Reinertrag aus den sieben der Steuerperiode vorausgegangenen Geschäftsjahren, die in dem steuerbefreiten Zeitraum erlitten wurden, verrechnen. Dies stellt aber klar ein widersprüchliches Verhalten der Steuerpflichtigen dar, das demnach nicht geschützt werden kann.

Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Steuerverwaltung zu Recht die Verlustverrechnung nicht gewährt hat. Der Rekurs erweist sich demnach als unbegründet und ist somit abzuweisen.

6. (…)