Aus den Erwägungen:

1. Gemäss § 8b des Kirchengesetzes vom 3. April 1950 erhebt der Kanton von den steuerpflichtigen juristischen Personen eine Kirchensteuer von fünf Prozent des Staatssteuerbetrages zugunsten der Landeskirchen. Der Kanton erhebt diese Steuer zusammen mit der Staatssteuer. Das Steuergericht ist demnach in analoger Anwendung von § 124 des Gesetzes über die Staats- und Gemeindesteuern (Steuergesetz) vom 7. Februar 1974 (StG) zur Beurteilung des vorliegenden Rekurses zuständig.

Da die in formeller Hinsicht an einen Rekurs zu stellenden Anforderungen erfüllt sind, ist ohne weiteres darauf einzutreten.

2. Der Beurteilung unterliegt vorliegend, ob die Bürgergemeinde X. der Kirchensteuerpflicht unterliegt.

3. Die Bürgergemeinde X. macht geltend, dass ihre Kirchensteuerpflicht mit dem Grundrecht der Religionsfreiheit nicht vereinbar und deshalb unrechtmässig sei.

a) Gemäss Art. 15 Abs. 1 und Abs. 4 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft (BV) vom 18. April 1999 ist die Glaubens- und Gewissensfreiheit gewährleistet. Niemand darf gezwungen werden, einer Religionsgemeinschaft beizutreten oder anzugehören, eine religiöse Handlung vorzunehmen oder religiösem Unterricht zu folgen.

b) Die Glaubens- und Gewissensfreiheit ist das Recht des Einzelnen, in seiner religiösen Überzeugung sowie deren Ausübung und Verbreitung nicht durch staatliche Vorschriften eingeschränkt zu werden (Schweizerisches Bundesstaatsrecht, Ulrich Häfelin/Walter Haller, 6. Auflage, Schulthess Basel 2005, S. 124 N 405). In der alten Bundesverfassung vor der Revision im Jahre 2000 wurde in Art. 49 Abs. 6 aBV statuiert, dass niemand gehalten sei, Kultussteuern für eine Religionsgemeinschaft zu bezahlen, der er nicht angehörte. Diese Bestimmung wurde nicht in die neue Verfassung übernommen, kann jedoch aus Art. 15 Abs. 1 und Abs. 4 BV abgeleitet werden. Kultussteuern sind Steuern, die speziell für Kultuszwecke verwendet werden. Dazu gehören die von den Kirchgemeinden und Landeskirchen erhobenen Steuern (vgl. Schweizerisches Bundesstaatsrecht, a.a.O., S. 126 N 417 f.). Die Glaubens- und Gewissensfreiheit inklusive Kultusfreiheit steht allen Menschen unabhängig von ihrer Staatsangehörigkeit in gleicher Weise zu (Schweizerisches Bundesstaatsrecht, a.a.O., S. 129 N 431). Juristische Personen können sich grundsätzlich mangels einer schützenswerten religiösen Überzeugung nicht auf die Glaubens- und Gewissensfreiheit berufen. Eine Ausnahme gilt für juristische Personen, die nach ihren Statuten selbst ein religiöses oder kirchliches Ziel verfolgen (vgl. Schweizerisches Bundesstaatsrecht, a.a.O., S. 129 N 433).

c) Das Bundesgericht hat seit 1878 in ständiger Praxis die Verfassungsmässigkeit der Kirchensteuerpflicht für juristische Personen bejaht. Kernfrage ist und war seit jeher, ob eine Kirchensteuerpflicht für juristische Personen mit der Glaubens- und Gewissensfreiheit von Art. 15 BV bzw. Art. 49 Abs. 6 aBV sowie Art. 9 EMRK vereinbar sei. Letztmals hat dies das Bundesgericht im Jahre 2000 bestätigt (vgl. Entscheid des [BGE] 126 I 122 vom 13. Juni 2000).

Das Bundesgericht führt in diesem Entscheid aus, dass bei der Entstehung von Art. 49 aBV (Art. 15 BV) es dem historischen Verfassungsgeber 1874 ausschliesslich darum gegangen sei, natürliche Personen gegen die Besteuerung durch Religionsgemeinschaften zu schützen, der sie nicht oder nicht mehr angehören. Art. 49 Abs. 6 aBV (Art. 15 BV) bestimme demnach rein negativ, dass die nicht zur steuerberechtigten Kirche gehörende natürliche Person wegen der ihr zustehenden Glaubens- und Gewissensfreiheit nicht zur Bezahlung von Kirchensteuern verpflichtet werden dürfe, schaffe aber nicht ein positives Erfordernis der Kirchenzugehörigkeit als verfassungsrechtliche Voraussetzung für die Erhebung der Kirchensteuer (BGE a.a.O., E. 4a).

Auch vermögen gemäss Bundesgerichtspraxis die inzwischen eingetretenen gesellschaftlichen, politischen und sozialen Entwicklungen in Bezug auf die Beurteilung der Steuerpflicht juristischer Personen keine Wirkung zu entfalten. Einzig bei juristischen Personen, welche selber religiöse oder kirchliche Zwecke verfolgen, bestehe eine Ausnahme. Diese könnten nicht verpflichtet werden, an andere Religionsgemeinschaften Kultus- oder Kirchensteuern zu entrichten (vgl. BGE a.a.O., E. 4a).

d) Dem Argument, dass die Kirchensteuerpflicht der Bürgergemeinde X. mit dem Grundrecht der Religionsfreiheit nicht vereinbar und daher unrechtmässig sei muss somit entgegengehalten werden, dass gemäss der oben erwähnten Bundesgerichtspraxis die Erhebung der Kirchensteuer von juristischen Personen nicht gegen die Glaubens- und Gewissensfreiheit verstösst und demnach rechtmässig ist. Der Rekurs erweist sich in diesem Punkt als unbegründet und ist abzuweisen.

4. Da die Erhebung von Kirchensteuern bei juristischen Personen mit der Glaubens- und Gewissensfreiheit vereinbar ist, bleibt zu prüfen, ob die Bürgergemeinde X. im Kanton Basel-Landschaft kirchensteuerpflichtig ist.

a) Gemäss Art. 21 Abs. 1 lit. c des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG) vom 14. Dezember 1990 sind juristische Personen mit Sitz oder mit tatsächlicher Verwaltung ausserhalb des Kantons steuerpflichtig, sofern sie an Grundstücken im Kanton Eigentum, dingliche Rechte oder diesen wirtschaftlich gleichzuachtende persönliche Nutzungsrechte haben.

Im kantonalen Recht sind juristische Personen gemäss § 5 StG kraft persönlicher Zugehörigkeit steuerpflichtig, wenn sich deren Sitz oder die tatsächliche Verwaltung im Kanton befindet. Gemäss § 6 Abs. 1 lit. d StG sind natürliche und juristische Personen sowie Handelsgesellschaften ohne juristische Persönlichkeit (…) kraft wirtschaftlicher Zugehörigkeit beschränkt steuerpflichtig, wenn sie an im Kanton gelegenen Grundstücken Eigentum, Nutzniessung oder andere, diesen wirtschaftlich gleichzuachtende dingliche oder persönliche Rechte haben.

Die Bürgergemeinde X. besitzt im Kanton Basel-Landschaft in den Gemeinden A., B. und C. Boden und Gebäude, weshalb sie kraft wirtschaftlicher Zugehörigkeit beschränkt steuerpflichtig ist.

5. Gemäss § 131 Abs. 1 lit. f der Verfassung des Kantons Basel-Landschaft (KV BL) vom 17. Mai 1984 erhebt der Kanton Basel-Landschaft Kirchensteuer von den juristischen Personen. Die Kirchensteuerpflicht der juristischen Personen ist somit in der Kantonsverfassung verankert, welche von der Bundesversammlung auch gewährleistet wurde (vgl. BGE 126 I 122, S. 131, E. 5d/aa; Gewährleistungsbeschluss vom 11. Juni 1981, BBl 1986 II 681). Die Kantonsverfassung bildet demnach die Grundlage für das Kirchengesetz.

a) Die Regelung des Gemeinwesens ist Sache der Kantone. Entsprechend sind diese frei, die Kirchgemeinden als Gebietskörperschaften auszugestalten. Diesfalls aber kann die Steuerhoheit an die Gebietshoheit anknüpfen, und die Mitgliedschaft zu einer bestimmten Religionsgemeinschaft ist nicht Voraussetzung für die Kirchensteuerpflicht von juristischen Personen. Da sich diese nicht auf die Religionsfreiheit berufen können, verletzt ihre Besteuerung auch nicht Art. 49 Abs. 6 aBV (Art. 15 BV). Zudem ist die Kirchensteuer als eigentliche Steuer voraussetzungslos geschuldet und somit nicht von Gegenleistungen des Gemeinwesens abhängig (BGE a.a.O., E. 5a).

b) Der Kanton Basel-Landschaft hat in § 131 Abs. 1 lit. f KV BL die Kirchgemeinden als Gebietskörperschaften ausgestaltet und die Erhebung der Kirchensteuern von juristischen Personen gesetzlich verankert. An dieser Stelle sei noch zu erwähnen, dass in 20 Kantonen der Schweiz von den juristischen Personen Kirchensteuern erhoben werden (BGE a.a.O., E. 5d/aa). Jüngst wurde im Mai dieses Jahres vom im Rahmen des Erlasses von zwei neuen Kirchengesetzen an der Kirchensteuer für juristische Personen festgehalten.

6. Nach Ansicht der Bürgergemeinde X. seien juristische Personen nach ihrer Rechtsnatur zu differenzieren. In Bezug auf die Kirchensteuerpflicht seien öffentlichrechtliche juristische Personen nicht den privatrechtlichen gleichzustellen. Die Prüfung sei umso mehr angezeigt, als die Rechtssprechung des Bundesgerichts bisher nur privatrechtliche Personen betroffen habe.

a) Gemäss § 8 Abs. 1 KiG erhebt der Kanton von den steuerpflichtigen juristischen Personen eine Kirchensteuer von fünf Prozent des Staatssteuerbetrages zugunsten der Landeskirchen.

b) Gemäss Gesetzesgrundlage der KV BL und des KiG ist lediglich von juristischen Personen die Rede. Es sind keine Differenzierungen zwischen öffentlich- und privatrechtlichen Körperschaften ersichtlich. Es wäre somit willkürlich, eine Unterscheidung zwischen den öffentlich- und privatrechtlichen Körperschaften vorzunehmen, wie dies die Bürgergemeinde X. in ihrer Rekursschrift verlangt.

7. Die Bürgergemeinde X. macht weiter geltend, dass sie ausschliesslich soziale und gemeinnützige, der Allgemeinheit dienende Aufgaben erfülle. Sie stehe mit den Diensten im Wettbewerb mit anderen Anbietern von sozialen oder gemeinnützigen Leistungen, wie eben der der Landeskirchen.

a) Nach Art. 23 Abs. 1 lit. f und g StHG und § 16 Abs. 1 lit. d StG sind juristische Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke sowie kantonale oder gesamtschweizerische Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind, von der Steuerpflicht befreit.

b) Um in den Genuss dieser Befreiung zu kommen, muss gemäss § 110 Abs. 1 StG bei der kantonalen Taxationskommission ein Gesuch gestellt werden (vgl. SIMONEK in: Nefzger/Simonek/Wenk, Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, 16 N 2).

c) Im vorliegenden Fall hat die Rekurrentin bis zum heutigen Zeitpunkt kein Gesuch um Steuerbefreiung bei der Taxationskommission eingereicht. Es ist nicht Sache des Steuergerichts, darüber zu entscheiden, ob die Rekurrentin die Voraussetzungen von Art. 23 Abs. 1 lit. f und g StHG und § 16 Abs. 1 lit. d oder e StG erfüllen würde. Aus diesem Grund ist nicht weiter auf die Steuerbefreiung einzugehen.

8. Gemäss § 15 lit. c und e StG sind die basellandschaftlichen Einwohnergemeinden und ihre Anstalten sowie die basellandschaftlichen Bürgergemeinden mit Ausnahme der Betriebe, die im wesentlichen Umfang Erwerbszwecken dienen von sämtlichen Steuern befreit. Ebenso sind die übrigen basellandschaftlichen öffentlichrechtlichen Körperschaften, Anstalten und Stiftungen für das Fürsorge-, Kultus- und Unterrichtszwecken dienende Einkommen und Vermögen von der Steuerpflicht befreit.

Aus der Gesetzesgrundlage ist klar ersichtlich, dass diese Bestimmung lediglich auf basellandschaftliche Bürgergemeinden anwendbar ist, weshalb diese gesetzliche Bestimmung nicht auf die Bürgergemeinde X. angewendet werden kann.

Es kann somit festgehalten werden, dass die Bürgergemeinde X. aufgrund ihrer wirtschaftlichen Zugehörigkeit zum Kanton Basel-Landschaft beschränkt steuerpflichtig ist und gemäss zitierten Gesetzesgrundlagen der Kirchensteuerpflicht unterliegt.

9. Die Pflichtige ist weiter der Ansicht, die unerwartete Erhebung der Kirchensteuer widerspreche dem Grundsatz von Treu und Glauben und sei rechtsmissbräuchlich, da sie erst 13 Jahre nach in Kraft treten ihrer Rechtsgrundlage erstmals erhoben worden sei.

a) Der Grundsatz von Treu und Glauben ist in Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV verankert. Er gebietet ein loyales und vertrauenswürdiges Verhalten im Rechtsverkehr (vgl. Schweizerisches Bundesstaatsrecht, a.a.O., S. 235 N 818). Der Grundsatz von Treu und Glauben umfasst die Teilgehalte des Vertrauensschutzes, des Rechtsmissbrauchs und des Verbots widersprüchlichen Verhaltens (vgl. Schweizerisches Bundesstaatsrecht, a.a.O., S. 235 N 823 ff.) b)Dem Argument der Bürgergemeinde X. ist entgegenzuhalten, dass jede Steuerperiode neu zu beurteilen ist. Es steht sowohl der Steuerverwaltung als auch dem Pflichtigen das Recht zu, die Tatsachen jeweils neu zu überprüfen. Die in einer früheren Steuerperiode getroffenen Taxationen entfalten grundsätzlich keine Rechtskraft für spätere Veranlagungen. Vielmehr kann die Steuerbehörde im Rahmen jeder Neuveranlagung eines Steuerpflichtigen sowohl die tatsächliche als auch die rechtliche Ausgangslage vollumfänglich überprüfen und, soweit erforderlich, abweichend würdigen. In Rechtskraft erwächst jeweils nur die einzelne Veranlagung, die als befristeter Verwaltungsakt ausschliesslich für die betreffende Steuerperiode Rechtswirkungen entfaltet. Die späteren Veranlagungen sind daher jederzeit einer erneuten umfassenden Überprüfung zugänglich (Der Steuerentscheid [StE] 2003 B 72.14.2 Nr. 31 E. 4.2). Obwohl die Steuerverwaltung erst nach 13 Jahren dieses Versehen bemerkte, besteht kein Rechtsanspruch auf eine in einer früheren Steuerperiode beurteilten Rechtsfrage. Aus diesem Grund widerspricht die Erhebung der Kirchensteuer im vorliegenden Fall nicht dem Grundsatz von Treu und Glauben und ist somit auch nicht rechtsmissbräuchlich. Insoweit erweist sich der Rekurs auch in diesen Punkt als unbegründet und ist somit abzuweisen.

10. (…)